Desain dan Efektivitas Mini Primer STR Lokus D21S11 untuk Amplifikasi DNA Darah Terpapar Suhu Tinggi
Kireida Asta Nugraheni, Dr. Niken Satuti Nur Handayani, M.Sc.
2023 | Skripsi | BIOLOGI
Keterbatasan jumlah dan kualitas sampel
yang berada di Tempat Kejadian Perkara (TKP) menyebabkan tidak semua sampel
dapat digunakan untuk proses identifikasi pada kasus forensik. Para ahli forensik harus menggunakan sampel yang ada dengan efektif. Oleh karena itu, diperlukan suatu primer khusus berukuran kecil yang
disebut mini primer untuk
mengamplifikasi DNA dengan jumlah yang terbatas dan memiliki kualitas yang
buruk. Paparan suhu tinggi dapat menurunkan kuantitas dan kualitas DNA. Hingga saat ini, belum dihasilkan mini
primer yang efektif untuk mengamplifikasi DNA STR lokus D21S11 pada sampel darah yang terpapar
suhu tinggi. Pada penelitian ini, dilakukan
desain mini primer menggunakan website Primer3Plus untuk
mengamplifikasi DNA pada sampel darah yang terpapar suhu tinggi. Sampel darah
diberi perlakuan suhu 100oC, 150oC, dan 200oC
selama 10 menit, 20 menit, dan 30 menit untuk mengetahui pengaruh suhu tinggi
terhadap kuantitas dan kualitas DNA.
Amplifikasi DNA dilakukan dengan menggunakan mini primer yang
telah didesain. Data dianalisis
menggunakan ANOVA Two
Way untuk mengetahui pengaruh suhu terhadap kadar
DNA. Hasil menunjukkan bahwa paparan suhu tinggi
berpengaruh secara signifikan terhadap kuantitas DNA, namun tidak berpengaruh
secara signifikan terhadap kualitas DNA. Pasangan primer MP1FD21S11
dan MP1RD21S11 dapat mengamplifikasi DNA pada sampel darah yang terpapar
suhu 200oC selama 20 menit dan 30 menit. Sementara itu, pasangan primer
MP3FD21S11 dan MP3RD21S11 dapat mengamplifikasi DNA pada sampel darah
yang terpapar suhu 100oC dan 150oC selama 10 menit, 20
menit, dan 30 menit serta 200oC selama 10 menit. Penggunaan pasangan
primer MP1FD21S11 dengan MP1RD21S11 dan MP3FD21S11
dengan MP3RD21S11 dapat dikombinasikan untuk mengamplifikasi DNA pada
sampel darah yang terpapar suhu 100oC, 150oC, dan 200oC.
The limited number and quality of samples at the crime
scene meant that not all samples could be used for the identification process
in forensic cases. Forensic experts must use existing samples as effectively as
possible. Therefore, a special small primer called mini primer is needed to
amplify DNA with a limited amount and poor quality. Exposure to high
temperatures can reduce the quantity and quality of DNA. Until now, no
effective mini primers have been produced to amplify DNA STR locus D21S11
in blood samples exposed to high temperatures. In this study, a mini primer
design was carried out using the Primer3Plus website to amplify DNA in
blood samples exposed to high temperatures. Blood samples were treated at 100oC,
150oC and 200oC for 10 minutes, 20 minutes and 30 minutes
to determine the effect of high temperature on the quantity and quality of DNA.
DNA amplification was carried out using pre-designed mini primers. Data were
analyzed using Two Way ANOVA to determine the effect of temperature on DNA
content. The results showed that exposure to high temperatures significantly
affected the quantity of DNA, but did not significantly affect the quality of
the DNA. MP1FD21S11 and MP1RD21S11 primer pairs can amplify DNA
in blood samples exposed to 200oC for 20 minutes and 30 minutes.
Meanwhile, MP3FD21S11 and MP3RD21S11 primer pairs could amplify
DNA in blood samples exposed to temperatures of 100oC and 150oC
for 10 minutes, 20 minutes and 30 minutes and 200oC for 10 minutes.
The use of primer pairs MP1FD21S11 with MP1RD21S11 and MP3FD21S11
with MP3RD21S11 can be combined to amplify DNA in blood samples exposed
to temperatures of 100oC, 150oC and 200oC.
Kata Kunci : D21S11, DNA, mini primer, paparan suhu tinggi