Deteksi Molekuler Ralstonia syzygii subsp. syzygii Penyebab Penyakit Sumatra pada Serangga Vektor Hindola striata

AQUINA DIAN KARTIKA, Dr. Tri Joko, S.P., M.Sc. ; Alan Soffan, S.P., M.Sc., Ph.D.

2021 | Skripsi | S1 PROTEKSI TANAMAN

Cengkih telah banyak dimanfaatkan baik sebagai rempah hingga obat. Meskipun demikian, produksi cengkih nasional di Indonesia masih tergolong rendah. Penyakit Sumatera (Sumatra Disease) merupakan salah satu penyebab rendahnya produksi cengkih di Indonesia. Serangga Hindola fulva Baker di Sumatra dan H. striata Maa di Jawa diduga memiliki peran penting terhadap penyebaran penyakit Sumatra. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan bakteri Ralstonia syzygii subsp. syzygii melalui teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer spesifik UGMRss pada serangga vektor H. striata dan melakukan identifikasi molekuler menggunakan gen mitokondria sitokrom oksidase subunit 1 (COI) pada serangga vektor H. striata. Metode yang digunakan meliputi koleksi serangga, identifikasi morfologi H. striata, ekstraksi DNA H. striata, amplifikasi DNA menggunakan primer UGMRss, amplifikasi gen COI, sekuensing, dan analisis filogenetik gen COI. Hasil penelitian menunjukan amplifikasi DNA H. striata menggunakan primer spesifik UGMRss mampu menghasilkan pita yang setara dengan kontrol positif berupa sampel ranting tanaman cengkih yang terinfeksi penyakit Sumatra, sehingga diduga bakteri R. syzygii subsp. syzygii berada dalam tubuh H. striata. Hasil amplifikasi dan sekuense gen COI pada sampel H. striata menunjukan pita sepanjang 709 bp, dengan komposisi nukleotida yang terdiri atas A 33.57%, C 16.08%, G 14.81%, T 35.54%, A+T 69.11% dan G+C 30.89%. Penelusuran sekuens dengan Blast-N menunjukan nilai query coverage gen COI H. striata dan H. geisha sebesar 63%, sementara presentase identitas sebesar 84.73%.

Cloves have been widely used both as a spice to medicine. However, Indonesia national clove production is still relatively low. Sumatra disease is one of the causes of the low production of cloves in Indonesia. Hindola fulva Baker in Sumatra and H. striata Maa in Java are known to have an important role as insecet vectors of Sumatran disease. This study aims to detect the presence of the bacterium Ralstonia syzygii subsp. syzygi through Polymerase Chain Reaction (PCR) technique using specific primers UGMRss on insect vector H. striata and carrying out the molecular identification of H. striata using mitochondrial cytochrome oxidase subunit 1 (COI) gene. The methods used include insect collection, morphology identification of H. striata, DNA extraction of H. striata, DNA amplification using UGMRss primers, COI gene amplification, sequencing, and phylogenetic analysis of COI genes. The results showed that DNA amplification of H. striata using UGMRss was able to produce bands equivalent to positive control, so it was suspected that there was R. syzygii subsp. syzygii in the body of H. striata. The results of amplification and COI gene sequences in the sample showed a band of 709 bp long, with a nucleotide composition consisting of A 33.57%, C 16.08%, G 14.81%, T 35.54%, A+T 69.11 %, and G+C 30.89%. Sequence tracing with Blast-N showed the query coverage of the COI genes of H. striata and H. geisha was 63%, while the percentage of identity was 84.73%.

Kata Kunci : deteksi molekuler, Hindola striata, penyakit Sumatra, Ralstonia syzygii subsp. syzygii.