Variasi Genetik Kumbang Palm Asia (Rhynchophorus vulneratus Panzer, 1798) di Yogyakarta Menggunakan Inter Simple Sequence Repeat

Canavalia Wedelia Arfentri, Sukirno, S.Si., M.Sc., Ph.D.

2024 | Tesis | S2 Biologi

Kumbang palem asia (Rhynchophorus vulneratus Panzer, 1798) merupakan

salah satu hama tanaman produksi yang paling berpengaruh, salah satunya pada

tanaman kelapa (Cocos nucifera) yang merupakan produk paling besar produksinya

di Yogyakarta, Indonesia. Akan tetapi penelitian mengenai kejelasan taksonomi R.

vulneratus belum banyak dilakukan, khususnya analisis variasi genetiknya. Oleh

karena itu perlu dilakukan penelitian dengan analisis variasi genetik menggunakan

penanda ISSR (Inter Simple Sequence Repeat) serta perbandingannya dengan

polimorfisme berdasarkan karakter morfologisnya pada penelitian sebelumnya.

Penelitian ini dilakukan pada bulan Agustus sampai Oktober 2023 di Fakultas

Biologi, UGM, menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-ISSR dengan

aplikasi Multivariate Statistical Package (MVSP) untuk membuat dendrogram dan

matriks similaritas dengan Unweighted Pair Group Method using Arithmetic

Average (UPGMA) dan koefisien Jaccard untuk analisis data yang dihasilkan dari

visualisasi elektroforesis. Hasil menunjukkan bahwa metode PCR-ISSR dapat

digunakan untuk deteksi polimorfisme pada R. vulneratus. Hasilnya polimorfisme

pada R. vulneratus sangat tinggi yaitu pita DNA 100% polimorfik, menunjukkan

tingginya diversitas pada morf R. vulneratus: rusty red, red stripe, dan

intermediate. Variasi fenotipe dan variasi genotipe sangat mirip yaitu dengan

adanya 3 morf dan adanya 3 klaster pada dendrogram, namun tiga individu dalam

morf intermediate masuk dalam kluster rusty red. Individu-individu intermediate

tersebut berdasarkan karakter morfologisnya terbukti sedikit berbeda dengan rusty

red, sehingga polimorfisme berdasarkan karakter morfologisnya berbeda dengan

polimorfisme berdasarkan karakter genetik.

Asiatic palm weevil-APW (Rhynchophorus vulneratus Panzer, 1798) is one of

the most damaging pests of production plants, one of these plants is the coconut

plant (Cocos nucifera) as the highest production of coconut fruit from one region

in Indonesia, Special Region of Yogyakarta. Nevertheless, there is not enough

research on the clarity of APW taxonomy, especially to analyze the genetic identity.

So it is important to investigate the genetic diversity using the Inter Simple

Sequence Repeat marker and its relation with morphometric polymorphism in the

previous research. This research was conducted from August to October 2023 in

the Faculty of Biology, UGM using the PCR-ISSR method with MVSP applications

to generate a dendrogram, and a similarity matrix that was used to analyze the data

obtained from the visualization using electrophoresis and gel doc. Our results

suggest that PCR-ISSR can be used on APW to detect polymorphism, high

polymorphisms (100%) were produced, indicating high diversity among APW

morphs: rusty red, red stripe, and intermediate. Phenotypic variation and genotypic

variation were similar, and no effect of different elevations on the collected insect.

Similar to phenotypic variation with three morphs, there were three clades from the

dendrogram generated by MVSP using UPGMA with the Jaccard coefficient, but

three intermediate individuals were in the rusty red-clade. Morphologically these

intermediate individuals were a little bit different with rusty red morphology, so

morphologic polymorphisms are not the same with genetic polymorphisms.

Kata Kunci : Polimorfisme, diversitas genetik, ordo Coleoptera, PCR-ISSR, biodiversitas