Variabilitas genetik pada populasi Chrysmoya bezziana (Diptera: Calliphoridae) di Indonesia dengan analisis Gena sitokrom B sebagai marka

WARDHANA, April Hari, Drh. Widya Asmara, SU.,PhD

2003 | Tesis | S2 Bioteknologi

Chrysomya bezziana adalah lalat penyebab myiasis (belatungan) yang menyerang ternak di Indonesia. Selama ini karakter C. bezziana masih menjadi perdebatan di kalangan para peneliti. Oleh karena itu, penelitian ini bertujuan untuk mengetahui variabilitas genetik pada populasi C. bezziana di Indonesia dengan analisis gena sitokrom b sebagai marka. Penelitian pendahuluan yang telah dilakukan menunjukkan bahwa stadium larva instar III (L3) merupakan stadium yang sesuai untuk analisis molekular dan identifikasi. Sebanyak 24 L3 yang berasal dari hewan dan daerah (Bogor, Makassar dan Sumba Timur) yang berbeda digunakan pada penelitian ini. Larva dibedah dan diambil jaringan ototnya kemudian dilakukan ekstraksi DNA. Fragmen gena sitokrom b diamplifikasi dengan 3 macam primer yaitu CB1SECB3R3A, CB3FC-NINFA dan CB1SE-PDRWRO4. Produk PCR dipurifikasi, disekuen dan dianalisis dengan PAUP versi 4. Hasil penelitian menunjukkan bahwa terdapat variabilitas genetik intraspesies (0,873%) di antara populasi C. bezziana di Makassar dibandingkan dengan koloni Bogor dan Sumba Timur. Sukuen gena sitokrom b populasi C. bezziana di Indonesia berbeda dengan populasi Asia tetapi mempunyai sekuen yang identik dengan populasi Papua New Guinea (CB3FC-NINFA). Tiga haplotip baru diperoleh dari penelitian ini yaitu haplotip 6 (haplotip Makassar yang identik dengan Papua New Guinea), haplotip 7 (haplotip Bogor) dan haplotip 8 (haplotip Sumba Timur).

Chrysomya bezziana is a fly causing myiasis in most Indonesian livestock. At present, the characteristic of C. bezziana has been argued among researcher. The aim of this research was to analysis the genetic variability of C. bezziana in Indonesia by using of cytochrome b gene (cyt b) as a marker. According to the previous study, the larvae instar III stadium (L3) was the most appropriate for molecular analysis and identification. This research used 24 L3 that were collected from different infestated animals in Bogor, Makassar and East Sumba. Sample preparation was described briefly as follows: the DNA for analysis was isolated from the muscle tissue of the larvae. The fragmen of cyt b gene was amplified by using 3 primers i.e. CB1SE-CB3R3A, CB3FCNINFA and CB1SE-PDRWRO4. The PCR product was subsequently sequenced and analyzed by using PAUP version 4. The result showed that there was intraspecific genetic variability (0.873%) among C. bezziana from Makassar compared to those from Bogor w colony and East Sumba wild type. The sequence of cyt b gene showed that C. bezziana from Indonesia was different with those from Asia, however it had similarity to those from Papua New Guinea (CB3FC-NINFA). During this research, three new haplotypes were also identified i.e. haplotype 6 (Makassar haplotype that similar to those from Papua New Guinea), haplotype 7 (Bogor haplotype) and haplotype 8 (East Sumba haplotype).

Kata Kunci : Bioteknologi,C Bezzina,Gena Sitokrom B, Chrysomya bezziana, myiasis, cytochrome b, genetic variability.