Keragaman Genetik Ikan Glodok (Periophthalmodon schlosseri (Pallas, 1770)) dari Hutan Mangrove Wonorejo, Surabaya, Jawa Timur Berdasarkan Gen Mitokondria 16S
DELVIRA SARI, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.
2024 | Skripsi | BIOLOGI
Indonesia merupakan salah satu negara dengan kawasan hutan mangrove yang luas. Salah satu ikan yang dapat dijumpai
pada ekosistem mangrove adalah ikan glodok yang termasuk dalam Periophthalmodon
schlosseri. Ikan glodok dikenal sebagai ikan amphibious karena mampu hidup di daratan dan perairan. Salah satu habitat ikan glodok Periophthalmodon
schlosseri di Indonesia terletak di Hutan Mangrove Wonorejo,
Surabaya, Jawa Timur. Namun,
penelitian mengenai keragaman genetik ikan glodok menggunakan gen mitokondria 16S
dari Hutan Mangrove Wonorejo belum pernah
dilakukan. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan penelitian keragaman
genetik ikan glodok Periophthalmodon schlosseri dari Hutan Mangrove Wonorejo, Surabaya,
Jawa Timur menggunakan gen mitokondria 16S. Penelitian ini menggunakan
metode PCR dengan primer universal 16Sar dan 16Sbr. Tahapan
penelitian yang dilakukan terdiri dari isolasi DNA, amplifikasi DNA,
elektroforesis, purifikasi, dan sekuensing. Hasil
data yang diperoleh selanjutnya dianalisis menggunakan software
GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP, dan PopArt.
Analisis similaritas dari kesepuluh sampel ikan glodok dari Hutan Mangrove Wonorejo dengan NCBI BLAST menunjukkan rata-rata
nilai similaritas sebesar 99.19%-99.84% dibandingkan dengan sekuen Periophthalmodon
schlosseri yang berasal dari GenBank.
Analisis variasi genetik intrapopulasi
pada sampel ikan glodok yang dikoleksi dari Hutan Mangrove Wonorejo menunjukkan
adanya perbedaan komposisi nukleotida pada sampel, jarak
genetik 0%, nilai Hd sebesar 0,711 ± 0, 01380, dan nilai ? sebesar 0,00164 ±
0,00041. Analisis filogenetik
menunjukkan seluruh sampel berada pada clade yang sama. Hasil analisis haplotype
network menunjukkan bahwa sampel dari kawasan Hutan Mangrove Wonorejo
memiliki haplotipe yang terpisah dari sekuen pembanding, hal ini menandakan bahwa masing-masing lokasi memiliki
haplotipe tersendiri. Hasil penelitian ini diharapkan dapat dimplementasikan untuk usaha
konservasi ikan P. schlosseri dihabitatnya
sehingga dapat dimanfaatkan
secara berkelanjutan.
Indonesia
is one of the countries with extensive mangrove forest areas. One of the fish
that can be found in the mangrove ecosystem is the mudskipper fish, which
belongs to Periophthalmodon schlosseri. The mudskipper fish is known as
an amphibious fish because it can live on land and in water. One of the
habitats of Periophthalmodon schlosseri mudskipper fish in Indonesia is
located in the Wonorejo Mangrove Forest, Surabaya, East Java. However, research
on the genetic diversity of mudskipper fish using the 16S mitochondrial
gene from the Wonorejo Mangrove Forest has never been conducted. Therefore,
this study aimed to investigate the genetic diversity of Periophthalmodon
schlosseri mudskipper fish from the Wonorejo Mangrove Forest, Surabaya,
East Java, using the 16S mitochondrial gene. This research employed PCR
method with universal primers 16Sar and 16Sbr. The research
stages included DNA isolation, DNA amplification, electrophoresis,
purification, and sequencing. The obtained data were analyzed using GeneStudio,
DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP, and PopArt software. Similarity analysis
of the ten mudskipper fish samples from the Wonorejo Mangrove Forest with NCBI
BLAST showed an average similarity value of 99.19% - 99.84% compared to Periophthalmodon
schlosseri sequences from GenBank. Intrapopulation genetic variation
analysis of mudskipper fish samples collected from the Wonorejo Mangrove Forest
indicated differences in nucleotide composition in the samples, with a genetic
distance of 0%, Hd value of 0.711 ± 0.01380, and ? value of 0.00164 ± 0.00041.
Phylogenetic analysis showed that all samples were in the same clade.
The haplotype network analysis results showed that samples from the
Wonorejo Mangrove Forest area had distinct haplotypes from the reference
sequences, indicating that each location had its own haplotype. The
results of this study are expected to be implemented for the conservation
efforts of P. schlosseri fish in their habitat for sustainable
utilization.
Kata Kunci : gen 16S, keragaman genetik, Periophthalmodon schlosseri / 16S gene, genetic diversity, Periophthalmodon schlosseri