Identifikasi Molekuler dan Variasi Genetik Rumput Laut Kappaphycus yang Dibudidayakan di Perairan Utara Pulau Jawa Berdasarkan Gen Mitokondria cox1 dan Kloroplas rbcL

HARYA BIMASUCI W, Dr. Ratih Ida Adharini, S.Pi., M.Si.; Dr. Dini Wahyu Kartika Sari, S.Pi., M.Si.

2022 | Tesis | MAGISTER ILMU PERIKANAN

Rumput laut Kappaphycus merupakan salah satu komoditas perikanan yang paling banyak dibudidayakan di Indonesia. Beberapa batasan yang ditemukan pada ranah budidaya rumput laut ini antara lain distribusi dan kualitas bibit terutama terkait keragaman genetiknya, serta verifikasi spesies rumput laut Kappaphycus yang dibudidayakan. Penelitian sebelumnya telah mengidentifikasi rendahnya keragaman genetik pada rumput laut Kappaphycus yang dibudidayakan di wilayah Asia Tenggara hingga global, namun data genetik Kappaphycus di Indonesia khususnya di Pulau Jawa masih belum banyak. Berdasarkan hal tersebut, penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi status keragaman genetik serta verifikasi spesies Kappaphycus apa saja yang dibudidayakan di perairan utara Pulau Jawa. Sampel diambil dari 5 lokasi (Serang, Kep. Seribu, Karimunjawa, Madura, dan Banyuwangi) kemudian dilakukan identifikasi morfologi dan molekuler dengan metode DNA barcoding dan filogenetik berdasarkan marker mtDNA cox1 dan cpDNA rbcL, serta dianalisis kandungan karaginannya menggunakan metode FTIR. Ditemukan dua spesies Kappaphycus yang dibudidayakan, yaitu K. alvarezii dan K. striatus. Analisis kedua DNA marker menyimpulkan bahwa masing-masing spesies dari seluruh sampel secara umum merupakan satu haplotipe, dengan nilai keragaman genetik yang sangat rendah (0 - 0.333 Hd, 0 - 0.0004 pi). Penelitian ini menyimpulkan bahwa seluruh Kappaphycus budidaya di utara Pulau Jawa secara genetik merupakan klonal meskipun memiliki fenotipe yang berbeda.

Kappaphycus seaweed is one of the most cultivated seaaweed commodity in Indonesia. Some issues and limitations that occured are distribution of seedlings with low genetic diversity, and species verification of cultivated seaweed strains. Previous studies have identified lower genetic diversity among cultivated Kappaphycus seaweed strains not only in Southeast Asia but also worldwide, however the data regarding the cultivated Kappaphycus seaweed in Indonesia is known to be lacking, especially in Java Island. This research addressed the mentioned problem, aimed to identify the status of geneetic diversity among the cultivated Kappaphycus seaweed in northern Java waters, and verify the species through both morphological and molecular identification. Samples were collected from 5 sites (Serang, Thousand Islands, Karimunjawa, Madura, and Banyuwangi) and identified using both morphological and molecular identification with DNA barcoding and phylogenetic method. MtDNA cox1 and cpDNA rbcL were used as DNA markers in this study. The carrageenan content was also analyzed using FTIR method. Results showed that the cultivated Kappaphycus species were K. alvarezii and K. striatus. Analysis from both markers showed that both species belonged to 1 haplotipe with low genetic diversity (0 - 0.333 Hd, 0 - 0.0004 pi). This research concluded that all cultivated Kappaphycus specimen were clonal individuals despite having phenotypical variation.

Kata Kunci : Kappaphycus, cox1, rbcL, keragaman genetik, filogenetik