Keragaman Genetik Ikan Glodok, Periophthalmodon schlosseri (Pallas, 1770), dari Pantai Bahak Indah, Probolinggo, Jawa Timur Berdasarkan Gen Mitokondria 16S rRNA

Jauza Haura Azzahra, Prof. Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D

2025 | Skripsi | BIOLOGI

Indonesia merupakan salah satu negara maritim yang kaya akan diversitas fauna. Salah satu ikan yang dapat dijumpai pada ekosistem mangrove adalah ikan glodok spesies Periophthalmodon schlosseri (Pallas, 1770). Ikan glodok memiliki keunikan untuk beradaptasi dengan pola hidup menyerupai amfibi. Salah satu habitat ikan glodok P. schlosseri  di Indonesia terletak di area hutan mangrove Pantai Bahak Indah, Probolinggo, Jawa Timur, tetapi belum ada data keragaman genetik ikan glodok P. schlosseri di habitat tersebut. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik ikan glodok spesies P. schlosseri menggunakan gen mitokondria 16S rRNA di area hutan mangrove Pantai Bahak Indah, Probolinggo, Jawa Timur menggunakan metode PCR dengan primer universal 16Sar dan 16Sbr. Tahapan penelitian yang dilakukan terdiri dari isolasi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, purifikasi, dan sekuensing. Hasil data dianalisis menggunakan program GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA11, DnaSP, BEAST, NETWORK, dan GenAIEx. Hasil penelitian menunjukkan adanya keragaman genetik baik intrapopulasi maupun interpopulasi. Analisis variasi genetik intrapopulasi menunjukkan bahwa dari 4 sampel yang diteliti dengan panjang fragmen 562 bp, terdapat perbedaan komposisi nukleotida antar sampel dengan jumlah haplotipe 4 dan jumlah polymorphic sites 4 yang seluruhnya merupakan singleton sites serta jarak genetik 0,18-0,54%. Nilai keragaman haplotipe sebesar 1,000±0,177 dan nilai keragaman nukleotida sebesar 0,00357±0,00096. Selanjutnya hasil rekonstruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa ikan glodok dari Pantai Bahak Indah, Probolinggo, Jawa Timur dengan sampel P. schlosseri berada pada clade yang sama dengan P. schlosseri dari Malaysia dan terpisah dengan P. schlosseri dari Singapura dengan jarak genetik antar clade 0,53%. Hasil analisis haplotype network menunjukkan tidak ditemukan share haplotipe. Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat dimanfaatkan untuk menyusun pustaka gen mitokondria 16S dan sebagai referensi untuk konservasi dan pemanfaatan yang berkelanjutan mengenai ikan glodok di Indonesia.

Indonesia is one of the maritime countries containing high fauna diversity. One of the fish that can be found in mangrove ecosystems is giant mudskipper, Periophthalmodon schlosseri species (Pallas, 1770). This giant mudskipper has a unique lifestyle due to their adaptation in mangrove habitat, which is like amphibian. In Indonesia, the giant mudskipper, P. schlosseri, is commonly found in Bahak Indah Beach mangrove forest area, Probolinggo, East Java. However, no genetic variation data of P. schlosseri in this habitat. Therefore, this study aimed to determine the genetic diversity of giant mudskipper using the mitochondrial gene 16S rRNA. This research used the PCR method with universal primers 16Sar and 16Sbr. The stages of the research carried out consist of DNA isolation, DNA amplification, electrophoresis, purification, and sequencing. The results of the data generated were then analyzed using GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA11, DnaSP, BEAST, NETWORK, and GenAIEx programs. The results revealed intra and interpopulation genetic variation. Analysis of intrapopulation genetic variation showed that from the 4 samples studied with a fragment length of 562 bp, there was a difference in nucleotide composition. The results detected 4 haplotypes with 4 polymorphic sites which were all singleton sites, and the genetic distance was between 0.18 and 0.54%. The value of haplotype diversity was 1,000±0.177, and the value of nucleotide diversity was 0.00357±0.00096. Furthermore, the results of phylogenetic tree reconstruction showed that P. schlosseri from Bahak Indah Beach, Probolinggo, East Java were in the same clade with P. schlosseri from Malaysia and separated from P. schlosseri from Singapore with a genetic distance between clades of 0.53%. The haplotype network analysis showed that no haplotype shares were found. This study is expected to be used to assembly mitochondrial 16S gene library and can be applied as a reference for conservation and sustainable use.

Kata Kunci : gen 16S rRNA, keragaman genetik, Periophthalmodon schlosseri