Keragaman Genetik dan Analisis Filogenetik Stroberi (Fragaria spp.) dari Nursery Berdasarkan Gen rbcL
Muhammad Sena Budiman, Ganies Riza Aristya, S.Si., M.Sc., Ph.D.
2025 | Skripsi | BIOLOGI
Stroberi (Fragaria spp.)
merupakan salah satu tanaman yang memiliki keragaman yang banyak di Indonesia.
Keragaman stroberi yang berhasil dibudidayakan di Indonesia sendiri merupakan
hasil kultivasi dari luar negeri yang mencapai 23 kultivar. Identifikasi pada
kultivar stroberi perlu dilakukan sebagai basis data genetik persilangan
stroberi yang lebih unggul. Penggunaan teknologi DNA barcoding telah
diusulkan sebagai alat bantu dalam identifikasi genetik antar spesies stroberi.
Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi variasi keragaman genetik
dengan gen rbcL, merekonstruksi pohon filogenetik berdasarkan
pendekatan Maximum-Likelihood (ML) dan Bayesian
Inference (BL), mengetahui jarak genetik serta golongan haplotype untuk
mengetahui filogeografi dari 16 kultivar stroberi dari 3 nursery.
Metode yang digunakan meliputi pengumpulan sampel daun dari berbagai kultivar
stroberi, isolasi DNA, uji kuantitatif, uji kualitatif, amplifikasi sekuens DNA
target, analisis pohon filogenetik dengan pendekatan ML dan BI, mengetahui
jarak genetik, menganalisis situs polimorfik, mengetahui tingkat haplotype dan principal
coordinate analysis (PCoA) serta menganalisis haplotype
network. Hasil dari penelitian ini didapatkan 15 kultivar stroberi yang
dapat di amplifikasi dengan gen rbcL, dengan tidak adanya situs
polimorfik stroberi Indonesia memiliki keseragaman genetik. Konstruksi pohon
filogenetik menggunakan pendekatan ML dan BI menunjukkan hasil yang mirip, yang
di konfirmasi dengan analisis jarak genetik berada pada 0 % - 1,3 % yang
berkelompok dalam satu golongan haplotype, hasil filogeografi
menunjukkan sampel stroberi Indonesia membentuk satu populasi menunjukkan tidak
adanya pola demografis diantara sampel.
Strawberry (Fragaria spp.)
is one of the plants that has a lot of diversity in Indonesia. The diversity of
strawberries that are successfully cultivated in Indonesia itself is the result
of cultivation from abroad which reaches 23 cultivars. Identification of
strawberry cultivars needs to be done as a genetic database for superior
strawberry crosses. The use of DNA barcoding technology has been proposed as a
tool in genetic identification between strawberry species. This study aims to
identify variations in genetic diversity with the rbcL gene, reconstruct
phylogenetic trees based on Maximum-Likelihood (ML) and Bayesian Inference (BL)
approaches, determine genetic distances and haplotype classes to determine the
phylogeography of 16 strawberry cultivars from 3 nurseries. The methods used
include collecting leaf samples from various strawberry cultivars, DNA
isolation, quantitative tests, qualitative tests, amplification of target DNA
sequences, phylogenetic tree analysis with ML and BI approaches, knowing the
genetic distance, analyzing polymorphic sites, knowing the level of haplotype
and principal coordinate analysis (PCoA) and analyzing the haplotype network.
The results of this study obtained 15 strawberry cultivars that can be
amplified with the rbcL gene, with the absence of polymorphic sites Indonesian
strawberries have genetic uniformity. Construction of phylogenetic trees using
ML and BI approaches shows similar results, which are confirmed by genetic
distance analysis at 0% - 1.3% which are grouped in one haplotype group, the results
of phylogeography show Indonesian strawberry samples form one population
showing no demographic patterns among samples.
Kata Kunci : Bayesian Inference, DNA barcoding, jarak genetik, maximum-likelihood, rbcL