Identifikasi Molekuler Agen Penyebab Koksidiosis dari Sampel Feses Sapi Potong

Humaira Putri, Dr.biol.hom. Nastiti Wijayanti, S.Si., M.Si.

2024 | Skripsi | BIOLOGI

Eimeria spp. merupakan protozoa yang umum ditemukan di saluran pencernaan hewan ternak yang sulit dikendalikan dalam industri peternakan. Parasit ini menyebabkan penyakit koksidiosis yang ditandai dengan diare akut dan sekitar 75% kasus koksidiosis pada sapi muda berujung pada kematian. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis dan mengidentifikasi spesies patogen Eimeria dalam feses sapi potong menggunakan metode Nested PCR dengan marka ITS-1. Sampel yang digunakan berasal dari material biologi tersimpan di Balai Besar Penelitian Veteriner Bogor. Sampel yang dianalisis berjumlah 17 sampel berasal dari peternakan karantina di Kota Gorontalo dan Pare-Pare. Ekstraksi DNA dilakukan dengan menggunakan DNAzol dan dilakukan purifikasi, diikuti oleh nested PCR dengan marka primer ITS-1 untuk mengidentifikasi keberadaan Eimeria. Hasil nested PCR yang memiliki visualisasi elektroforesis yang kuat dilanjutkan dengan sekuensing. Hasil sekuensing selanjutnya dilakukan alignment untuk dibuat pohon filogenetik dengan perangkat lunak MEGA. Hasil nested PCR dengan marka ITS-1 berhasil mengidentifikasi adanya Eimeria zuernii, E. ellipsoidalis, E. alabamensis, dan E. bovis pada sampel feses sapi. Hasil penelitian juga mengidentifikasi adanya lebih dari satu spesies Eimeria ditemukan dalam satu sampel. Hasil sekuensing gen ITS-1 pada perwakilan sampel menunjukkan E. alabamensis memiliki nilai bootstrap 64%, serta pada E. ellipsoidalis, E. bovis dan E. zuernii memiliki nilai bootstrap sebesar 100% identik dengan sampel sekuen referensi yang ada pada GenBank.

Eimeria spp. is a common protozoan found in the digestive tract of farm animals that is difficult to control in the livestock industry. This parasite causes coccidiosis disease characterized by acute diarrhea and about 75% of coccidiosis cases in young cattle lead to death. This study aims to analyze and identify the pathogenic species of Eimeria in beef cattle feces using nested PCR method with ITS-1 marker. The samples used came from biological material stored at the Bogor Veterinary Research Center. The 17 samples analyzed came from quarantine farms in Gorontalo and Pare-Pare. DNA extraction was performed using DNAzol and purification, followed by nested PCR with ITS-1 primer markers to identify the presence of Eimeria species. Nested PCR results that have strong electrophoretic visualization were followed by sequencing. Sequencing results are then aligned to create a phylogenic tree with MEGA software. The results of nested PCR with ITS-1 markers successfully identified the presence of Eimeria zuernii, E. ellipsoidalis, E. alabamensis, and E. bovis in cattle feces samples. The results also identified more than one Eimeria species found in one sample. Sequencing results of the ITS-1 gene in representative samples showed E. alabamensis had a bootstrap value of 64%, and E. ellipsoidalis, E. bovis and E. zuernii had a bootstrap value of 100% identical to sequences references samples in GenBank.

Kata Kunci : Eimeria spp., koksidiosis, ITS-1, sekuensing