EVALUASI DAN OPTIMASI PRIMER BEBERAPA MARKER CO1 TERHADAP BERBAGAI SPESIES IKAN

AZIZAH OCTAVIA, Dr. Dini Wahyu Kartika Sari, S.Pi, M.Si.

2022 | Skripsi | S1 AKUAKULTUR

Pengidentifikasian ikan umumnya menggunakan marker yang terdapat pada genom mitokondria, Cytochrome-c oxidase sub unit 1 (CO1). Marker yang digunakan harus mudah berkomplemen dengan DNA template ikan yang dituju, hal ini menyangkut sensitivitas dan spesifitas dari marker tersebut. Oleh karena itu diperlukan adanya evaluasi serta optimasi primer pada beberapa marker CO1 melalui pendekatan molekuler. Penelitian ini dilaksanakan dengan tujuan untuk menentukan marker CO1 terbaik yang akan digunakan untuk mengidentifikasi suatu spesies ikan. Analisis marker CO1 dilakukan dengan menggunakan empat pasang primer CO1 antara lain primer Fish FR1, Fish FR2, FishCO1, dan COX1. Optimasi suhu annealing yang digunakan pada penelitian ini yaitu suhu 50oC dan suhu 54oC. Sampel ikan yang digunakan sebanyak 6 spesimen berbeda antara lain ikan gurami, louhan, gabus, zebra siklid, stonefish, dan red piranha. Hasil penelitian menunjukkan bahwa marker CO1 terbaik yaitu pasangan primer Fish FR2 dengan rata-rata skoring pada suhu 50oC sebesar 6.67 dan suhu 54oC sebesar 7.17.

In general, fish identification uses a marker found in the mitochondrial genome, Cytochrome-c oxidase sub unit 1 (CO1). The markers used must be easy to complement with the targeted fish DNA template, this concerns the sensitivity and specificity of the markers. Therefore, it is necessary to evaluate and optimize the primers on several CO1 markers through a molecular approach. The aim of this research was to determine the best CO1 marker to be used to identify a fish species. CO1 marker analysis was carried out using four pairs of CO1 primers, namely Fish FR1, Fish FR2, FishCO1, and COX1 primers. The annealing temperature optimization used in this study was 50oC and 54oC. The fish samples used were 6 different specimens, including gouramy, flowerhorn, snakehead fish, zebra cyclide, stonefish, and red piranha. The result showed that the best CO1 marker was Fish FR2 primer, the average scoring at a temperature 50oC was 6.67 and at a temperature 54oC was 7.17.

Kata Kunci : annealing, CO1, DNA, marker, optimasi