Identifikasi Peptida Hidrolisat Venom Ular Tanah (Calloselasma rhodostoma) Hasil Fraksinasi pada pH Tinggi dan Uji sebagai Antibakteri

Riri Syavira, Respati Tri Swasono, S.Si., M.Phil., Ph.D ; Dr. Winarto Haryadi, M.Si

2023 | Tesis | S2 Ilmu Kimia

Telah dilakukan penelitian identifikasi peptida antibakteri hasil fraksinasi pada pH tinggi dari hidrolisat protein venom Calloselasma rhodostoma. Tujuan penelitian ini yaitu (I) mendapatkan hidrolisat protein venom ular Calloselasma rhodostoma menggunakan enzim tripsin, (II) mengetahui aktivitas antibakteri fraksi peptida aktif dari hidrolisat hasil fraksinasi pada pH tinggi yaitu pH 8 sampai pH 12 yang dielusi menggunakan kolom DSC-SCX SPE (Strong Cation Exchange), (III) memahami urutan asam amino peptida antibakteri dari fraksi hidrolisat dengan Liquid Chromatography-High Resolution Massa Spectroscopy (LC-HRMS) menggetahui prediksi mekanisme aksi peptida antibakteri dengan teknik in silico. Protein venom ular Calloselasma rhodostoma hidrolisis secara enzimatis menggunakan enzim tripsin. Hidrolisat protein difraksinasi menggunakan kolom DSC-SCX SPE (Strong Cation Exchange) penukar kation dengan variasi pH untuk pelarut elusi. Uji aktivitas antibakteri dilakukan terhadap bakteri Escherichia coli dan Staphylococcus aureus, menggunakan metode difusi cakram. Fraksi yang memiliki aktivitas sebagai agen antibakteri dianalisis dengan LC-HRMS. Struktur peptida teridentifikasi penambatan secara in silico dengan ligan asli bactenecin. Hidrolisis protein venom dengan tripsin diperoleh nilai derajat hidrolisis sebesar 80,23%. Fraksi peptida hasil hidrolisat dengan aktivitas antibakteri paling aktif ditunjukan oleh fraksi pH 10 yaitu pada bakteri Escherichia coli dan pada bakteri Staphylococcus aureus memberikan diameter hambatan masing-masing  sebesar 10,5 dan 10,0 mm. Urutan asam amino peptida adalah VGEVKKDPGLLK, VEDLSKR dan AGKICRIPR yang diperidksi berpotensi sebagai peptida antibakteri. 

Research to identify antibacterial peptides from trypsin hydrolyzed proteins of Calloselasma rhodostoma venom has been conducted. The objectives of this research (I) were to obtain the venom protein hydrolysate of Calloselasma rhodostoma using trypsin enzyme, (II) to determine the antibacterial activity of the active peptide fraction from the hydrolysate fractionated at high pH 8 to pH 12 using a sequence of amino acids the active fraction using Liquid Chromatography- High-Resolution Massa Spectroscopy (LC-HRMS), and determine the mechanism of action antibacterial peptides using in silico techniques. The venom protein of Calloselasma rhodostoma was enzymatically hydrolyzed using trypsin. The hydrolysate protein is fractionated using a DSC-SCX SPE (Strong Cation Exchange) column with varying pH for elution solvents. Antibacterial activity tests are conducted to predict against Escherichia coli and Staphylococcus aureus bacteria, using disc diffusion method with inhibition zone results for antibacterial activity. The peptides with antibacterial activity were analyzed by LC-HRMS (High Resolution Mass Spectrometry). The identified peptides were docked in silico with the native bactenecin ligand. Protein hydrolysis value of 80.23%. The most active antibacterial activity peptide fraction from the hydrolysate was shown at pH 10 for against to Escherichia coli bacteria, and Staphylococcus aureus for bacteria with inhibition zone diameters were 10,5 and 10,0 mm respectively. The potential antibacterial peptides VGEVKKDPGLLK, VEDLSKR and AGKICRIPR were predicted

Kata Kunci : Peptida, venom ular Calloselsma rhodostoma, tripsin, antibakteri