KERTAS SARING SEBAGAI MEDIA TRANSPOR SAMPEL VIRUS TUMBUHAN UNTUK DETEKSI PENGUJIAN SECARA QUANTITATIVE PCR (q-PCR)

Kristiana Ika Rini, Dr. Ir. Sedyo Hartono, M.P.; Tri Joko, S.P., M.Sc., Ph.D

2024 | Tesis | S2 Fitopatologi

Penyakit virus pada tanaman memiliki dampak yang signifikan terhadap produktivitas pertanian. Pengambilan sampel tanaman yang terinfeksi virus di lapangan memerlukan penanganan khusus untuk menghindari kerusakan sampel saat pengujian untuk tujuan deteksi dan identifikasi penyakit virus. Pengujian dengan metode molekuler quantitative PCR (q-PCR) menjadi pilihan alternatif, mengingat kebutuhan saat ini akan deteksi dan identifikasi yang cepat, efisien, dan akurat. Metode alternatif penyimpanan sampel, seperti menggunakan kertas saring untuk menyimpan cairan dari tanaman yang sakit di lapangan, perlu dievaluasi untuk teknik q-PCR. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui apakah kertas saring dapat digunakan sebagai media penyimpanan sampel virus tanaman, yang selanjutnya dapat diangkut dalam jarak jauh untuk pengujian q-PCR. Sebanyak 3 sampel kertas saring yang telah dilekati dengan sap cairan daun tanaman bergejala virus dari lapangan, yaitu cabai, kacang panjang, dan mentimun, yang dilekatkan pada kertas saring, dikirim ke Lampung, Bandung, dan Timika. Setelah sampel dikembalikan sampel dari Lampung, Bandung, dan Timika, langsung dilakukan isolasi DNA. DNA yang diisolasi dari setiap sampel diukur menggunakan spektrofotometer UV/Vis nanodrop dalam satuan konsentrasi ng mL^-1. Konsentrasi DNA tertinggi dari isolasi total jaringan tanaman yang sakit diperoleh dari tanaman cabai. Kemurnian DNA yang baik dari isolasi sampel segar menghasilkan nilai 1,737 untuk cabai segar dan 1,704 untuk mentimun segar. Namun, tanaman kacang panjang segar memiliki nilai kemurnian hanya 1,135. Konsentrasi DNA tertinggi dari isolasi kertas saring diperoleh dari kertas saring yang telah terkena cairan dari tanaman kacang panjang yang sakit dan dikirim ke Timika, dengan nilai 13,2. Kemurnian DNA yang baik dicapai pada semua sampel kecuali kacang panjang segar. Secara keseluruhan, baik kuantitas maupun kualitas asam nukleat yang diperoleh dari sampel segar dan sampel kertas saring dianggap sesuai untuk digunakan sebagai templat dalam amplifikasi DNA menggunakan q-PCR. Deteksi Begomovirus menggunakan q-PCR dengan primer B-Rev dan B-Fow menggunakan DNA template hasil isolasi tanpa mengubah konsentrasi DNA menunjukkan amplifikasi positif dengan fluoresensi yang muncul pada siklus PCR. Di antara sampel segar yang digunakan, sampel mentimun segar memiliki nilai Cq terendah yaitu 18,17, diikuti oleh kacang panjang segar yaitu 32,95, dan cabai segar yaitu 37,8. Untuk sampel kertas saring yang dikirim melalui pos, sampel kacang panjang Timika memiliki nilai Cq terendah yaitu 17,57, sedangkan nilai Cq tertinggi ditemukan pada sampel cabai Lampung yaitu 33,05

The virus diseases in plants have a significant impact on agricultural productivity. Sampling virus-infected plants in the field requires special handling to avoid sample damage during testing for the purpose of virus disease detection and identification. Testing with the molecular method Quantitative PCR (q-PCR) has become an alternative choice, considering the current need for rapid, efficient, and accurate detection and identification. An alternative method of storing samples, such as using filter paper to store fluid from diseased plants in the field, needs to be evaluated for q-PCR techniques. This study aims to determine whether filter paper can be used as a storage medium for plant virus samples, which can then be transported over long distances for q-PCR testing. A total of 3 samples of virus-symptomatic plants from the field, namely chili pepper, long bean, and cucumber, attached to filter paper, were sent to Lampung, Bandung, and Timika. After receiving the samples back from Lampung, Bandung, and Timika, DNA isolation was immediately performed. The DNA isolated from each sample was measured using a UV/Vis nanodrop spectrophotometer in units of concentration ng mL^-1. The highest concentration of DNA from total isolation of diseased plant tissue was obtained from chili pepper plants. Good DNA purity from fresh sample isolations yielded a value of 1.737 for fresh chili peppers and 1.704 for fresh cucumbers. However, fresh long bean plants had a purity value of only 1.135. The highest DNA concentration from filter paper isolations was obtained from the filter paper that had been exposed to fluid from diseased long bean plants and sent to Timika, with a value of 13.2. Good DNA purity was achieved in all samples except for fresh long beans. Overall, both the quantity and quality of nucleic acids obtained from fresh samples and filter paper samples were deemed suitable for use as templates in DNA amplification using q-PCR. Detection of Begomovirus using q-PCR with primers B-Rev and B-Fow using DNA templates from isolation without altering DNA concentration showed positive amplification with fluorescence appearing in the PCR cycles. Among the fresh samples used, fresh cucumber samples had the lowest Cq value at 18.17, followed by fresh long bean at 32.95, and fresh chili peppers at 37.8. For the filter paper samples sent via mail, the Timika long bean sample had the lowest Cq value at 17.57, while the highest Cq value was found in the Lampung chili pepper sample at 33.05

Kata Kunci : Begomovirus quantitative Polymerase Chain Reaction (q-PCR), SYBR Green, Kertas saring Whatman 42