Keragaman Genetik Ikan Glodok (Periophthalmus argentilineatus Valenciennes, 1837) dari Pantai Baros, Bantul, D.I. Yogyakarta berdasarkan Gen D-Loop

SOFIA JUNIANANTA SUSAN MAISEKA, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2024 | Skripsi | BIOLOGI

Indonesia dijuluki sebagai negara maritim atau negara kepulauan karena luas wilayah perairannya yang lebih besar dari pada luas daratan. Luas perairan yang besar mempengaruhi keragaman organisme yang berada pada habitat perianal. Salah satu ekosistem yang paling banyak terdapat di pesisir pulau di Indonesia adalah Hutan Mangrove. Di hutan mangrove terdapat jenis ikan yang sangat khas dengan caranya berhadapan dengan lingkungan mangrove yaitu spesies ikan glodok (Periophthalmus argentilineatus). Ikan glodok spesies P. argentilineatus dapat berjalan di atas lumpur, melompat dan memanjat akar mangrove. Masyarakat pesisir sering memanfaatkan ikan glodok sebagai bioindikator lingkungan, bahan makanan, dan obat tradisional. Namun demikian, penelitian mengenai keragaman genetik ikan glodok spesies P. argentilineatus masih sangat terbatas. Berdasarkan hal tersebut, maka pada penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan menganalisis keragaman genetik ikan glodok spesies P. argentilineatus yang diambil sampelnya dari Pantai Baros, Bantul, DI Yogyakarta berdasarkan gen D-loop. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode PCR dengan primer universal L15995 dan H16498. Tahap-tahap yang dilakukan pada penelitian ini meliputi isolasi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, pemurnian, dan sekuensing. Data yang diperoleh selanjutnya dianalisis dengan menggunakan beberapa program yaitu GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP, dan NETWORK. Analisis keragaman genetik intrapopulasi pada ketujuh sampel ikan glodok yang dikoleksi dari Pantai Baros, Bantul, DI Yogyakarta dibagi menjadi 3 haplotype dengan 21 variable sites dan 6 parsimoni sites serta menunjukan adanya perbedaan komposis nukleotida pada sampel, jarak genetik berkisar 0,00% sampai 6, 00%. 40%, nilai Hd sebesar 0,524 ± 0,209, nilai ? sebesar 0,02915 ± 0,01190. Hasil penelitian yang diperoleh diharapkan dapat digunakan dalam penyusunan pustaka gen mitokondria D-loop ikan glodok khususnya Periophthalmus argentilineatus di Indonesia dan menjadi rujukan untuk identifikasi, konservasi, dan penelitian di masa mendatang.

Indonesia is considered as a maritime country or an archipelago country due to its territorial waters are larger than the mainland. The large water area affects the diversity of the organisms. One of the many ecosystems found on coastal islands in Indonesia is the Mangrove Forest where many mudskipper including barred mudskipper can be found. The barred mudskipper is unique and can walk on mud, jump and climb on mangrove roots. Barred mudskipper can be utilized as environmental bioindicators, food ingredients, and traditional medicine. However, research on the genetic variation of the barred mudskipper is still very limited. Therefore, this study aimed to detect and analyze the genetic variation of the mudskipper, P. argentilineatus, collected from Baros Beach, Bantul, D.I. Yogyakarta using D-loop gene as a molecular marker. This research will used the PCR method with universal primers, L15995 and H16498. Several steps were carried out in this study, such as DNA isolation, DNA amplification, electrophoresis, purification, and sequencing. The data obtained were analyzed using several programs, namely GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP, and NETWORK. The intrapopulation genetic diversity analysis of the seven mudskipper samples collected from Baros Beach, Bantul, D.I. Yogyakarta, revealed three haplotypes with 21 variable sites and 6 parsimony sites, indicating differences in nucleotide composition among the samples. The genetic distances ranged from 0.00% to 6.40%, with an Hd value of 0.524 ± 0.209, and nucleotide diversity value of 0.02915 ± 0.01190. The results obtained in this study can be used in assembly D-loop gene library of Periophthalmus argentilineatus in Indonesia and become a reference for identification, conservation and future research.

Kata Kunci : Gen D-loop, Periophthalmus argentilineatus, keragaman genetik