Identifikasi Varian Genetik dengan Metode Nanopore Long-Read Sequencing pada Subjek dengan Hemofilia A

Ardiza Puspa Rahmaningtyas, Prof. Dr. Niken Satuti Nur Handayani, M.Sc.

2025 | Skripsi | BIOLOGI

Hemofilia A merupakan gangguan pembekuan darah yang disebabkan oleh mutasi gen F8 yang mengakibatkan defisiensi faktor koagulasi VIII (FVIII). Gen F8 yang terletak pada kromosom X memiliki panjang sekitar 186 kb dan mengandung 26 ekson. Struktur kompleks gen F8 membuatnya rentan terhadap berbagai mutasi yang memengaruhi produksi FVIII. Oleh karena kompleksitas strukturnya, diperlukan metode yang tepat untuk mengidentifikasi mutasinya. Long-read sequencing, khususnya dengan adaptive sampling yang dikembangkan oleh Oxford Nanopore Technologies (ONT), memungkinkan identifikasi mutasi yang efisien pada gen berukuran besar seperti F8, sehingga meningkatkan akurasi diagnostik. Subjek dalam penelitian ini adalah anak laki-laki berusia 8 tahun dengan diagnosis Hemofilia A ringan (FVIII:C 34%). Identifikasi mutasi dilakukan menggunakan Nanopore sequencing dengan metode adaptive sampling dan workflow wf-human-variation pada platform EPI2ME. Hasil analisis menunjukkan kualitas data yang baik (total pembacaan: 214.408, read N50: 10.553 bp, mean coverage: 14,412x, read quality: 19,7, mapping accuracy: 98,4%, coverage: 93,5%). Pada ekson 10 gen F8 ditemukan varian missense dengan signifikansi patogenik yaitu NM_000132.4:c.1492G>A (p.Gly498Arg), yang menyebabkan perubahan asam amino dari glisin menjadi arginin pada posisi 498. Selain itu, teridentifikasi empat varian gen (THOC2, XIAP, INTS6L, dan MTM1) dengan klasifikasi varian uncertain significance.

Hemophilia A is a blood clotting disorder caused by a mutation of the F8 gene that results in coagulation factor VIII (FVIII) deficiency. The F8 gene, located on the X chromosome, is approximately 186 kb long and contains 26 exons. The complex structure of the F8 gene makes it susceptible to various mutations that affect FVIII production. Due to the complexity of its structure, an appropriate method is required to identify its mutations. Long-read sequencing, particularly with adaptive sampling developed by Oxford Nanopore Technologies (ONT), enables efficient identification of mutations in large genes such as F8, thereby improving diagnostic accuracy. This study’s subject was an 8-year-old boy diagnosed with mild Hemophilia A (FVIII:C 34%). Mutation identification was performed using Nanopore sequencing with adaptive sampling method and wf- human-variation workflow on EPI2ME platform. The analysis results showed good data quality (total reads: 214,408, read N50: 10,553 bp, mean coverage: 14.412x, read quality: 19.7, mapping accuracy: 98.4%, coverage: 93.5%). In exon 10 of the F8 gene, a missense variant with pathogenic significance was found, namely NM_000132.4:c.1492G>A (p.Gly498Arg), which causes an amino acid change from glycine to arginine at position 498. In addition, four gene variants (THOC2, XIAP, INTS6L, and MTM1) were identified with variant classification of uncertain significance.

Kata Kunci : Hemofilia A, varian patogenik, p.Gly498Arg.