Keanekaragaman Genetik dan Hubungan Kekerabatan Rhizophora apiculata dan Rhizophora mucronata dari Kalimantan Timur berdasarkan Penanda Simple Sequence Repeat

Adristi Shafa Widyasari, Abdul Razaq Chasani, S.Si., M.Si., P.hD; Dr. Istiana Prihatini, S.Si., M.Si.

2025 | Tesis | S2 Biologi

Mangrove dari famili Rhizophoraceae termasuk kategori pantropis terdiri dari 15 genus dengan perkiraan jumlah spesies berkisar antara 120-140 spesies. Genus Rhizophora merupakan taksa dominan dari hutan mangrove di seluruh daerah tropis. Spesies Rhizophora apiculata dan Rhizophora mucronata banyak dijumpai di Kawasan Paser, Teluk Balikpapan, dan Delta Mahakam, Provinsi Kalimantan Timur. Permasalahan dalam penelitian ini yaitu bagaimana keragaman genetik dan perbandingannya pada spesies R. apiculata dan R. mucronata dari populasi, interpopulasi, dan antarpopulasi di Kalimantan Timur berdasarkan penanda SSR serta bagaimana hubungan kekerabatan fenetik R. apiculata dan R. mucronata berdasarkan penanda SSR. Penelitian ini menggunakan 4 primer (Rm111, Rm121, RapT09, dan RapT17) dan metode ekstraksi menggunakan Genomic Plant DNA Mini Kit (Geneaid). Keragaman genetik R. apiculata dan R. mucronata  menunjukkan nilai keragaman yang tinggi dan heterozigositas yang rendah. Hubungan kekerabatan fenetik R. apiculata  dan R. mucronata menujukkan adanya tumpang tindih antar populasi sehingga membentuk kelompok secara acak bukan berdasarkan lokasi populasi. Data keragaman genetik dan hubungan kekerabatan R. apiculata dan R. mucronata yang didapatkan dapat digunakan sebagai dasar dalam menyusun rekomendasi dan strategi aktivitas konservasi kawasan mangrove. 

Mangroves from the Rhizophoraceae family are classified as pantropical and consist of 15 genera, with an estimated 120-140 species. The genus Rhizophora is the dominant taxon of mangrove forests throughout the tropical regions. The species Rhizophora apiculata and Rhizophora mucronata are commonly found in the Paser region, Balikpapan Bay, and the Mahakam Delta in East Kalimantan Province. The issue addressed in this study is the genetic diversity and its comparison between R. apiculata and R. mucronata across populations, interpopulations, and between populations in East Kalimantan, based on SSR markers, as well as the phylogenetic relationship between R. apiculata and R. mucronata based on SSR markers. This research utilized four primers (Rm111, Rm121, RapT09, and RapT17) and the Geneaid Extraction Plant Kit method for DNA extraction. The genetic diversity of R. apiculata and R. mucronata revealed high diversity values and low heterozygosity. The phylogenetic relationship between R. apiculata and R. mucronata showed overlap between populations, forming random groupings rather than being based on population location. The genetic diversity data and phylogenetic relationships obtained from this study can serve as a basis for developing recommendations and strategies for mangrove conservation activities. 

Kata Kunci : genetika populasi, mikrosatelit, Rhizoporaceae, sistematika molekular