Eksplorasi Mutasi Gen Faktor VIII (F8) Ekson 23-26 pada Keluarga dengan Hemofilia A di Yogyakarta

Suprianto, Dr. Niken Satuti Nur Handayani, M.Sc.; Dr. dr. Usi Sukorini, M.Kes,Sp.PK(K)

2024 | Tesis | S2 Biologi

Hemofilia A (HA) merupakan penyakit genetik akibat defisiensi faktor koagulasi VIII dalam 

darah. Sebanyak 2022 mutasi gen F8 dari 2537 mutasi, merupakan penyebab keparahan HA. 

Jumlah dan tipe mutasi gen F8 tidak selalu sama di setiap individu dengan HA, sehingga 

eksplorasi mutasi gen F8 pada individu dengan HA menjadi hal yang sangat penting untuk 

dikaji. Penelitian ini bertujuan untuk mengeksplorasi mutasi gen F8 pada ekson 23-26 melalui 

studi molekuler. Sumber DNA berupa sampel saliva dari sebelas pasien HA anggota 

Perhimpunan Masyarakat Hemofilia Indonesia wilayah Yogyakarta dari keluarga yang 

berbeda. Sampel dikoleksi menggunakan kit saliva dan ekstraksi DNA dilakukan mengikuti 

FavorPrepTM 96-well Genomic DNA Kit (Taiwan). Sekuensing dilakukan dengan metode 

Sanger. Urutan nukleotida gen F8 ekson 23-26 dianalisis menggunakan perangkat lunak 

GenStudio, Benchling, FinchTV Chromatogram Viewer dan Vectorbuilder. Struktur 3D protein 

faktor VIII divisualisasi menggunakan discovery studio. Analisis struktur 3D protein dianalisis 

menggunakan Phyre2, Chimera dan PDBsum. Hasil penelitian menunjukkan tidak ditemukan 

adanya mutasi gen F8 pada ekson 23-26. Penelitian paralel eksplorasi mutasi gen F8 juga tidak 

menemukan adanya mutasi pada ekson 19-22. Hal tersebut dimungkinkan karena mutasi gen 

F8 pada individu HA tidak hanya di daerah ekson, tetapi juga ditemukan di daerah intron, 

dalam bentuk single nucleotide variants. Hasil Next Generation Sequencing (NGS) 

mengungkapkan adanya perubahan urutan nukleotida ekson 13 gen F8 pada pasien dengan 

kode HM1. Hasil NGS dikonfirmasi melalui Sanger sekuensing, ditemukan mutasi missense

(c2095A>G). Hasil NGS penelitian paralel juga menemukan adanya mutasi di intron 8 gen F8 

dengan jenis mutasi splice donor (c.1271 + 1G>A) pada pasien dengan kode HM13. Visualisasi 

struktur 2D protein faktor VIII mutan menunjukkan perubahan struktur beta sheets pada 

domain A2. Perubahan struktur beta sheets pada domain A2 menyebabkan interaksi antara 

atom-atom berubah, akibat perubahan asam amino metionin menjadi valin (p.Met699Val).

Hemophilia A (HA) is a hereditary disorder caused by a lack of coagulation factor VIII in the 

bloodstream. The severity of HA is caused by 2022 F8 gene mutations, out of a total of 2537. 

The amount and type of F8 gene mutations in each individual with HA vary, hence studying 

F8 gene mutations in individuals with HA is critical. This project will use molecular techniques 

to investigate F8 gene mutations in exons 23-26. The DNA was obtained from saliva samples 

collected from eleven HA patients from various families who are members of the Indonesian 

Hemophilia Society Yogyakarta. A saliva kit was used to collect samples, and DNA extraction 

was carried out with the FavorPrepTM 96-well Genomic DNA Kit (Taiwan). The Sanger 

technique was used for sequencing. The nucleotide sequence of F8 gene exons 23–26 was 

analysed using GenStudio, Benchling, FinchTV Chromatogram Viewer, and Vectorbuilder 

software. The 3D structure of factor VIII protein was visualised with Discovery Studio. Protein 

3D structural analysis was performed with Phyre2, Chimaera, and PDBsum. The results 

revealed no mutations in the F8 gene's exons 23–26. Parallel investigation into F8 gene 

alterations revealed no abnormalities in exons 19-22. This is feasible because F8 gene 

mutations in HA individuals can be identified in both the exon and intron regions, as single 

nucleotide variants. Next Generation Sequencing (NGS) results showed a change in the 

nucleotide sequence of exon 13 of the F8 gene in a patient with the code HM1. Sanger 

sequencing corroborated the NGS results, revealing a missense mutation (c2095A>G). The 

parallel study's NGS data revealed a mutation in intron 8 of the F8 gene with a splice donor 

mutation type (c.1271 + 1G>A) in a patient with the code HM13. Visualisation of the mutant 

factor VIII protein's 2D structure revealed modifications in the A2 domain's beta sheet 

structure. Changes in the structure of beta sheets in the A2 domain alter the interaction between 

atoms as the amino acid methionine is converted to valine (p.Met699Val).

Kata Kunci : hemofilia A, gen F8, ekson 23-26, missense