Keragaman Genetik Ikan Glodok (Boleophthalmus boddarti Pallas, 1770) dari Hutan Mangrove Mangkang, Semarang, Jawa Tengah Berdasarkan Gen Mitokondria 16S

Michael Marune Putra Sianturi, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D

2023 | Skripsi | BIOLOGI

Indonesia adalah negara kepulauan dengan luas perairan mencapai total 78?ri luas seluruh wilayah negara. Lingkungan pesisir pantai Indonesia memiliki banyak ekosistem hutan mangrove sebagai penunjang penting ekosistem perairan laut. Salah satu jenis ikan yang dapat ditemukan dalam ekosistem perairan hutan mangrove adalah ikan glodok (Boleophthalmus boddarti) yang merupakan kelompok mudskipper. Identifikasi yang dilakukan terhadap ikan glodok kelompok mudskipper belum secara menyeluruh dikarenakan spesies ini tidak dapat dibedakan hanya dengan identifikasi karakter morfologis saja, namun memerlukan data karakter molekuler. Berdasarkan hal tersebut, maka penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis keragaman genetik ikan glodok spesies B. boddarti dari Hutan Mangrove Mangkang, Semarang, Jawa Tengah dengan menggunakan metode PCR dan primer universal 16Sar dan 16Sbr. Data hasil dianalisis dengan beberapa program yaitu GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP, dan NETWORK.  Hasil penelitian menunjukkan bahwa jarak genetik antar sampel Boleophthalmus boddarti dari kawasan Hutan Mangrove Mangkang yaitu 0%. Hal ini mengindikasikan tidak ada variasi genetik intrapopulasi. Analisis interpopulasi terhadap 4 sampel B. boddarti dari kawasan Hutan Mangrove Mangkang dan sampel dari GenBank menunjukkan jarak genetik sebesar 0,17%. Selain itu juga terdapat dua haplotipe dengan satu variable site tanpa parsimony informative site serta haplotype diversity 0.4 ± 0.237 dan nucleotide diversity 0.0067 ± 0.0004. Analisis filogenetik menunjukkan seluruh sampel berada pada clade yang sama. Hasil analisis haplotype network menunjukkan bahwa sampel dari kawasan Hutan Mangrove Mangkang memiliki haplotipe yang terpisah dari sekuen pembanding, hal ini menandakan bahwa masing-masing lokasi memiliki haplotipe tersendiri. Hasil penelitian ini diharapkan dapat dimplementasikan untuk usaha konservasi ikan B. boddarti dihabitatnya sehingga dapat dimanfaatkan secara berkelanjutan.

Indonesia is the largest archipelagic country in the world and hosts numerous ecosystems, including mangrove forests. One of species inhabited in this area is the Boddart’s goggle-eyed goby (Boleophthalmus boddarti), which belongs to a group of amphibious fish. However, distinguishing different species of mudskipper based on their morphological characteristics alone can be challenging and often requires molecular data. Therefore, this study aimed to identify and analyze the genetic diversity of B. boddarti from the Mangkang Mangrove Forest in Semarang, Central Java, using the 16S rRNA mitochondrial gene with universal primers, 16Sar and 16Sbr. The data were analyzed using various programs, including GeneStudio, DNASTAR, BLAST, MESQUITE, MEGA, DnaSP, and NETWORK. The result revealed that no intrapopulation genetic variation of B. boddarti from the Mangkang Mangrove Forest (genetic distance= 0%). Moreover, the interpopulation analysis showed a genetic distance of only 0.17?tween four samples of B. boddarti from the Mangkang Mangrove Forest and sequence samples from GenBank. The study identified two haplotypes with one variable site without parsimony informative site, and the haplotype diversity and nucleotide diversity were 0.4 + 0.237, and 0.0067 + 0.0004 respectively. The phylogenetic analysis revealed that all samples were in the same clade, while the haplotype network analysis showed that the samples from the Mangkang Mangrove Forest had separate haplotypes from the reference sequences, indicating that each location had its unique haplotype. The findings of this study could be utilized in the sustainable conservation of B. boddarti fish in the Mangkang Mangrove Forest.

Kata Kunci : Keragaman genetik, ikan glodok, Boleophthalmus boddarti, gen mitokondria 16S