Penentuan Genotip Induk Kambing Peranakan Etawah dengan Metode Sekuensing dan PCR-RFLP pada GDF9

Nanik Prasetya Ningrum, Prof. Ir. Tety Hartatik, S.Pt., Ph.D., IPM.; Ir Tri Satya Matuti Widi, S.Pt., M.P., M.Sc., Ph.D., IPM. ASEAN Eng.

2023 | Skripsi | S1 ILMU DAN INDUSTRI PETERNAKAN

Kambing Peranakan Etawah atau PE adalah kambing hasil persilangan antara kambing Kacang dengan kambing Jamnapari (Etawah) dari India. Gen Growth Differentiation Factor 9 (GDF9) adalah molekul polipeptida family dari TGF-BETA Growth Factor yang berperan dalam pendewasaan dan pematangan oosit. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Single Nucleotide Polymorphism (SNP) berdasarkan hasil sekuensing sebagai penanda genotip induk kambing PE, mengetahui peta enzim restriksi dan ukuran pemotongannya berdasarkan pengenalan SNP, mengetahui genotip ternak dengan metode Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) berdasarkan enzim restriksi yang teridentifikasi, serta mengetahui sebaran frekuensi alel, genotip, dan keseimbangan Hardy-Weinberg induk kambing PE. Materi yang digunakan berupa 26 induk kambing PE. Metode yang dilakukan yaitu ekstraksi DNA, amplifikasi target sekuen GDF9 dengan primer forward 5’-CTC CTC TTG AGC CTC TGG TG–3’  dan reverse 5’-TCC AGT TGT CCC ACT TCA  GC-3’, sekuensing dengan primer forward, identifikasi SNP dan genotip dengan pembacaan elektroforegram, identifikasi enzim restriksi pada lokasi SNP, serta PCR-RFLP. Analisis yang dilakukan yaitu menghitung frekuensi alel dan genotip serta keseimbangan Hardy-Weinberg. Hasil penelitian menunjukkan SNP g.3855A>C dengan genotip AA dan AC. Berdasarkan SNP tersebut terdapat sekuen C’CG_G yang dikenali enzim restriksi MspI dan HpaII, sehingga dapat digunakan untuk genotyping dengan metode PCR-RFLP. Genotip homozigot AA (CAGG) menghasilkan pita 456 bp sedangkan genotip heterozigot AC (CMGG) menghasilkan pita 149 bp, 307 bp, dan 456 bp. Frekuensi genotip AA pada kambing PE sebesar 96?n genotip AC sebesar 4?ngan frekuensi alel A sebesar 0,98 dan alel C sebesar 0,02. Hasil analisis Chi-Square berdasarkan perhitungan genotip dan alel pada populasi kambing PE berada dalam keseimbangan Hardy-Weinberg. Bagian ekson 2 gen GDF9 pada kambing PE dapat digunakan sebagai marker gen, dengan meningkatkan genotip AC dan CC melalui perkawinan kambing PE yang bergenotip AC. 

Etawah Crossbreed or PE is a goat from the grading up of Kacang goats with Jamnapari (Etawah) goats from India. Growth Differentiation Factor 9 (GDF9) is a polypeptide family molecule of the TGF-BETA growth factor that plays a role in oocyte maturation. The study aims to identify Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) as a marker of the PE goats genotype, to know the restriction enzyme map and the size of its cutting based on SNP, to know genotype with Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism (PCR-RFLP) method based on restriction enzymes, and to know the distribution of the allele and genotype frequencies and Hardy-Weinberg balance in PE goats. For this purpose, a total of 26 samples of PE goats were used in this study. This study had 5 stages, the first  extraction DNA, amplification DNA with primary forward 5’-CTC CTC TTG AGC CTC TGG TG–3’ and reverse 5’-TCC AGT TGT CCC ACT TCA  GC-3’ of the GDF9 gene, sequencing using primer forward, identification SNP and genotype with electrophorogram, identification enzyme restriction based on SNP, and PCR-RFLP. The analysis carried out was to calculate allele and genotype frequency and Hardy-Weinberg balance. The results of SNP analysis can be known SNP g.3855A>C with genotype AA and AC. At the location of SNPs there is C’CG_G sequence that identified restriction enzyme MspI and HpaII, so it can be used to identify genotype with PCR-RFLP method. Genotype AA (CAGG) have band 456 bp while genotype AC (CMGG) have bands 149 bp, 307 bp, and 456 bp. Frequency genotype AA is 96% and AC is 4% with allele frequency A of 0.98 and allele C of 0.02. The Chi-Square analysis based on genotype and allele calculation in the PE goats population in Hardy-Weinberg equilibrium. The exon 2 region of the GDF9 gene in PE goats can be used as a genetic marker by increasing the AC and CC genotypes thought mating of the PE goats with the AC genotype.

Kata Kunci : Kambing Peranakan Etawah, GDF9, Single Nucleotide Polymorphism, enzim restriksi, PCR-RFLP