PENGEMBANGAN PENANDA SNAP DAN MIKROSATELIT UNTUK KEPENTINGAN ANALISIS KERAGAMAN GENETIK JABON MERAH DI SULAWESI

ANDI HARDIANTI, Dr. Sapto Indrioko, S.Hut., M.P; Dr. Siti Halimah Larekeng, S.P., M.P

2021 | Tesis | MAGISTER ILMU KEHUTANAN

Jabon merah (Neolamarckia macrophylla) merupakan tanaman endemik dari Sulawesi dan Maluku. Informasi dan analisis keragaman genetik dapat ditempuh dengan penggunaan penanda molekuler, akan tetapi keberhasilan amplifikasi membutuhkan primer yang spesifik, sehingga tidak sedikit penelitian yang menggunakan banyak primer dan pada akhirnya hanya beberapa yang teramplifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain primer yang spesifik pada tanaman endemik jabon merah dengan mendesain primer SNAP melalui gen lignin yaitu CAD dan selulosa yaitu Cesa, selanjutnya analisis mikrosatelit dengan MISA software menggunakan sampel DNA dari Kebun Benih Semai jabon merah di Kabupaten Gowa. Pencarian database gen CAD dan Cesa untuk jabon merah diperoleh dari Sequencing DNA genom kloroplas untuk jabon merah lengkap yang di masukkan di data base National Centre for Biotechnology Information (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045907.1). Data tersebut di masukkan kedalam program Primer3plus (http://www.bioinformatics.nl), untuk mendesain primer yang akan mengamplifikasi sequens target yang terdapat pada sequence DNA jabon merah pada 12 sampel diantaranya 2 individu dari populasi Wolasi-Kolaka, 2 individu dari populasi Napabalano, 1 individu dari populasi Pasir Putih , 2 individu dari populasi Kapuntori, 1 individu dari populasi Bonegunu, 2 individu dari populasi Batui Selatan, 1 individu dari populasi Bonegunu, 2 individu dari populasi Batui Selatan, 1 individu dari populasi Pituirase, 1 individu dari populasi Kasing Tuwu. Pengembangan primer mikrosatelit menggunakan metode MISA software dan diseleksi primer berdasarkan pertimbangan kandungan GC dari hasil desain dan panjang basa primer yang optimal. Selanjutnya primer disintesis di Genetica Science dan dilanjtkan untuk validasi. Validasi primer menggunakan primer SNAP yang telah dirancang dilakukan pada dua belas sampel jabon merah, tidak dilanjutkan untuk keseluruhan sampel karena pengujian berulang yang dilakukan menghasilkan tidak teramplifikasinya pita DNA Jabon Merah. Tidak teramplifikasinyadiduga oleh gen CAD dan Cesa tidak terlalu kuat, sehingga tidak terekspresinya kedua gen tersebut. Primer mikrosatelit hasil desain primer dengan MISA software menghasilkan sebanyak 15 primer. Jumlah Primer yang tervalidasi sebanyak 15 primer dapat digunakan untuk analisis keragaman genetik spesifik jabon merah.

Jabon merah (Neolamarckia macrophylla) is an endemic plant from Sulawesi and Maluku. Information and analysis of genetic diversity can be achieved by using molecular markers, but the success of amplification requires specific primers, so that not a few studies use many primers and in the end only a few are amplified. The purpose of this study to design specific primers for jabon merah endemic plants by designing SNAP primers through the lignin gene that is CAD and cellulose that is Cesa, then microsatellite analysis with MISA software using DNA samples from Kebun Benih Semai (KBS) jabon merah in Gowa Regency. The search for the CAD and Cesa gene databases for jabon merah was obtained from DNA sequencing of the complete chloroplast genome for jabon merah which can access in the National Center for Biotechnology Information database (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_045907.1 ). The data is entered into the Primer3plus program (http://www.bioinformatics.nl), to design a primer that will amplify the target sequences contained in the jabon merah DNA sequence in 12 samples including 2 individuals from Wolasi-Kolaka population, 2 individuals from population Napabalano, 1 individual from the Pasir Putih population, 2 individuals from the Kapuntori population, 1 individual from the Bonegunu population, 2 individuals from the South Batui population, 1 individual from the Bonegunu population, 2 individuals from the South Batui population, 1 individual from the Pituirase population, 1 individual from the Kasing Tuwu population. The developing of microsatellite primers used MISA software method and primers were selected based on consideration of the GC content of the design results and the optimal primer base length. Furthermore, primers were synthesized in Genetica Science and continued for validation. Primer validation using SNAP primers that have been designed was carried out on twelve samples of Jabon Merah, not continued for the entire sample because repeated tests were carried out resulting in the unamplification of the Jabon Merah DNA band. The unamplification was suspected by the CAD and Cesa genes not being too strong, so the two genes were not expressed. The primary microsatellite primer designed with MISA software produced 15 primers. The number of validated primers as many as 15 primers can be used for analysis of specific genetic diversity of jabon merah

Kata Kunci : Primary Design, SNAP, Microsatellite with MISA software, Jabon Merah; Desain Primer, SNAP, Mikrosatelit dengan MISA software, Jabon Merah