Keragaman Genetik Ikan Glodok (Boleophthalmus boddarti Pallas, 1770) dari Hutan Mangrove Mangkang, Semarang, Jawa Tengah Berdasarkan Gen Mitokondria 16S
Michael Marune Putra Sianturi, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D
2023 | Skripsi | BIOLOGI
Indonesia adalah negara kepulauan
dengan luas perairan mencapai total 78?ri luas seluruh wilayah negara. Lingkungan
pesisir pantai Indonesia memiliki banyak ekosistem hutan mangrove sebagai
penunjang penting ekosistem perairan laut. Salah satu jenis ikan yang dapat
ditemukan dalam ekosistem perairan hutan mangrove adalah ikan glodok (Boleophthalmus
boddarti) yang merupakan kelompok mudskipper. Identifikasi yang
dilakukan terhadap ikan glodok kelompok mudskipper belum secara
menyeluruh dikarenakan spesies ini tidak dapat dibedakan hanya dengan
identifikasi karakter morfologis saja, namun memerlukan data karakter
molekuler. Berdasarkan hal tersebut, maka penelitian ini dilakukan dengan
tujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman genetik ikan glodok
spesies B. boddarti dari Hutan Mangrove Mangkang, Semarang, Jawa Tengah
dengan menggunakan metode PCR dan primer universal 16Sar dan 16Sbr. Data hasil dianalisis
dengan beberapa program yaitu GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE,
MEGA, DnaSP, dan NETWORK. Hasil
penelitian menunjukkan bahwa jarak genetik antar sampel Boleophthalmus
boddarti dari kawasan Hutan Mangrove Mangkang yaitu 0%. Hal ini
mengindikasikan tidak ada variasi genetik intrapopulasi. Analisis interpopulasi
terhadap 4 sampel B. boddarti dari kawasan Hutan Mangrove Mangkang dan sampel
dari GenBank menunjukkan jarak genetik sebesar 0,17%. Selain itu juga
terdapat dua haplotipe dengan satu variable site tanpa parsimony
informative site serta haplotype diversity 0.4 ± 0.237 dan nucleotide
diversity 0.0067 ± 0.0004. Analisis filogenetik menunjukkan seluruh sampel berada
pada clade yang sama. Hasil analisis haplotype network
menunjukkan bahwa sampel dari kawasan Hutan Mangrove Mangkang memiliki
haplotipe yang terpisah dari sekuen pembanding, hal ini menandakan bahwa
masing-masing lokasi memiliki haplotipe tersendiri. Hasil penelitian ini
diharapkan dapat dimplementasikan untuk usaha konservasi ikan B. boddarti
dihabitatnya sehingga dapat dimanfaatkan secara berkelanjutan.
Indonesia is the largest
archipelagic country in the world and hosts numerous ecosystems, including
mangrove forests. One of species inhabited in this area is the Boddart’s
goggle-eyed goby (Boleophthalmus boddarti), which belongs to a group of
amphibious fish. However, distinguishing different species of mudskipper based
on their morphological characteristics alone can be challenging and often
requires molecular data. Therefore, this study aimed to identify and analyze
the genetic diversity of B. boddarti from the Mangkang Mangrove Forest
in Semarang, Central Java, using the 16S rRNA mitochondrial gene with
universal primers, 16Sar and 16Sbr. The data were analyzed using various
programs, including GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP, and NETWORK.
The result revealed that no intrapopulation genetic variation of B. boddarti
from the Mangkang Mangrove Forest (genetic distance= 0%). Moreover, the
interpopulation analysis showed a genetic distance of only 0.17?tween four
samples of B. boddarti from the Mangkang Mangrove Forest and sequence
samples from GenBank. The study identified two haplotypes with one variable
site without parsimony informative site, and the haplotype diversity and
nucleotide diversity were 0.4 + 0.237, and 0.0067 + 0.0004
respectively. The phylogenetic analysis revealed that all samples were in the
same clade, while the haplotype network analysis showed that the samples from
the Mangkang Mangrove Forest had separate haplotypes from the reference
sequences, indicating that each location had its unique haplotype. The findings
of this study could be utilized in the sustainable conservation of B.
boddarti fish in the Mangkang Mangrove Forest.
Kata Kunci : Keragaman genetik, ikan glodok, Boleophthalmus boddarti, gen mitokondria 16S