STUDI POLA RESTRIKSI PADA SEKUEN SPESIFIK DNA KLOROPLAS (Cp-DNA) POHON JATI (Tectona grandis, L.f.)

Arief Sudhartono, Dr.Ir. H. Moch. Na'iem, M.Agr

1999 | Tesis | S2 Ilmu Kehutanan

Penelitian berkaitan dengan aplikasi bidang teknologi molekuler pada jati atau pada pohon-pohon tropis lainnya masih sangat sedikit dibandingkan pada pohon-pohon daerah temperate. Hal inilah yang mendorong dilakukannya penelitian ini dengan mengacu pada hasil-hasil penelitian pohon-pohon temperate khususnya pohon Oak (Querqus spp.)yang punya karakteristik mendekati pohon Jati. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui pola restriksi sekuen spesifik dari DNA Kloroplas (Cp-DNA) pohon Jati dengan perlakuan enzim restriksi tunggal. Penelitian dilakukan dalam tahapan-tahapan yang berurutan, meliputi uji coba metode CT AB, proses untuk mendapatkan sekuen spesifik Cp-DNA, dan tahap proses restriksi. Materi penelitian berupa daun-daun muda dari 15 macam provenans dan 3 (tiga) macam varietas jati yang diambil dari 'Petak Uji Varietas Jati' Perum Perhutani yang ada di BKPH Nglambangan KPH Bojonegoro Jawa Timur. Diambil 3(tiga) sampel pohon per provenans/varietas. Sampel dikeringkan dengan lyofilizer kemudian diekstraksi Gen-DNA dengan menggunakan metode CT AB yang berhasil sangat baik terhadap pohon-pohon Oak. Metode tersebut disadur oleh Lexer dan Gloessl (1996) dari Ausubel, et a/.(1995). Proses reaksi PCR menggunakan empat macam Universal Cp-primers: AS,CD,DT (Demesure et al, 1995) dan TF (Taberlet, et a/.,1991). Sekuen spesifik Cp-DNA yang diperoleh masing-masing dicema dengan lima macam enzim restriksi tunggal (Alu-I, Hae-IIL Hinf-1, Taq-1, dan Xba-I)???? dengan demikian terdapat 20 macam kombinasi perlakuan. Pengamatan, pengumpulan, dan evaluasi data menggunakan fluorimeter, elektroforesis (gel agarose/gel polialcrilamid), dan pemotretan di bawah sinar UV. Hasil penelitian menunjukkan bahwa prosedur ekstraksi CT AB untuk pohon Oak temyata sesuai dan dapat diterapkan untuk pohon Jati. Hasil Gen-DNA Jati mempunyai Berat Molekul yang tinggi dan dapat dipergunakan untuk aplikasi PCR Sekuen komplementer dari Universal Cp-primers terbentuk dengan baik. Khusus untuk Universal Cp-primers AS membentuk sekuen spesifik Cp-DNA Jati dengan ukuran yang lebih kecil dibandingkan sekuen yang terbentuk pada pohon Oak. Empat macam kombinasi perlakuan yaitu: AS/Hinf-1, CD/Hinf-1, TF/Taq-1, dan AS/Taq-1 menunjukkan kecenderungan adanya pola restriksi polimorfik dan enam betas perlakuan lainnya menunjukkan pola restriksi monomorfik diantara provenans/varietas Jati yang diteliti. Ditemukan pula pola restriksi polimorfik pada fragmen Cp-DNA dengan ukuran kurang dari 100 bp pada kombinasi perlakuan

An application research of molecular technology field on teak or another tropical trees is still a few compare with it on sub tropical trees. This is one of the reasons to conduct this research by taking orientation on reseach results of its applications on the sub tropical trees especially on Oak (Querqus spp.) trees which have the similar characteristics with teak trees. This research conducted in order to know about restriction pattern of specific sequence of Cp-DNA of teak by single restriction enzymes applications. In order to achieve this object, this research conducted in a series of steps include CT AB methode testing, process for getting a specific sequence Cp-DNA and restriction process step . The materials of this research are the young leaves of 15 provenances and 3 varieties of teak from the 'Varieties Trial Plot' of Perum Perhutani sited on BKPH Nglambangan KPH Bojonegoro, East Java Province. Three sample trees were taken from each of provenances or varieties. Samples were dried by lyophilizer than extracted Gen-DNA by CT AB methode which have had success on its application to Oak trees. This CTAB methode was adapted by Lexer and Gloessl (1996) from Ausubel, et al.(1995). PCR reaction used 4 kinds of Un-Cp-Primers : AS,CD,DT (Demesure, et al.,1995), and TF (Taberlet, et al.,1991). Each of the specific sequence of Cp-DNA which was achieved digested with 5 kinds of enzymes restrictions ( Alu- 1, Hae-ill, Hinf-1, Taq-1, and Xba-1); so there were 20 kinds of treatment combinations. Observations, collecting, and evaluating of datas used fluorimeter, electrophoresis ( agarose and or poyacrilamide gel) and photography taking under the UV lights. The results of this research showed that the extraction procedure of Gen­DNA from Oak trees, CTAB methode, also applicable to Teak trees. Gen-DNA of Teak has a high molecular weight and suitable for PCR applications. The complementary sequences of Un-Cp-Primers were taken well. Un-Cp-Primers AS, especially, has gave a specific sequence of Cp-DNA of teak trees in smaller size compared with it on Oaks trees. Four kinds of treatment combinations (i.e.: AS/Hinf- 1, CD/Hinf-1, TF/Hinf-1, and ASffaq-1) showed a trend of polymorphisms, and another treatment combinations showed monomorfic patterns among of the provenances/varieties of Teak trees. The polymorphisms were found also on the Cp­DNA fragments which have size less than 100 bp on the 5 treatment combinations (i.e.: DT/Hae-Ill, AS/Hinfl, ASffaq-1, DT/Hinf-1, and DTffaq-1).

Kata Kunci : Kayu Jati,Pemuliaan Kayu Jati,Genetis Varietas