Keragaman Genetik Ikan Gabus (Channa striata Bloch, 1793) dari Lima Pulau di Indonesia Menggunakan Marker Mikrosatelit

SERAPHINA W, Dr. Dini Wahyu Kartika Sari, S.Pi., M.Si.

2022 | Skripsi | S1 AKUAKULTUR

Karakteristik dan keragaman genetik merupakan aspek penting dalam usaha pemuliaan ikan dalam akuakultur sebagai sumber daya genetik. Sampel ikan gabus dari lima pulau di Indonesia (Sumatera, Jawa, Kalimantan, Sulawesi, dan Papua) dianalisis menggunakan primer mikrosatelit dalam penelitian ini untuk memperoleh informasi keragaman genetik dan hubungan antar populasi. 24 DNA genome ikan gabus dianalisis dengan 6 marka mikrosatelit (CS1-E11, CS1-E12, Cs-4, Cs-6, CS774A19, dan CS774A21). Primer CSE-12 merupakan primer yang paling polimorfik (Persentase pita polimorfik: 88,36%; PIC: 0,712; He: 0,786). Pohon filogeni yang disusun dari 4 primer dengan nilai PIC > 0,5 (CS1-E12, CS774A19, CS1-E11, dan Cs-6) menunjukkan hasil terbagi menjadi 2 klaster yaitu klaster pertama meliputi populasi dari Jawa dan Sumatera, serta klaster kedua meliputi populasi dari Kalimantan, Sulawesi, dan Papua. Ikan gabus di Indonesia berasal dari pulau Jawa, Sumatera dan Kalimantan. Pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan termasuk dalam paparan Sunda atau pecahan dari benua Asia. Pulau Papua secara geografis termasuk dalam paparan Sahul atau pecahan dari benua Australia dan pulau Sulawesi dipisahkan dengan garis Wallace dengan pulau Jawa, Sumatera, dan Kalimantan. Suatu kemungkinan bahwa ikan gabus di Sulawesi dan Papua merupakan introduksi dari populasi ikan gabus di Kalimantan.

Characteristic and genetic diversity is an important aspect for fish breeding effort in aquaculture as genetic resources. Sample of striped snakehead (Channa striata) from five islands in Indonesia (Sumatera, Java, Kalimantan, Sulawesi, and Papua) was analyzed with microsatellite markers in this research to get the information about genetic diversity and the link between populations. 24 striped snakehead DNA genome was analyzed with six microsatellite markers (CS1-E11, CS1-E12, Cs-4, Cs-6, CS774A19, dan CS774A21). CS1-E12 was the most polymorphic primer (polymorphic band: 88,36%; PIC: 0,712; He: 0,786). The phylogenetic tree was constructed form four primers with PIC value > 0,5 (CS1-E12, CS774A19, CS1-E11, and Cs-6) and the result was divided into 2 clusters. The first cluster consist of populations from Java and Sumatera. The second cluster consist of populations from Kalimantan, Sulawesi, and Papua. Striped snakehead in Indonesia originated form the Java, Sumatera, and Kalimantan islands. The Java, Sumatera, and Kalimantan islands geologically are in the Sunda Shelf which is an extension of the Asia continental shelf. Meanwhile, Papua islands geologically are in the Sahul Shelf which is part of the continental shelf of the Australian continent and Sulawesi islands is divided by the Wallace Line with Java, Sumatera and Kalimantan island. Therefore, there’s a possibility that the stripe snakehead in Sulawesi and Papua is an introduction from the population in Kalimantan.

Kata Kunci : heterozigositas, mikrosatelit, PIC, pohon filogeni, polimorfik