Keragaman Genetik Kepiting Biola, Tubuca coarctata (H. Milne Edwards, 1852), dari Muara Bogowonto, Kulon Progo Berdasarkan Gen Mitokondria 16S rRNA

Firas Tegar Saputri, Prof. Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2025 | Skripsi | BIOLOGI

Indonesia merupakan salah satu negara yang memiliki banyak aliran sungai tersebar di seluruh pulau. Salah satu jenis Crustacea yang sering dijumpai pada muara sungai di Indonesia yaitu kepiting biola dari genus Tubuca. Kepiting biola merupakan salah satu kepiting yang memiliki habitat di area intertidal. Habitat kepiting biola spesies Tubuca coarctata di Indonesia salah satunya terletak di Muara Bogowonto, Kulon Progo, Daerah Istimewa Yogyakarta. Akan tetapi, penelitian lebih lanjut mengenai keragaman genetik kepiting biola spesies Tubuca coarctata menggunakan gen mitokondria 16S rRNA dari Muara Bogowonto belum pernah dilakukan. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah menganalisis keragaman genetik kepiting biola spesies Tubuca coarctata dari Muara Bogowonto menggunakan gen mitokondria 16S rRNA. Penelitian ini menggunakan metode PCR dengan primer universal 16Sar dan 16Sbr. Tahapan penelitian yang dilakukan terdiri dari isolasi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, dan sekuensing. Hasil data yang diperoleh selanjutnya dianalisis menggunakan software GeneStudio, BLAST, MESQUITE, MEGA11, DnaSP, BEAST, NETWORK dan GenAlEx. Hasil penelitian menunjukkan dari 8 sampel kepiting biola yang diteliti menunjukkan jarak genetik intrapopulasi sebesar 0,00%-1,19%. Selanjutnya, dari panjang fragmen 510 bp, terdapat 5 haplotipe dan terdapat 8 situs polimorfik yang terdiri dari 4 parsimony informative sites dan 4 singleton sites dengan nilai keragaman haplotipe adalah 0,786 ± 0,151 dan keragaman nukleotida adalah 0,00658 ± 0,00120. Analisis filogenetik menunjukkan sampel Tubuca coarctata dari Muara Bogowonto dan sekuen dari GenBank (Australia dan Taiwan) menghasilkan 3 clade yang berbeda. Hasil analisis haplotype network dan analisis dengan Principal Coordinate Analysis (PCoA) menunjukkan bahwa masing – masing populasi Tubuca coarctata memiliki haplotipe spesifik yang tidak saling sharing dengan populasi dari Australia dan Taiwan. Hasil dari penelitian ini diharapkan dapat digunakan untuk menyusun pustaka gen mitokondria 16S rRNA kepiting biola yang penting untuk diimplementasikan dalam upaya konservasi di Indonesia.

Kata kunci : Tubuca coarctata, keragaman genetik, gen mitokondria 16S rRNA

Indonesia is one of the countries that has many rivers across the islands. One type of Crustacea that is often found in estuaries in Indonesia is the fiddler crabs from the genus Tubuca. The fiddler crab is one of the crab species that inhabits in the intertidal area. One of the habitats of fiddler crabs species Tubuca coarctata in Indonesia is located in the Bogowonto Estuary, Kulon Progo, Special Region of Yogyakarta. However, research on the genetic variation of  fiddler crabs species Tubuca coarctata using the mitochondrial 16S rRNA gene from Bogowonto Estuary has never been conducted. Therefore, the aim of this research was to analyze genetic variation of fiddler crabs species Tubuca coarctata from Bogowonto Estuary using the mitochondrial 16S rRNA gene. This research used a PCR method with universal primers, 16Sar and 16Sbr. The research consisted of DNA isolation, DNA amplification, electrophoresis, and sequencing. The results of the data obtained were analyzed using GeneStudio, BLAST, MESQUITE, MEGA11, DnaSP, BEAST, NETWORK and GenAlEx software. The research results  showed that from 8 samples of the fiddler crabs studied, the intrapopulation genetic distance of 0.00%-1.19%. Furthermore, from the 510 bp fragment length, there were 5 haplotypes and 8 polymorphic sites consisting of 4 parsimony informative sites and 4 singleton sites with a haplotype diversity value was 0.786 ± 0.151, and the nucleotide diversity value was 0.00658 ± 0.00120. Phylogenetic analysis showed that the Tubuca coarctata samples from the Bogowonto River estuary and sequences from GenBank (Australia and Taiwan) formed in 3 distinct clades. The results of haplotype network analysis and Principal Coordinate Analysis (PCoA) revealed that each Tubuca coarctata population had specific haplotypes that were not shared among populations from Australia and Taiwan. The results from this study are expected to assembly mitochondrial 16S rRNA gene library of fiddler crabs which is important to be implemented in conservation efforts in Indonesia.

Key Words : Tubuca coarctata, genetic variation, mitochondrial 16S rRNA gene

Kata Kunci : Tubuca coarctata, keragaman genetik, gen mitokondria 16S rRNA/Tubuca coarctata, genetic variation, mitochondrial 16S rRNA gene