Kajian Afinitas Ikatan dari Senyawa Analog 2,5-Dibenzilidensiklopentanon terhadap Albumin, CYP1A1 dan CYP1A2 dengan Pendekatan Molecular Docking
IBNU RAHMADIANSYAH, Apt. Arief Rahman Hakim, M.si ; Prof. Dr. Agung Endro Nugroho, S.Si., M.Si
2024 | Skripsi | FARMASI
Penelitian mengenai desain penemuan obat dan interaksi obat di dalam tubuh merupakan salah satu aspek terpenting dari ilmu farmasi. Interaksi antara suatu senyawa obat dengan protein-protein yang ada di dalam tubuh merupakan parameter kunci yang dapat menentukan efektivitas dan keamanan dari obat tersebut. Kurkumin merupakan senyawa yang sudah banyak diteliti karena potensinya tetapi terhalangi oleh bioavailabilitasnya. Senyawa 2,5-dibenzilidensiklopentanon merupakan analog kurkumin yang disentesis dengan tujuan meningkatkan bioavailabilitas dari kurkumin. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui bagaimana interaksi senyawa analog 2,5-dibenzilidensiklopentanon terhadap Human Serum Albumin (HSA), CYP1A1 dan CYP1A2.
Prediksi
interaksi dari senyawa analog 2,5-Dibenzilidensiklopentanon tetarget Human
Serum Albumin (HSA), CYP1A1 dan CYP1A2 dilakukan dengan metode molecular
docking. Molecular docking merupakan salah satu metode yang
digunakan pada computer based drug discovery. Molecular docking
dilakukan dengan perangkat lunak MOE (Molecular Operating Environment)
yang dapat memodelkan interaksi pada senyawa analog
2,5-Dibenzilidensiklopentanon dengan protein albumin, CYP1A1 dan CYP1A2. Untuk
memberikan hasil yang lebih valid, dilakukan validasi placement dan
validasi scoring terhadap metode docking yang dilakukan. Parameter yang
dilihat untuk mengamati interaksi tersebut adalah score docking,
interaksi senyawa terhadap asam amino pada protein serta nilai pIC50 untuk
CYP1A1 dan CYP1A2.
Protein
yang digunakan dalam penelitian ini adalah 2BXN, 6A7P, dan 6WUW untuk albumin
serta 4I8V dengan scoring function GBVI/WSA dG untuk CYP1A1 dan 2HI4
dengan scoring function Affinity dG untuk CYP1A2. Berdasarkan hasil
docking senyawa yang terikat kuat pada albumin subdomain IIA adalah B6, B11,
B12, B13, B14 dan B15. Senyawa yang terikat kuat pada albumin subdomain IB
adalah B1, B9, B12, B13, B14, B15 dan B16. Senyawa yang terikat kuat pada IIIA
hanyalah senyawa dengan kode B1. Berdasarkan hasil docking menggunakan metode
scoring yang telah tervalidasi, diprediksi bahwa senyawa yang menginhibisi kuat
CYP1A1 (IC50 < 1>50 < 1>
Drug discovery design research is one of the most important aspects of modern pharmaceutical science. Interaction between a drug compound and proteins inside the body is a key parameter that can describe the function and safety of the drug compound. Curcumin is a compound that has been widely studied for its potential but is hampered by its poor bioavailability. Analogue of curcumin 2,5-dibenzylidencyclopentanone is created with the aim of improving the poor bioavailability of curcumin. This study aims to determine the interactions between 2,5-Dibenzylidencyclopentanone analogues with Human Serum Albumin (HSA), CYP1A1 and CYP1A2.
Prediction
of the interaction between 2,5-Dibenzylidencyclopentanone with Human Serum
Albumin (HSA), CYP1A1 and CYP1A2 conducted using molecular docking method. The
molecular docking process was carried out by using MOE (Molecular Operating
Environment) software to give an interaction model of 2,5-dibenzylidencyclopentanone
analogue with albumin, CYP1A1 and CYP1A2. To provide better results, validation
on placement and scoring method is performed on the docking method used. The
parameters used to observe the interaction are docking score, interaction of
the tested compound with amino acid of the protein also pIC50 value
for CYP1A1 and CYP1A2.
The
proteins used in this research were 2BXN, 6A7P, and 6WUW for albumin and 4I8V
with GBVI/WSA dG scoring function for CYP1A1 and 2HI4 with Affinity dG scoring
function for CYP1A2. Based on docking results, the compounds that bind strongly
to albumin subdomain IIA are B6, B11, B12, B13, B14, and B15. The compounds
that bind strongly to albumin subdomain IB are B1, B9, B12, B13, B14, B15, and
B16. The only compounds that bind strongly to IIIA is the compound with the
code B1. Based on the docking results using the validated scoring method, it is
predicted that the compounds that strongly inhibit CYP1A1 (IC50<1>50<1>
Kata Kunci : 2,5-Dibenzilidensiklopentanon, molecular docking, albumin, metabolisme, inhibitor, sitokrom P450, CYP1A1 dan CYP1A2