Hubungan Kekerabatan Anggrek Dendrobium spp. Berdasarkan Anatomi Daun dan Sekuen trnL-F

Muhammad Irfan Makruf, Prof. Dr. Ratna Susandarini, M.Sc.

2023 | Tesis | S2 Biologi

Dendrobium merupakan genus anggrek terbesar kedua, dengan jumlah anggota kurang lebih 1.500 spesies. Dendrobium memiliki keragaman morfologi tinggi dan identifikasi spesiesnya terutama didasarkan pada karakter bunga. Peran karakter anatomis daun dalam identifikasi dan klasifikasi Dendrobium belum banyak dikaji. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kekerabatan antar spesies Dendrobium berdasarkan anatomi daun dan sekuen trnL-F, serta perannya dalam identifikasi spesies dan klasifikasi di bawah level genus. Preparat anatomi daun dibuat dengan metode penyelubungan parafin, menggunakan pewarnaan safranin-fast green. Data karakter anatomis daun digunakan untuk menyusun kekerabatan fenetik menggunakan analisis klaster dan analisis komponen utama. Kekerabatan berdasarkan penanda molekuler trnL-F dianalisis dengan algoritma Maximum Likelihood dengan bootstrap 1000 kali. Hasil analisis kekerabatan fenetik berdasarkan 60 karakter anatomis daun pada 17 spesies Dendrobium menunjukkan pembentukkan tiga klaster yang sesuai dengan pengelompokkan pada tingkat section. Hasil analisis filogenetik dibagi menjadi dua yaitu berdasarkan sekuen dengan panjang 587-608bp dan 977-1322bp untuk menghindari pembentukkan klad berdasarkan panjang pasang basa. Kekerabatan filogenetik berdasarkan sekuen trnL-F 23 spesies Dendrobium menunjukkan terbentuknya klad yang sejalan dengan klasifikasi intragenerik pada tingkat section secara keseluruhan. Karakter anatomis daun dan penanda trnL-F terbukti berperan dalam mengungkap variasi antar spesies, mendukung identifikasi spesies, dan dalam pemetaan kekerabatan spesies dalam genus Dendrobium.

Dendrobium is the second-largest genus of orchids, with approximately 1,500 species. Dendrobium has high morphological diversity and its species identification is mainly based on floral characters. Studies on the role of leaf anatomical characters in the identification and classification of Dendrobium is still limited. This study aims to analyze the taxonomic relationships of Dendrobium species based on leaf anatomy and trnL-F sequences, as well as their role in species identification and classification at intragenetic level. Microscopic slides of leaf section were made using the paraffin embedding method, with safranin-fast green staining. Leaf anatomical character data were used to construct phenetic relationships using cluster analysis and principal component analysis. Phylogenetic relationships based on molecular markers trnL-F were analyzed using the Maximum Likelihood algorithm with 1000x bootstrap. Result of the phenetic relationship analysis based on 60 leaf anatomical characters of 17 Dendrobium species showed the formation of three clusters which is in agreement to the grouping at the section level. Result of the phylogenetic analysis were divided into two parts, namely based on sequences with lengths of 587-608bp and 977-1322bp to avoid clade formation based on differences in sequence length. The phylogenetic relationship based on the trnL-F sequence of 23 Dendrobium species showed the formation of clades that is in line with the intrageneric classification at the overall section level. Leaf anatomical characters and trnL-F markers were proven to be reliable taxonomic evidence to reveal variations between species, supporting species identification, and in determining species relatioships within the genus Dendrobium.

Kata Kunci : Karakter, variasi, filogenetik, section