KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI CYTOCHROME OXIDASE SUBUNIT II (COX2) Tarsius bancanus borneanus, Tarsius spectrum DAN Tarsiusdianae

DANDY SATRIA SAPUTRA, Dr. drh. Rini Widayanti, MP.

2012 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Indonesia dikenal sebagai negara dengan keanekaragaman hayati terbesar di dunia setelah Brazil. Keanekaragaman hayati termasuk keanekaragaman flora dan fauna. Keragaman fauna, terutama primata, dalam beberapa dekade terakhir telah menurunkan jumlah populasinya bahkan beberapa spesies terancam punah. Salah satu primata endemik Indonesia yang terancam punah adalah Tarsius sp. Oleh karena itu, diperlukan upaya pelestarian untuk melestarikan Tarsius sp. Informasi mengenai perbedaan karakteristik tiap spesies diharapkan dapat membantu upaya pelestarian dan pemulihan Tarsius sp. ke habitat aslinya. Tujuan utama penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman genetik pada Tarsius bancanus borneanus, spektrum Tarsius dan Tarsius dianae berdasarkan sekuens pengkodean gen sitokrom oksidase sub-unit II (COX2) sebagai dasar klasifikasi dalam upaya konservasi. Amplifikasi gen COX2 dengan PCR menggunakan hasil isolasi DNA, primer COX2 forward dan primer COX2 reverse. Teknik PCR menghasilkan segmen DNA 657 bp yang dilanjutkan dengan sekuensing. Hasil sekuens gen COX2 kemudian disejajarkan dengan primata lain yang diambil dari Genbank. Hasil penelitian menunjukkan tidak terdapat keragaman genetik antara Tarsius bancanus borneanus, Tarsius spectrum dan Tarsius dianae. Hal ini ditunjukkan dengan jarak genetik urutan nukleotida dan asam amino 0,3% dan 0,4%. Tarsius bancanus borneanus dan Tarsius dianae dapat dibedakan dengan spektrum Tarsius dengan menggunakan urutan situs nukleotida ke-634 dan situs-640 serta situs posisi asam amino ke-212.

Indonesia known as the countries with the biggest biodiversity in the world after Brazil. The biodiversity included diversity of flora and fauna. The diversity of fauna, especially primates, in recent decades has decreased the number of population and some species even endangered. One of Indonesian endemic primates was endangered is Tarsius sp. Therefore, conservation efforts are needed to preserve the Tarsius sp. Information about the difference characteristics each species is expected to help efforts to conserve and restore Tarsius sp. to the original habitat. The main objective of this research was to study the genetic diversity in Tarsius bancanus borneanus, Tarsius spectrum and Tarsius dianae based on the sequence of the gene coding for cytochrome oxidase sub-unit II (COX2) as a basic for classification in conservation efforts. Amplification of COX2 gene by PCR used the result of DNA isolation, primer COX2 forward and primer COX2 reverse. The PCR technique produced 657 bp DNA segment which has followed by sequencing. The result of COX2 gene sequences then multiple aligned with other primates which are taken from Genbank. The results showed there was no genetic diversity between Tarsius bancanus borneanus, Tarsius spectrum and Tarsius dianae. This shown by a genetic distance of nucleotide and amino acid sequences 0.3% and 0.4%. Tarsius bancanus borneanus and Tarsius dianae can be distinguished with Tarsius spectrum by using a sequence of nucleotide site-634th and site-640th as well as amino acid position site-212th.

Kata Kunci : Tarsiusbancanusborneanus, Tarsiusspectrum, Tarsiusdianae, gen COX2,sekuenDNA