Keragaman Genetik Ikan Glodok (Periophthalmus novemradiatus Hamilton, 1822) dari Hutan Mangrove Cilacap, Jawa Tengah berdasarkan Gen Mitokondria COI
Ginti Nuratih, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.
2023 | Skripsi | BIOLOGI
Indonesia
merupakan negara tropis yang memiliki keanekaragaman hayati tinggi, termasuk
keanekaragaman jenis ikan. Salah satu keanekaragaman jenis ikan yang dapat
ditemukan di Indonesia adalah ikan glodok spesies Periophthalmus
novemradiatus. Seperti spesies ikan glodok lainnya, P. novemradiatus
dikenal sebagai ikan amfibi karena kemampuannya untuk beradaptasi di habitat
darat dan perairan. Ikan glodok P. novemradiatus tersebar di beberapa
wilayah di Indonesia, termasuk Hutan Mangrove Cilacap, Jawa Tengah. Kemiripan
secara morfologi antara spesies satu dan lainnya membuat identifikasi ikan
glodok sulit untuk dilakukan jika hanya berdasarkan karakter morfologis saja.
Salah satu upaya yang dapat dilakukan yaitu menggunakan DNA barcoding
gen mitokondria COI untuk melengkapi identifikasi secara morfologis.
Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis
keragaman genetik ikan glodok spesies Periophthalmus novemradiatus dari
Hutan Mangrove Cilacap, Jawa Tengah berdasarkan gen mitokondria COI.
Penelitian ini dilakukan dengan menggunakan metode PCR dan primer universal FishF2
dan FishR2. Tahapan kerjanya meliputi isolasi DNA, amplifikasi DNA,
elektroforesis, purifikasi, dan sekuensing. Data dianalisis menggunakan
beberapa program, yaitu GeneStudio, DNASTAR, BLAST, BOLD, MESQUITE, MEGA, dan
DnaSP. Hasil analisis menunjukkan adanya variasi komposisi nukleotida, dan
jarak genetik yang berkisar antara 0-0,30% pada kesembilan sampel P.
novemradiatus dari Hutan Mangrove Cilacap. Selain itu, terdeteksi 4
haplotipe, dan 3 variable site dengan 1 parsimony informative site.
Nilai haplotype diversity (Hd) tergolong tinggi yaitu 0,694 ± 0,147,
sedangkan nilai nucleotide diversity (?) yang diperoleh cukup rendah
yaitu 0,00152 ± 0,00040. Analisis filogenetik menunjukkan bahwa semua sampel
ikan glodok P. novemradiatus dari Hutan Mangrove Cilacap berada dalam
satu clade yang sama. Hasil penelitian ini diharapkan dapat dijadikan
referensi dalam program pengelolaan dan konservasi ikan P. novemradiatus
di waktu mendatang.
Indonesia
is a tropical country that has a high biodiversity, including a variety of fish
species. One of the diverse fish species that can be found in Indonesia is
mudskipper species Periophthalmus novemradiatus. Like other mudskipper
species, P. novemradiatus is known as an amphibious fish because of its
ability to adapt to both land and water habitats. P. novemradiatus is
distributed in several areas in Indonesia, including Cilacap Mangrove Forest,
Central Java. Morphological similarities between species make mudskipper
identification difficult if only relying on morphology. One effort that can be
done is by using DNA barcoding of the mitochondrial COI gene to
complement morphological identification. Therefore, this study aims to identify
and analyze the genetic diversity of P. novemradiatus mudskipper species
from Cilacap Mangrove Forest, Central Java based on the COI
mitochondrial gene. This research was conducted using the PCR method and
universal primers FishF2 and FishR2. The working stages include
DNA isolation, DNA amplification, electrophoresis, purification, and
sequencing. The data were analyzed using several programs, such as GeneStudio,
DNASTAR, BLAST, BOLD, MESQUITE, MEGA, and DnaSP. The results showed nucleotide
composition variation and genetic distance ranging from 0-0.30% in the nine P.
novemradiatus samples from Cilacap Mangrove Forest. In addition, four
haplotypes and three variable sites with one parsimony informative site were
detected. The haplotype diversity (Hd) value was high at 0.694 ± 0.147, while
the nucleotide diversity (?) value obtained was quite low at 0.00152 ± 0.00040.
Phylogenetic analysis showed that all P. novemradiatus mudskipper
samples from Cilacap Mangrove Forest were in the same clade. The results of
this study are expected to be a reference for the management and conservation
program of P. novemradiatus species in the future.
Kata Kunci : Keragaman genetik, Periophthalmus novemradiatus, gen mitokondria COI, Genetic variation, Periophthalmus novemradiatus, COI gene