Keragaman Genetik Ikan Glodok (Periophthalmus argentilineatus Valenciennes, 1837) dari Pantai Clungup, Malang, Jawa Timur Berdasarkan Gen Mitokondria COI

Indah Paramita Sari, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2023 | Skripsi | BIOLOGI

Indonesia memiliki keragaman hayati yang tinggi termasuk keanekaragaman jenis ikan. Salah satu ikan dengan keunikannya adalah ikan glodok (Periophthalmus argentilineatus Valenciennes, 1837). Ikan glodok merupakan ikan amfibi yang dapat hidup di zona daratan dan perairan. Ikan glodok terdistribusi pada wilayah Indo-Pasifik hingga Afrika Barat. Kemiripan morfologi ikan glodok membutuhkan identifikasi dan kajian lebih lanjut. Identifikasi dengan hasil yang jelas dapat dilakukan secara molekuler melalui barcoding DNA menggunakan gen COI. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman genetik ikan glodok (Periophthalmus argentilineatus) dari Pantai Clungup, Malang, Jawa Timur menggunakan gen mitokondria COI. Metode yang digunakan yaitu metode PCR dengan primer universal FishF2 dan FishR2. Tahapan penelitian ini meliputi isolasi DNA, amplifikasi DNA, elektroforesis, purifikasi dan sekuensing. Data dianalisis menggunakan software GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, dan DnaSP. Hasil analisis menunjukan terdapat variasi genetik intrapopulasi pada sampel P. argentilineatus dari Pantai Clungup. Rekonstruksi pohon filogenetik menunjukkan sampel yang diteliti terbagi menjadi 2 clade dengan jarak genetik sebesar 0-5,56%. Analisis variasi genetik menunjukkan dari 6 sampel yang diteliti terdapat 4 sampel dengan komposisi nukleotida sama. Hasil analisis sampel menunjukkan terdapat 3 haplotipe dengan haplotype diversity (Hd) sebesar 0,6000±0,215 dan nucleotide diversity sebesar 0,01848 ±0,01078. Polimorfisme terdeteksi sejumlah 35 sites yang terdiri dari 34 singleton sites dan 1 parsimony site. Hasil penelitian ini diharapkan dapatdigunakan untuk menyusun pustaka gen COI ikan glodok spesies Periophthalmus argentilineatus. Selain itu, penelitian ini diharapkan dapat menjadi referensi usaha konservasi ikan glodok di Indonesia.

Indonesia has high biodiversity including fish. One of the fish with its uniqueness is barred mudskipper (Periophthalmus argentilineatus Valenciennes, 1837). Barred mudskipper are amphibious fish which can live in both land and water zones. Their adaptation supports the ability to live in two territories. Barred mudskipper are distributed from Indo-Pacific region to West Africa. The morphological similarity of mudskipper requires further identification and study. Identification with clear results can be done using DNA barcodes based COI gene. Therefore, this study aimed to identify and analyze genetic variation of barred mudskipper collected from Clungup Beach, Malang, East Java based COI gene. The method was used PCR with universal primer FishF2 dan FishR2. The stages in this research included DNA isolation, DNA amplification, electrophoresis, purification, and sequencing. Data was analyzed using GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, and DnaSP. The results showed that there was intrapopulation genetic variation in the P. argentilineatus sample from Clungup Beach. Phylogenetic tree reconstruction showed P. argentilineatus sample is divided into 2 clades with a genetic distance were 0-5,56%. Analysis of genetic variation showed there were 4 samples from 6 samples with similar nucleotide composition. The results also revealed 3 haplotypes. Haplotype diversity (Hd) and nucleotide diversity were 0,6000±0,215 and 0,01848±0,01078 respectively. In addition, 35 polymorphic sites were detected with 34 singleton sites and 1 parsimony site. The results of this study are expected to assembly COI gene library of Periophthalmus argentilineatus. In addition, this research is expected to be a reference for conservation of mudskipper in Indonesia.

Kata Kunci : Gen COI, Periophthalmus argentilineatus, variasi genetik