KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI Adenosine Triphosphatase (ATP) Subunit 6 PADA Tarsius spectrum, Tarsius dianae DAN Tarsius bancanus ASAL KALIMANTAN

Miftah Prima Nugraha, Dr. drh. Rini Widayanti, MP.

2011 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Tarsius sp adalah salah satu primata endemik asli Indonesia yang terancam punah. Informasi tentang perbedaaan karakterikstik tiap spesies diharapkan dapat membantu usaha konservasi dan pengembalian Tarsius sp. ke habitat aslinya. Usaha yang dilakukan untuk membedakan Tarsius sp. sehingga diketahui asalnya adalah dengan eksplorasi molekular. Penelitian ini bertujuan mengkaji keragaman gen ATPase subunit 6 DNA mitokondria pada Tarsius spectrum, Tarsius dianae, dan Tarsius bancanus asal Kalimantan yang dapat digunakan sebagai penanda genetik tiap spesies. Hasil isolasi DNA digunakan untuk cetakan pada proses amplikasi dengan metode PCR. Hasil PCR disekuensing menggunakan primer ATP6F dan ATP6R dengan kondisi suhu predenaturasi suhu 94 o C selama 5 menit, denaturasi suhu 94 o C selama 30 detik, penempelan primer (annealing) suhu 51 o C selama 30 detik, dilakukan dengan pemanjangan (elongation) 72 o C selama 45 detik dan diakhiri dengan penambahan (extension) 72 o C selama 5 menit. Produk PCR ATP6F dan ATP6R memiliki fragmen DNA berukuran 788pb. Hasil sekuensing gen ATP6 diperoleh urutan nukleotida sepanjang 678 basa setelah dibandingkan dengan primata lain yang diambil dari Genbank. Hasil analisa dengan program MEGA versi 4.0 didapatkan bahwa terdapat 3 nukleotida yang bersifat beragam antara T. bancanus Kalimantan1 dengan sampel Tarsius sp. lainnya pada penelitian ini dan terdapat 2 nukleotida yang bersifat beragam antara T. spectrum5 dengan sampel Tarsius sp lainnya pada penelitian ini. Rata-rata jarak genetik antara Tarsius dianae, Tarsius spectrum, Tarsius bancanus yang diteliti berdasarkan nukleotida 0,15%, asam amino 0,0% gen ATP6 yang dianalisa menggunakan Kimura 2-parameter. Filogram menggunakan metode neighbor joining berdasarkan hasil urutan nukleotida dan asam amino gen ATP6 tidak dapat membedakan Tarsius spectrum, Tarsius dianae, dan Tarsius bancanus.

Tarsius sp is one of endemic primate in Indonesia that is threatened. The information about these different characteristic between each species is expected to assist conservation efforts and returned efforts of Tarsius sp. to its genuine habitat. Molecular exploration is one of the efforts to differentiate Tarsius sp. The aim of this study is to know about genetic variation of ATPase subunit 6 gene between Tarsius spectrum, Tarsius dianae, and Tarsius bancanus from Kalimantan that can be used to be a genetic marker of each species. The result of DNA isolation is used as a printing for the process of PCR amplification. The results of PCR process is sequenced using the primers ATP6R and ATP6F with temperature conditions predenaturation 94 o C for 5 minutes, denaturation temperature is 94 o C for 30 seconds, primer annealing temperature is 51 o C for 30 second, performed with elongation 72 o C for 45 seconds and ended with the addition of (extension) 72 o C for 5 minutes. The result of ATP6 gene sequences is obtained 678 bases nucleotide sequence after multiple aligned with other primates which are taken from Genbank. Results of analysis with program MEGA version 4.0 is obtained that are 3 different nucleotides between T. bancanus Kalimantan1 with other samples Tarsius sp. in this study and there are 2 variation nucleotide between T. spectrum5 with other samples Tarsius sp. in this study. The average genetic distance between Tarsius dianae, Tarsius spectrum, and Tarsius bancanus based on nucleotides studied by 0.15%, amino acid 0.0% ATP6 gene were analyzed using the Kimura 2-parameter. Filogram using neighbor joining method based on nucleotide and amino acid sequence of ATP6 genes can not distinguish Tarsius dianae, Tarsius spectrum, and Tarsius bancanus.

Kata Kunci : Tarsius dianae, Tarsius spectrum, Tarsius bancanus, gen ATP6, sekuen DNA