Analisis Molekuler Gen Resisten Antibiotik dan Polimorfisme gen blaTEM1 pada Multidrug-resistant Escherichia coli dari Telur Ayam dan Swab Kloaka Ayam Asal Supermarket dan Peternakan di Sleman, Yogyakarta

Niken Irfa Nastiti, Prof. drh. Widya Asmara, SU, Ph.D

2023 | Tesis | S2 Ilmu Kedokteran Tropis

Resistensi antimikrobial pada bakteri patogen menjadi suatu permasalahan yang serius dalam kesehatan masyarakat (public health). Bakteri resisten antibiotik menjadi penyebab banyak kematian karena kegagalan pengobatan. Bakteri Escherichia coli merupakan salah satu bakteri yang ditemukan mengalami multidrug-resistance (MDR). Infeksi Escherichia coli di manusia umumnya melalui rute oral. Penelitian dilakukan untuk mengetahui resistensi E.coli asal telur dan ayam dari peternakan di daerah Sleman, Yogyakarta. Sampel yang dikoleksi adalah 63 sampel swab kloaka dan 200 sampel telur ayam. Tehnik isolasi E. coli yang berasal dari telur ayam mengacu pada Standar Nasional Indonesia (SNI) 2897:2008. Identifikasi bakteri dilakukan dengan API Test 20E. Uji sensitivitas antibiotik menggunakan metode Kirby Bauer, serta PCR untuk mengidentifikasi gen resisten. Sebanyak 12 isolat teridentifikasi sebagai E. coli, 1 isolat berasal dari telur ayam dan 11 isolat dari swab kloaka. Resistensi antibiotik, persentase resisten tertinggi ditemukan pada eritromisin kemudian diikuti oleh ciprofloxacin, sulfametaksazol, gentamisin, tetrasiklin, streptomosin. Gen resisten E. coli dalam penelitian ditemukan dengan persentase gen blaTEM1 dan aadA1 (100%), sedangkan gen aph(3)11a dan tetA (58.3%). Polimorfisme juga ditemukan pada sekuensing gen beta laktamase (blaTEM1) di isolat E. coli dengan kode A8, namun tidak mempengaruhi fenotip resistensi antibiotiknya. E. coli yang diperoleh memiliki kemiripan dengan strain E. coli dari Vietnam, Cina, dan India, dimana ketiga negara tersebut termasuk negara dengan konsumsi antibiotik tertinggi, terutama ampisilin.

Antimicrobial resistance in pathogenic bacteria is a serious problem in public health. Antibiotic-resistant pathogens are the cause of many deaths. Escherichia coli is one of the bacteria found to have multidrug resistance (MDR). Infection of Escherichia coli in humans occurs through transmission fecal oral. This study was conducted to determine the resistance of E.coli from eggs and chicken from farms in Sleman, Yogyakarta. The samples collected were 63 cloacal swab samples and 200 chicken egg samples. Isolation technique of E. coli from chicken eggs refers to the Indonesian National Standard (SNI) 2897:2008. Bacterial identification was performed with API Test 20E. The sensitivity test to antibiotics used Kirby Bauer method. PCR is conducted to identify resistant genes. A total of 12 isolates were identified as E. coli, 1 isolate from chicken eggs, and 11 isolates from cloacal swabs. The highest percentage of resistance was found in erythromycin followed by ciprofloxacin, sulfamethoxazole, gentamicin, tetracycline, and streptomycin. Resistance genes of E.coli in the study were found, with the percentage of blaTEM1 and aadA1 genes (100%), while aph(3)IIa and tetA genes (58.3%). Polymorphism was also found in the sequencing of beta-lactamase gene (blaTEM1) in E. coli isolate with code A8, but it did not affect its antibiotic resistance phenotype. The E. coli had similarities with E. coli strains from Vietnam, China, and India, where the three countries are the countries with the highest antibiotic consumption, especially ampicillin.

Kata Kunci : Escherichia coli;multidrug-resistance;resistance gene;polymorphism