IDENTIFIKASI KELELAWAR BERDASARKAN GEN COI DAN ANALISIS METAGENOMIK BAKTERI POTENSIAL ZOONOTIK DI PROVINSI LAMPUNG DAN BENGKULU

Ari Indrawati, Prof. Dr. drh. Wayan Tunas Artama; Prof. Dr. drh. Rini Widayanti, MP.

2024 | Tesis | S2 Sain Veteriner

Kelelawar merupakan salah satu spesies mamalia paling beragam dan tersebar di seluruh dunia. Kelelawar memiliki hubungan dekat dengan manusia sebagai reservoir virus, bakteri, jamur dan parasit. Selama beberapa dekade terakhir penelitian tentang kelelawar pembawa virus patogen yang memiliki potensi ancaman bagi kesehatan manusia sudah banyak dilaporkan. Peran kelelawar sebagai pembawa bakteri patogen belum banyak dieksplorasi. Tujuan penelitian ini untuk mengidentifikasi spesies kelelawar dan bakteri patogen bersifat zoonosis dari sampel darah dan swab orofaring. Kelelawar yang dianalisis berjumlah tiga dari Lampung dan dua dari Bengkulu.  Identifikasi spesies kelelawar dilakukan dengan amplifikasi gen cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) complete gen mtDNA, dilanjutkan sekuensing dan dianalisis filogenetik untuk mengetahui hubungan kekerabatan antar spesies kelelawar. Identifikasi microbiome dan bakteri patogen yang berpotensi zoonotik dilakukan dengan pengurutan metagenom berbasis amplikon yang menargetkan gen 16S rRNA full length region (VI-V9), dilanjutkan dengan sekuensing menggunakan teknologi nanopore long-read GridION (ONT). Hasil identifikasi kelelawar secara genetik menggunakan gen COI didapati spesies Cynopterus titthaecheilus, Rousettus leschenaultii dan Cynopterus brachyotis. Kelelawar C. titthaecheilus memiliki jarak genetik dengan C. titthaecheilus Indonesia sebesar 0,9%, R. leschenaultii memiliki jarak genetik dengan R. leschenaultii dari Afrika dan Cina sebesar 0.4%, dan C. brachyotis memiliki jarak genetik dengan C. brachyotis Malaysia sebesar  0,9%. Analisis microbiome pada kelelawar dari Lampung dan Bengkulu, menunjukkan kelimpahan tertinggi didominasi oleh filum Pseudomonadota dan tingkat genus didominasi oleh bakteri komensal serta bersifat oportunistik yaitu Streptococcus, Haemophilus, Actinobacillus, Aggregatibacter, Mannheimia, Gemella, Neisseria dan Mycoplasma. Spesies bakteri zoonosis yang ditemukan pada sampel kelelawar C. titthaecheilus, R. leschenaultii dan C. brachyotis adalah Neisseria weaveri, Klebsiella pneomoniae, Pasteurella multocida, Steptococcus suis, Streptococcus canis, Streptococcus equi, Streptococcus pyogenes, Pseudomonas aeruginosa dan Campylobacter jejuni. 

Bats are one of the most diverse mammal species and are distributed throughout the world. Bats are closely related to humans as reservoirs of viruses, bacteria, fungi and parasites. Over the last few decades research on bats carrying pathogenic viruses that have a potential threatening human health has been widely reported. Bats role as pathogenic bacteria carriers has not been widely explored. This study aims to identify bat species and zoonotic pathogenic bacteria from blood samples and oropharyngeal swabs. There were three bats analyzed from Lampung and two from Bengkulu. The bat species were identified by amplifying the cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) complete mtDNA gene, followed by DNA sequencing and phylogenetic analysis to determine the relationship between bat species. The microbiome and potentially zoonotic bacteria were identified by amplicon-based metagenome sequencing targeting the 16S rRNA gene full length region (VI-V9), followed by sequencing using GridION (ONT) long-read nanopore technology. The results of genetic identification of bats using the COI gene found the species Cynopterus titthaecheilus, Rousettus leschenaultii and Cynopterus brachyotis. The bat C. titthaecheilus has a genetic distance from C. titthaecheilus Indonesia of 0.9%, R. leschenaultii has a genetic distance from R. leschenaultii from Africa and China of 0.4%, and C. brachyotis has a genetic distance from C. brachyotis Malaysia of 0.9%. Microbiome analysis in bats from Lampung and Bengkulu showed that the highest abundance was dominated by the phylum Pseudomonadota and the genus level was dominated by commensal and opportunistic bacteria, including Streptococcus, Haemophilus, Actinobacillus, Aggregatibacter, Mannheimia, Gemella, Neisseria and Mycoplasma. Zoonotic bacterial species found in the bat sample C. titthaheilus, R. leschenaultii and C. brachyotis are Neisseria weaveri, Klebsiella pneomoniae, Pasteurella multocida, Steptococcus suis, Streptococcus canis, Streptococcus equi, Streptococcus pyogenes, Pseudomonas aeruginosa and Campylobacter jejuni.

Kata Kunci : Agen Zoonotik, cytochrome c oxidase subunit 1, Kelelawar, Microbiome, 16S rRNA / Zoonotic Agents, cytochrome c oxidase subunit 1, Bat, Microbiome, 16S rRNA.