Identifikasi Gracilaria spp. dengan DNA Barcoding Marker COI dan rbcL, Morfologi, dan Histologi di Zona Intertidal Pantai Selatan Yogyakarta

Feni Susanti, Dr. Ratih Ida Adharini, S.Pi., M.Si.; Dr. Dini Wahyu Kartika Sari, S.Pi., M.Si.

2022 | Tesis | MAGISTER ILMU PERIKANAN

Gracilaria spp. merupakan rumput laut komersial yang dapat dimanfaatkan pada berbagai industri pangan, obat-obatan dan kesehatan. Identifikasi secara morfologi perlu dikonfirmasi dengan identifikasi secara molekuler melalui DNA barcoding karena plastisitas rumput laut yang tinggi. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi Gracilaria spp. di zona intertidal pantai selatan Yogyakarta berdasarkan DNA barcoding dengan marker COI dan rbcL. Sampel diambil dari 6 pantai yaitu Pantai Trenggole, Drini, Siung, Wediombo, Nguyahan dan Ngedan pada bulan September-November 2021. Hasil penelitian menunjukkan bahwa pada marker COI ditemukan enam jenis yaitu G. arcuata, Gracilaria sp., G. manilaensis, G. salicornia, G. edulis, dan G. cervicornis. Sedangkan pada marker rbcL ditemukan empat jenis yaitu Gracilaria sp., G. salicornia, G. edulis serta G. vieillardii. Berdasarkan 18 sampel yang dikonfirmasi dengan filogenetik, ditemukan lima jenis spesies yang berbeda yaitu G. salicornia, G. edulis, G. vieillardii, Gracilaria sp. 1 dan Gracilaria sp. 2 Gracilaria sp. 1 dan Gracilaria sp. 2 dari zona intertidal pantai selatan Yogyakarta dimungkinkan belum pernah dilaporkan ke GenBank sebelumnya.

Gracilaria spp. is a commercial seaweed utilized in various food, pharmaceutical, and health industries. Due to the high plasticity of seaweed, morphological identification must be validated by molecular identification using DNA barcoding. This study aims to identify Gracilaria spp. in the intertidal zone of the south coast of Yogyakarta based on DNA barcoding with COI and rbcL markers. Samples were collected from six beaches, i.e., Trenggole, Drini, Siung, Wediombo, Nguyahan, and Ngedan, from September November 2021. The results showed that there were six species of seaweed based on the COI marker: G. arcuata, Gracilaria sp., G. manilaensis, G. salicornia, G. edulis, and G. cervicornis. In comparison, the rbcL marker found four species: Gracilaria sp., G. salicornia, G. edulis, and G. vieillardii. Based on 18 samples confirmed by phylogenetics, five different species were found, namely G. salicornia, G. edulis, G. vieillardii, Gracilaria sp. 1., and Gracilaria sp. 2 The last two species, i.e., Gracilaria sp. 1. and Gracilaria sp. 2., from the intertidal zone of the south coast of Yogyakarta may have never been reported to GenBank.

Kata Kunci : COI, Gracilaria spp., molekuler, rbcL, Yogyakarta