Pola Segregasi dan Keragaman Genetik Populasi F3 Tanaman Melon (Cucumis melo L.) Berdasarkan Marka Molekuler IRAP

RAHMA FUTUH NINDAR JATI, Agus Budi Setiawan, S.P., M.Sc., Ph.D.; Prof. Dr. Ir. Aziz Purwantoro, M.Sc.

2024 | Skripsi | AGRONOMI

Pembentukan varietas baru melon membutuhkan serangkaian proses seleksi untuk mendapatkan homozigositas pada populasi akhir agar dapat di komersialkan. Untuk mendapatkan informasi terkait analisis segregasi, keragaman, dan keseragaman genetik pada populasi F3 sebagai acuan untuk proses seleksi berikutnya, 9 genotipe melon yang terdiri dari 5 galur F3 hasil persilangan ‘Glamour’ dan ‘Inthanon’ (M44, M76, M80, M88, dan M124) dan 4 Genotipe kontrol (Glamour, Inthanon, Devina, dan Super Salmon) dianalisis menggunakan marka molekuler. Genotipe melon tersebut di ekstraksi daunnya dan di analisis DNA menggunakan 6 primer jenis Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism (IRAP). Analisis segregasi menunjukkan 19 dari 117 lokus yaitu 16,24% lokus sesuai dengan nisbah segregasi 9:7 yang diindikasikan membawa sifat kualitatif, sehingga seleksi dapat dilakukan di akhir generasi. Keragaman genetik yang tinggi yaitu sebesar 55?lam populasi dan 45% antar populasi diperoleh dari populasi F3 hasil persilangan ‘Inthanon’ dan ‘Glamour’. Analisis dendogram menunjukkan populasi F3 terbagi 2 kluster besar berdasarkan kemiripan dengan kedua tetuanya. Empat galur (M44, M76, M80, dan M84) lebih mirip dengan tetua jantannya yaitu Glamour, sedangkan satu galur yaitu M124 lebih mirip dengan tetua betinanya yaitu Inthanon. Oleh karena itu, dengan diketahuinya keragaman genetik yang tinggi dapat dilakukan selfing agar mendapatkan homozigositas untuk solusi seleksi dalam pembentukan varietas. 

Developing new melon varieties requires a series of selection processes to achieve homozygosity in the final population for commercialization. To obtain information related to segregation analysis, genetic diversity, and genetic uniformity in the F3 population as a reference for the next selection process, nine melon genotypes consisting of five F3 lines resulting from the cross between 'Glamour' and 'Inthanon' (M44, M76, M80, M88, and M124) and four control genotypes (Glamour, Inthanon, Devina, and Super Salmon) were analyzed using molecular markers. The leaves of these melon genotypes were extracted, and the DNA was analyzed using six primers of the Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism (IRAP) type. Segregation analysis showed that 19 out of 117 loci, or 16.24% of the loci, conformed to the 9:7 segregation ratio, indicating they carried qualitative traits, allowing for selection to be carried out in the final generation. High genetic diversity, namely 55% within the population and 45?tween populations, was obtained from the F3 population resulting from the cross between 'Inthanon' and 'Glamour'. Dendrogram analysis showed that the F3 population was divided into two major clusters based on their similarity to the two parents. Four lines (M44, M76, M80, and M84) were more similar to the male parent, Glamour, while one line M124, was more similar to the female parent, Inthanon. Therefore, with the knowledge of high genetic diversity, selfing can be performed to achieve homozygosity as a solution for selection in variety development.

Kata Kunci : Melon, Analisis Segregasi, Keragaman dan Keseragaman Genetik, Populasi F3, Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism (IRAP).