Identifikasi Marker Gen Melanocortin 4 Receptor (MC4R) Bagian Promotor pada Kambing Kacang

WIJI NURYANTI, Prof. Ir. Tety Hartatik, S.Pt., Ph.D., IPM.

2024 | Skripsi | ILMU DAN INDUSTRI PETERNAKAN

Kambing Kacang merupakan salah satu ras unggul kambing yang dikembangkan di Indonesia. Kambing Kacang adalah kambing lokal Indonesia yang memiliki daya adaptasi tinggi terhadap kondisi lingkungan alam setempat. Gen Melanocortin 4 Receptor (MC4R) mengatur perkembangan pertumbuhan, termasuk pertambahan harian rata-rata (ADG) dan berat badan. Gen Melanocortin 4 Receptor (MC4R) berperan dalam mengendalikan perilaku makan dan homeostasis energi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) bagian promotor gen Melanocortin 4 Receptor (MC4R) sebagai penanda genotip Kambing Kacang, mengetahui restriction mapping pada bagian Single Nucleotide Polymorphism (SNP) yang teridentifikasi dan mengetahui metode yang tepat untuk genotyping bagian promotor gen Melanocortin 4 Receptor (MC4R) pada Kambing Kacang. Penelitian ini dilakukan di Laboratorium Genetika dan Pemuliaan Ternak Fakultas Peternakan Universitas Gadjah Mada dengan menggunakan sampel darah dari 30 ekor Kambing Kacang. Metode amplifikasi target gen Melanocortin 4 Receptor (MC4R) menggunakan primer forward 5’- ATC GAG GCA GCT GAT GAG AG –3’dan primer reverse 5’- TCT CCA GTC TTG ACT TGC CC -3 dengan ukuran 316 bp. Identifikasi genotip dengan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) menggunakan enzim HaeIII. Analisis yang dilakukan yaitu identifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) dan genotip dengan pembacaan elektroforegram, menghitung frekuensi alel dan genotip, dan menghitung kesetimbangan Hardy-Weinberg. Berdasarkan 5 SNP yang ditemukan pada Gen MC4R bagian promotor, enzim restriksi yang tepat untuk genotyping menggunakan metode PCRRFLP pada Kambing Kacang adalah AciI. Enzim ini terletak pada SNP g.191 A>C. Sementara itu, SNP g.158 T>C, dan g.177 C>T genotyping yang tepat yaitu menggunakan metode sekuensing.

The Kacang goat is one of the superior goat breeds developed in Indonesia. The Kacang goat is a local Indonesian goat that has high adaptability to local natural environmental conditions. The Melanocortin 4 Receptor (MC4R) gene regulates growth development, including average daily gain (ADG) and body weight. The Melanocortin 4 Receptor (MC4R) gene plays a role in controlling eating behavior and energy homeostasis. This research aims to identify the Single Nucleotide Polymorphism (SNP) in the promoter of the Melanocortin 4 Receptor (MC4R) gene as a marker for the Kacang Goat genotype, find out the mapping restrictions in the identified Single Nucleotide Polymorphism (SNP) and find out the correct method for genotyping the promoter of the Melanocortin 4 Receptors (MC4R) gene in Kacang Goats. This research was conducted at the Animal Genetics and Breeding Laboratory, Faculty of Animal Science, Gadjah Mada University, using blood samples from 30 Kacang Goats. The target amplification method for the Melanocortin 4 Receptor (MC4R) gene uses the forward primer 5'- ATC GAG GCA GCT GAT GAG AG –3' and the reverse primer 5'- TCT CCA GTC TTG ACT TGC CC -3 with a size of 316 bp. Genotype identification using the Polymerase Chain ReactionRestriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) method using the HaeIII enzyme. The analysis carried out was identifying Single Nucleotide Polymorphism (SNP) and genotype by reading electrophorograms, calculating allele and genotype frequencies, and calculating the Hardy-Weinberg Equilibrium. Based on the 5 SNPs found in the MC4R gene in the promoter section, the appropriate restriction enzyme for genotyping using the PCR-RFLP method in Kacang goats is AciI. This enzyme is located at SNP g.191 A>C. Meanwhile, SNP g.158 T>C, and g.177 C>T proper genotyping uses the sequencing method.

Kata Kunci : Kambing Kacang, MC4R, Single Nucleotide Polymorphism, PCR-RFLP, Sekuensing