Karakterisasi Acetoacetyl-CoA Reductase secara In Silico
Airin Dinanti Firdaus, M. Saifur Rohman, S.P., M.Si., M. Eng., Ph. D.
2024 | Skripsi | MIKROBIOLOGI PERTANIAN
Asetoasetil-CoA reduktase (PhaB) merupakan enzim yang
dapat mereduksi acetoacetyl-CoA menjadi 3-hydroxybutyryl
CoA dalam jalur biosintesis polihidroksialkanoat (PHA). Enzim asetoasetil-CoA
reduktase (PhaB) (EC 1.1.1.36) termasuk dalam kategori kelompok short-chain
dehydrogenase atau reductase (SDR). Pada penelitian sebelumnya,
telah dilakukan ekspresi dan purifikasi protein PhaB rekombinan. Hasil dari
penelitian sebelumnya, menunjukkan bahwa protein PhaB memiliki kelarutan
60.70%. Pada penelitian ini, dilakukan analisis secara in silico terhadap
enzim asetoasetil-CoA reduktase (PhaB) dari Priestia
megaterium PSA14. Analisis dimulai dengan analisis filogenetik,
penjajaran sekuen, analisis karakteristik fisikokimia, analisis struktur
sekunder, dan struktur tersier. Hasil yang didapatkan menunjukkan bahwa PhaB Priestia megaterium PSA14
berkerabat dekat dengan PhaB dari kelompok mesofil lainnya. PhaB memiliki
struktur sesuai dengan FabG dari Staphylococcus aureus dengan
identitas sekuens sebesar 48.35%. Analisis fisikokimia menunjukkan bahwa PhaB Priestia megaterium PSA14
memiliki ukuran 247aa dan berat molekul 26,09 kDa. Struktur sekunder PhaB tersusun atas inti 7 ?-sheet yang
dikelilingi oleh 10 ? -helix. Residu katalitik PhaB Priestia
megaterium PSA14 terletak pada
S143, Y156, dan K160. Struktur tersier PhaB
memiliki nilai Ramachandran favoured 96.73%.
Acetoacetyl-CoA reductase (PhaB) is an enzyme that can
reduce acetoacetyl-CoA to 3-hydroxybutyryl CoA in the polyhydroxyalkanoate
(PHA) biosynthesis pathway. The enzyme acetoacetyl-CoA reductase (PhaB) (EC
1.1.1.36) belongs to the short-chain dehydrogenase or reductase (SDR) group
category. In the previous work, PhaB
has been successfully expressed and purified.
The results of previous research show that the PhaB protein has a solubility of
60.70%. In this study, in silico analysis was carried out on the enzyme acetoacetyl-CoA
reductase (PhaB) from Priestia megaterium PSA14. The analysis begins
with phylogenetic analysis, sequence alignment, physicochemical characteristic
analysis, secondary structure analysis, and tertiary structure analysis. The
results obtained indicate that PhaB of Priestia megaterium PSA14 is
closely related to PhaB from other mesophyll groups. PhaB has a fitting structure
to FabG from Staphylococcus aureus with a sequence identity of 48.35%.
Physicochemical analysis shows that PhaB Priestia megaterium PSA14 has a
size of 247aa and a molecular weight of 26.09 kDa. The secondary structure of
PhaB is composed of 7 ?-sheet core surrounded by 10 ?-helix. PhaB catalytic
residues of Priestia megaterium PSA14 are located at S143, Y156, and
K160. The tertiary structure of PhaB has a Ramachandran favorable value of
96.73%.
Kata Kunci : Analisis In silico, karakterisasi protein, Asetoasetil-CoA reduktase, Priestia megaterium PSA14