Keragaman Genetik Ikan Glodok (Boleophthalmus pectinirostris (Linnaeus, 1758)) dari Hutan Mangrove Mangkang, Semarang, Jawa Tengah Berdasarkan Gen Mitokondria COI

BERNADETHA ERDHA TREVIANA, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2024 | Skripsi | BIOLOGI

Indonesia merupakan negara maritim dengan keanekaragaman ikan yang tinggi. Salah satu jenis ikan yang mendiami ekosistem mangrove adalah ikan glodok. Kemiripan morfologi yang sangat tinggi antar spesies ikan glodok menyebabkan kesulitan untuk membedakan antara spesies satu dengan spesies lainnya. Identifikasi spesies secara akurat dapat dilakukan secara molekuler melalui DNA barcoding menggunakan gen mitokondria COI. Selain itu, data mengenai keragaman genetik ikan glodok terutama spesies Boleophthalmus pectinirostris di Indonesia masih sangat terbatas. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan identifikasi dan analisis keragaman genetik ikan glodok, Boleophthalmus pectinirostris (Linnaeus, 1758), dari Hutan Mangrove Mangkang, Semarang, Jawa Tengah berdasarkan gen mitokondria COI. Metode yang digunakan yaitu metode PCR dengan primer universal FISHF2 dan FISHR2. Tahapan penelitian meliputi isolasi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, purifikasi, dan sekuensing. Data dianalisis dengan beberapa software yaitu GeneStudio, DNASTAR, BLAST, BOLD, MESQUITE, MEGA, DnaSP, dan PopArt. Hasil analisis intrapopulasi B. pectinirostris tidak menunjukkan adanya keragaman genetik. Namun, hasil analisis interpopulasi B. pectinirostris dari Hutan Mangrove Mangkang dengan sampel B. pectinirostris dari Pantai Bahak Indah dan Hutan Mangrove Pateguran yang diteliti sebelumnya menunjukkan adanya keragaman genetik yang rendah. Rekonstruksi pohon filogenetik menunjukkan bahwa antara sampel B. pectinirostris yang diteliti dengan sampel B. pectinirostris dari Pantai Bahak Indah dan Hutan Mangrove Pateguran terbagi dalam 3 clade. Analisis keragaman genetik menunjukkan bahwa 10 dari 11 sampel yang diteliti memiliki komposisi nukleotida yang sama. Analisis haplotipe interpopulasi menunjukkan bahwa terdapat 3 haplotipe dengan haplotype diversity sebesar 0,34 +- 0,172 dan nucleotide diversity sebesar 0,00086 +- 0,00049. Polimorfisme terdeteksi sebanyak 3 sites yang tergolong dalam singleton sites. Hasil penelitian ini diharapkan dapat memberikan acuan dalam upaya konservasi ikan glodok Boleophthalmus pectinirostris di Indonesia.

Indonesian is a maritime country with a high diversity of fish. One of fish that can be found in mangrove ecosystems is mudskipper. The high morphological similarity between mudskipper species makes it difficult to distinguish one species from another. Accurate species identification can be done molecularly through DNA barcoding using the mitochondrial COI gene. Moreover, the genetic variation data of Boleophthalmus pectinirostris in Indonesia is still very limited. Therefore, the aims of this study was to identif and analyze genetic variation of mudskipper (Boleophthalmus pectinirostris (Linnaeus, 1758)) from Mangkang Mangrove Forest, Semarang, Central Java based on the COI mitochondrial gene. The method used in this study was a PCR method with universal primers FISHF2 and FISHR2. Research stage include DNA isolation, DNA amplification, electrophoresis, purification, and sequencing. Data obtained in this study was then analyzed using GeneStudio, DNASTAR, BLAST, BOLD, MESQUITE, MEGA, DnaSP, and PopArt. The intrapopulation analysis revealed no genetic variation among the samples. However, the result of interpopulation analysis of COI sequence of B. pectinirostris from Mangkang Mangrove Forest combining with COI data from Bahak Indah Beach and Pateguran Mangrove Forest showed low genetic variation demonstrated that the sample are divided into 3 clades. Genetic variation analysis showed that 10 out of 11 samples had similar nucleotide composition. The result also revealed 3 haplotypes. Haplotype diversity was 0.345 +- 0.172 and nucleotide diversity was 0.00086 +- 0.00049. In addition, 3 variable sites were detected with singleton sites. The result of this study are expected to serve as a reference for the conservation program of B. pectinirostris in Indonesia.

Kata Kunci : Boleophthalmus pectinirostris, gen COI, keragaman genetik