IDENTIFIKASI KOMPLEKS BAKTERI PATOGEN BAWANG MERAH BERDASARKAN SEKUENS GEN 16S rDNA BESERTA RESPONS ANTAGONIS Bacillus spp.
Taufiq Hilmany, Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M.Agr., Sc. ; Tri Joko, S.P., M.Sc., Ph.D.
2024 | Tesis | S2 Fitopatologi
Permasalahan dalam
budidaya bawang merah sebagai komoditas penting di Indonesia salah satunya
adalah kompleks bakteri patogen. Penelitian ini bertujuan untuk
mengidentifikasi bakteri patogen penyebab penyakit bawang merah di sentra
produksi bawang merah Kabupaten Bantul. Identifikasi molekuler dilakukan dengan
mengurutkan sekuens gen 16S rDNA.
Didapat 3 bakteri patogen yang terbukti positif pada reaksi hipersensitif
tembakau dan telah dikonfirmasi melalui uji postulat koch. Bakteri patogen yang
diisolasi adalah Psudomonas aureoginosa
(A16), Pectobacterium carotovorum
(K), dan Klebsiella pneumoniae (P).
Hasil uji fisiologis-biokimia menunjukkan bahwa semua isolatmemiliki sifat gram
negatif, serta menunjukkan hasil positif pada uji katalase. Namun, dalam pengujian
oksidase, hanya isolat A16 yang menunjukkan hasil positif, sementara isolat
lainnya menunjukkan hasil negatif. Hasil uji oksidatif fermentatif menunjukkan
bahwa hanya isolat A16 yang bersifat oksidatif. Selain itu, pada uji hidrolisis
gelatin, isolat A16 menunjukkan hasil positif, sementara isolat lainnya
menunjukkan hasil negatif. Pada uji hidrolisis pati, hanya isolat K yang
menunjukkan sifat negatif. Terakhir, dalam uji pembentukan levan, hanya isolat
A16 yang menunjukkan sifat negatif. Hasil uji antagonis secara in vitro yaitu hanya Bacillus velezensis (B27) yang mampu
menghambat pertumbuhan 3 bakteri patogen bawang merah dengan zona hambat
berkisar antara 5,17 mm (B27 x A16), 13,30 mm (B27 x K) dan 3.33 mm (B27 x P).
Sedangkan hasil uji antagonis secara in
vivo menunjukkan bahwa B. velezensis
tidak mampuh menurunkan intensitas penyakit, namun dapat meningkatkan parameter
agronomi seperti jumlah daun, jumlah anakan dan berat basah tanaman.
One
of the problems in shallot cultivation, as an important commodity in Indonesia,
is the pathogenic bacteria complex. This study aims to identify the pathogenic
bacteria that cause shallot disease in shallot production centers in Bantul
Regency. Molecular identification was carried out by sequencing the 16S rDNA
gene. There were three pathogenic bacteria that proved positive in the tobacco
hypersensitivity reaction and were confirmed by Koch's postulate test. The
pathogenic bacteria isolated were Pseudomonas
aeruginosa (A16), Pectobacterium
carotovorum (K), and Klebsiella
pneumoniae (P). The results of physiological-biochemical tests showed that
all isolates had gram-negative properties and showed positive results in the
catalase test. However, in the oxidase test, only isolate A16 showed positive
results, while other isolates showed negative results. The fermentative
oxidative test results show that only isolate A16 is oxidative. In addition, in
the gelatin hydrolysis test, isolate A16 showed positive results, while other
isolates showed negative results. In the starch hydrolysis test, only isolate K
showed negative properties. Finally, in the levan formation test, only isolate
A16 showed negative properties. The results of antagonistic tests in vitro show that only B. velezensis (B27) is able to inhibit
the growth of the three pathogenic bacteria of shallots, with inhibition zones
ranging from 5.17 mm (B27 x A16), 13.30 mm (B27 x K), and 3.33 mm (B27 x P).
While the results of the in vivo
antagonist test showed that B. velezensis
was not able to reduce disease intensity, it could increase agronomic
parameters such as the number of leaves, the number of tillers, and the wet
weight of plants.
Kata Kunci : Bawang merah, Identifikasi, kompleks bakteri patogen,sekuens.
