Studi pertalian genetik kambing lokal berdasarkan analisis polimorfisme dengan PCR-RAPD

KATRINA, Asih, Dr. Wayan T. Artama

2002 | Tesis | S2 Bioteknologi

Metode PCR-RAPD merupakan suatu teknik mengetahui sidik jari DNA yang dapat digunakan untuk mengkarakterisasi suatu spesies atau untuk membandingkan populasi dalam spesies yang sama untuk studi kesarnaan dan keragaman genetik. Pada penelitian ini, dengan menggunakan metode PCR- RAPD, dari tingkat persamaan ataupun perbedaan genetik yang dijumpai, diharapkan dapat diketahui keragaman di dalam populasi dan antar populasi serta pertalian genetik antar kambing-kambing lokal di Indonesia, yaitu Bligon, Kacang, PESG (PE dari Singosari), PESR (PE dari Sumberejo) dan PEGM (PE dari Girimulyo). Informasi-informasi tersebut bermanfaat dalam menentukan program pemuliaan, klasifikasi dan konservasi. Tahapan penelitian meliputi, pengambilan sampel darah, ekstraksi DNA darah, pengukuran kualitas dan kuantitas DNA, amplifikasi dengan PCR-RAPD dan visualisasi hasil amplifikasi dengan elektroforesis, dilanjutkan dengan analisis statistik hasil sidik jari yang diperoleh, yaitu dengan penentuan nilai band sharing frequency dan jarak genetik. Dendogram konsensus dari standar pendugaan jarak genetik berdasarkah pola primer RAPD disusun menggunakan metode UPGMA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa keragaman genetik karnbing lokal yang digunakan relatif kecil yang dit'unjukkan oleh pola sidik jari yang hampir seragam dan nilai BSF yang besar, yaitu berkisar antara 0,908 hingga 0,962. Jarak genetik terbesar adalah antara populasi Kacang dengan PEGM yaitu sebesar 0,042, dan jarak genetik terkecil adalah antara PESR dengan PEGM yaitu sebesar 0,004. Jadi antara populasi yang dipelajari, kambing Kacang dengan PEGM menunjukkan pertaljan genetik yang jauh dengan kesamaan genetik yang relatif kecil. Lima populasi kambing yang digunakan dalam penelitian ini terbagi dalam dua cluster. C/usfer pertama beranggotakan Bligon, PESG, PESR dan PEGM, sedangkan pada cluster kedua terdapat populasi Kacang .

RAPD-PCR is a powerful technique on DNA profiling that can be employed for the genetic characterization of species and to compare different populations of the same species for genetic relatedness and diversity. The primary objective of this study was to apply randomly amplified polymorphic DNA technique to evaluate genetic relatedness and diversity among local goat breeds in Indonesia, namely Bligon, Kacang, PESG (PE from Singosari), PESR (PE from Sumberejo) and PEGM (PE from Girimulyo). Such information is useful for breeding, classification and conservation program. The research includes blood collecting, DNA extraction, amplification with RAPD-PCR and then visualized on agarose gel electrophoresis. The analysis was based on band sharing frequency and genetic distance. Dendogram based on genetic distance from amplification patterns of three random primer in five goat population was constructed using UPGMA. The results showed that the BSF was 0,908-0,962 which indicated a small genetic diversity within Bligon, Kacang, PEGM, PESG and PESR population. The furthest genetic distance was beYween Kacang and PEGM while the closest was PESR and PEGM with the score 0,042 and 0,004 respectively. Between the population studied Kacang and PE population showed the furthest genetic distance with small genetic similarity.! The dendogram showed that the five goat breeds population were separated idto two clusters, Bligon, PESG, PESR and PEGM in one cluster and Kacang in the other.

Kata Kunci : Genetika,Sidik Jari,Metoda PCR,RAPD,Kambing Lokal, Local goat breed, polymorphism, genetic relatedness, RAPD-PCR