Karakterisasi Acetoacetyl-CoA Reductase secara In Silico

Airin Dinanti Firdaus, M. Saifur Rohman, S.P., M.Si., M. Eng., Ph. D.

2024 | Skripsi | MIKROBIOLOGI PERTANIAN

Asetoasetil-CoA reduktase (PhaB) merupakan enzim yang dapat mereduksi acetoacetyl-CoA menjadi 3-hydroxybutyryl CoA dalam jalur biosintesis polihidroksialkanoat (PHA). Enzim asetoasetil-CoA reduktase (PhaB) (EC 1.1.1.36) termasuk dalam kategori kelompok short-chain dehydrogenase atau reductase (SDR). Pada penelitian sebelumnya, telah dilakukan ekspresi dan purifikasi protein PhaB rekombinan. Hasil dari penelitian sebelumnya, menunjukkan bahwa protein PhaB memiliki kelarutan 60.70%. Pada penelitian ini, dilakukan analisis secara in silico terhadap enzim asetoasetil-CoA reduktase (PhaB) dari Priestia megaterium PSA14. Analisis dimulai dengan analisis filogenetik, penjajaran sekuen, analisis karakteristik fisikokimia, analisis struktur sekunder, dan struktur tersier. Hasil yang didapatkan menunjukkan bahwa PhaB Priestia megaterium PSA14 berkerabat dekat dengan PhaB dari kelompok mesofil lainnya. PhaB memiliki struktur sesuai dengan FabG dari Staphylococcus aureus dengan identitas sekuens sebesar 48.35%. Analisis fisikokimia menunjukkan bahwa PhaB Priestia megaterium PSA14 memiliki ukuran 247aa dan berat molekul 26,09 kDa. Struktur sekunder PhaB tersusun atas inti 7 ?-sheet yang dikelilingi oleh 10 ? -helix. Residu katalitik PhaB Priestia megaterium PSA14 terletak pada S143, Y156, dan K160. Struktur tersier PhaB memiliki nilai Ramachandran favoured 96.73%.

Acetoacetyl-CoA reductase (PhaB) is an enzyme that can reduce acetoacetyl-CoA to 3-hydroxybutyryl CoA in the polyhydroxyalkanoate (PHA) biosynthesis pathway. The enzyme acetoacetyl-CoA reductase (PhaB) (EC 1.1.1.36) belongs to the short-chain dehydrogenase or reductase (SDR) group category. In the previous work, PhaB has been successfully expressed and purified. The results of previous research show that the PhaB protein has a solubility of 60.70%. In this study, in silico analysis was carried out on the enzyme acetoacetyl-CoA reductase (PhaB) from Priestia megaterium PSA14. The analysis begins with phylogenetic analysis, sequence alignment, physicochemical characteristic analysis, secondary structure analysis, and tertiary structure analysis. The results obtained indicate that PhaB of Priestia megaterium PSA14 is closely related to PhaB from other mesophyll groups. PhaB has a fitting structure to FabG from Staphylococcus aureus with a sequence identity of 48.35%. Physicochemical analysis shows that PhaB Priestia megaterium PSA14 has a size of 247aa and a molecular weight of 26.09 kDa. The secondary structure of PhaB is composed of 7 ?-sheet core surrounded by 10 ?-helix. PhaB catalytic residues of Priestia megaterium PSA14 are located at S143, Y156, and K160. The tertiary structure of PhaB has a Ramachandran favorable value of 96.73%.

Kata Kunci : Analisis In silico, karakterisasi protein, Asetoasetil-CoA reduktase, Priestia megaterium PSA14