ANALISIS GENETIK MOLEKULER KUDA (Equus caballus) LOKAL PULAU BIMA BERDASARKAN SEKUEN GEN CYTOCHROME B

RADEN RARA SUSTHIRA ASTASARI, Drh. Yuriadi, M.P

2012 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Kuda Bima merupakan salah satu kuda asli Indonesia yang termasuk salah satu spesies yang terancam punah. Berdasarkan data statistik yang dilakukan oleh Pemerintah Daerah Nusa Tenggara Barat, populasinya adalah 65,998 pada tahun 2008, dan menurun menjadi 9,703 pada tahun 2009. Upaya konservasi harus dilakukan untuk menyelamatkan spesies ini, baik secara in-situ maupun ex-situ. pendekatan. Pendekatan morfologi belum cukup, dan perlu dilakukan pendekatan yang lebih mendasar yaitu berdasarkan karakter genetiknya. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis hubungan antar kuda lokal Bima berdasarkan sekuens sitokrom b Equus caballus. Sampel penelitian berupa darah diambil dari kuda di 2 wilayah berbeda di Nusa Tenggara Barat, Desa Panda dan Kalaki di Kecamatan Palibelo, Kabupaten Bima. DNA yang diperoleh dari darah digunakan untuk menjalankan reaksi PCR untuk memperkuat daerah sitokrom b dengan menggunakan primer CYTBECF dan CYTBECR. Fragmen 371 bp diproduksi dan dilanjutkan dengan analisis sekuens. Urutan yang dihasilkan kemudian dibandingkan dengan database urutan Genbank. Analisis sekuens dengan MEGA 5.05 mendeteksi 35 situs nukleotida berbeda dan 1 situs asam amino berbeda antara kuda Bima dan E. caballus. Jarak genetik menggunakan parameter Kimura 2 berdasarkan urutan nukleotida sitokrom b, jarak genetik antar sampel adalah 3,1%, dan jarak genetik 0,2% diperoleh berdasarkan urutan asam amino. Analisis filogenetik berdasarkan urutan nukleotida dan asam amino dengan menggunakan metode Neighbor-Joining dengan nilai 1000 bootstrap menunjukkan bahwa sitokrom b dapat digunakan untuk mempelajari keterkaitan kuda Bima, dan terlihat bahwa kuda Bima memiliki kekerabatan yang erat satu sama lain.

Bima horse is an indigenous horse of Indonesia which is consider an endangered species. Based on statistical data done by the local government of West Nusa Tenggara, its population was 65.998 in 2008, and drop into 9.703 in the year of 2009. Conservation efforts must be done to save this species, either by in-situ or ex-situ approaches. Morphological approaches are not sufficient, and a more basic approach need to be done, which is based on its genetic character. The aim of this study is to analyse the relationship between local Bima horses based on cytochrome b sequence of Equus caballus. Research samples as blood were collected from horses of 2 different areas in Western Nusa Tenggara, Panda and Kalaki villages of district Palibelo, Bima region. DNA obtained from the blood were used to run PCR reaction to amplify cytochrome b region by using CYTBECF and CYTBECR primers. A 371 bp fragment was produced and continued with sequence analysis. The resulting sequence was then compared with sequences database of Genbank. Sequence analysis with MEGA 5.05 detecting 35 different nucleotide sites and 1 different amino acid site between Bima horse and E. caballus. Genetic distance using Kimura 2-parameter based on nucleotide sequence of cytochrome b, the genetic distance among samples is 3.1%, and the genetic distance of 0.2% was obtained based on amino acids sequence. Phylogenetic analysis based on nucleotides and amino acids sequences by employing Neighbour-Joining method with 1000 bootstrap value revealed that cytochrome b could be used to study the relatedness of Bima horses, and it is shown that Bima horses are closely related to each other.

Kata Kunci : Equus caballus, DNA, gen cyt b, PCR, sekuen DNA