DETEKSI SPESIES INVASIF DENGAN METODE ANALISIS ENVIRONMENATAL DNA (eDNA) DI SUNGAI PROGO YOGYAKARTA

Kurnia Anggraini Rahmi, Dr. Ratih Ida Adharini, S.Pi., M.Si. ; Dr. Dini Wahyu Kartika Sari, S.Pi., M.Si.

2022 | Tesis | MAGISTER ILMU PERIKANAN

Spesies invasif adalah spesies asing yang masuk ke dalam ekosistem dan mampu beradaptasi pada ekosistem tersebut secara cepat. Keberadaan ikan invasif dapat mengancam keanekaragaman endemik dalam ekosistem, Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan dan persebaran ikan invasif di Sungai Progo, Yogyakarta melalui teknik environmental DNA (eDNA). Sampel air diambil di tiga titik stasiun pengamatan di daerah hulu sungai (stasiun 1); tengah sungai (stasiun 2); dan hilir sungai (stasiun 3). Sampel air selanjutnya difiltrasi menggunakan filtration pump, kemudian diekstraksi menggunakan ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit. Primer yang digunakan yaitu FishF2 dan FIshR2. Pada penelitian ini menggunakan nanopore sequencing. Hasil sekuensing dianalisis menggunakan mBRAVE. Hasil menunjukkan bahwa pada daerah hulu sungai (stasiun 1) ditemukan genus Lagocephalus dan Sciaenops. Pada daerah tengah sungai (stasiun 2) ditemukan genus Lepomis dan Gambusia. Sedangkan pada daerah hilir sungai (stasiun 3) ditemukan genus Gambusia dan Sciaenops.

Invasive species are foreign species that enter the ecosystem and are able to adapt to the ecosystem quickly. The presence of invasive fish can threaten endemic diversity in ecosystems. This study aims to determine the presence and distribution of invasive fish in the Progo River, Yogyakarta through environmental DNA (eDNA) techniques. Water samples were taken at three observation points in the upstream area of the river (station 1); middle of the river (station 2); and downstream of the river (station 3). The water sample was then filtered using a filtration pump, then extracted using the ZymoBIOMICS DNA Miniprep Kit. The primers used were FishF2 and FIshR2. In this study using nanopore sequencing. The sequencing results were analyzed using mBRAVE. The results showed that in the upstream area (station 1) genera Lagocephalus and Sciaenops were found. In the middle area of the river (station 2) genera Lepomis and Gambusia are found. Meanwhile, in the lower reaches of the river (station 3) the genera Gambusia and Sciaenops were found.

Kata Kunci : environmental DNA, Gambusia, Lagocephalus, Lepomis, Sciaenops