ANALISIS SEKUENS GENOM BAKTERI Lactiplantibacillus plantarum MUT-7, STRAIN ASLI INDONESIA YANG DIISOLASI DARI SINGKONG KERING FERMENTASI (GATOT)

RIZA NURLAILLA, Ir. Jaka Widada, M.P. Ph.D. ; Prof. Ir. Irfan D. Prijambada, M.Eng., Ph.D

2021 | Skripsi | S1 MIKROBIOLOGI PERTANIAN

Bakteri Asam Laktat (BAL) merupakan kelompok bakteri yang menghasilkan asam laktat sebagai produk akhir utama dari fermentasi karbohidrat. Salah satu BAL yang paling menarik untuk diteliti adalah Lactiplantibacillus plantarum (sebelumnya Lactobacillus plantarum) karena sifat antimikroba mereka dan umumnya dianggap aman (GRAS). Lactiplantibacillus plantarum MUT-7 adalah strain indigenous dengan potensi probiotik yang diisolasi dari hasil fermentasi singkong (gatot). Pada penelitian ini dilakukan analisis morfologi sel strain MUT-7 dengan Scaning Electron Microscope (SEM) serta sekuens genom lengkap dengan Next Generation Sequencing (NGS) menggunakan perangkat dan protokol MiSeq. Sekuens genom MUT-7 dianotasi menggunakan Rapid Annotation using Subsystem Technology (RAST). Hasil analisis morfologi dengan SEM menunjukkan bahwa strain MUT-7 mempunyai struktur berbentuk batang dengan ujung membulat yang merupakan ciri utama genus Lactiplantibacillus. Berdasarkan analisis sekuens genom ukuran genom strain MUT-7 adalah 3.258.337 bp, 3072 coding sequence (CDS), 75 RNA dan memiliki GC content sebesar 44,4%. Ciri-ciri tersebut hampir sama dengan sekuens genom lengkap Lactiplantibacillus plantarum WCFS1. Analisis sekuens genom MUT-7 dengan AntiSMASH 5.0 menunjukkan bahwa MUT7 berpotensi menghasilkan bakteriosin dan terpen. Pemahaman lebih lanjut tentang Lactiplantibacillus plantarum MUT-7 akan mengungkap semua potensinya khususnya pada biopreservatif.

Lactic Acid Bacteria (LAB) is a bacterial group which produce lactic acid as the major end product of the fermentation of carbohydrates. One of the most interesting LAB to be examined is Lactiplantibacillus plantarum (previously Lactobacillus plantarum) due to their antimicrobial properties and generally regarded as safe (GRAS) status. Lactiplantibacillus plantarum MUT-7 is an indigenous strain with probiotic potential isolated from fermented cassava (gatot). In this study, cell morphological analysis of the MUT-7 strain have analized using the Scaning Electron Microscope (SEM) and complete genome sequences with Next Generation Sequencing (NGS) protocols by using MiSeq devices. MUT-7 genome sequence is annotated by using Rapid Annotation using Subsystem Technology (RAST). The result shows that the analysis of morphologies and SEM show that strain MUT-7 has a rod shaped structure with rounded ends which this is the main characteristic of Lactiplantibacillus genera. Based on the genome sequence analysis size of the strain MUT-7 is 3.258.337 bp, 3072 coding sequence, 75 RNA, and it has 44,4% GC content. Those features matches almost identically with Lactiplantibacillus plantarum WCFS1 complete genome sequence. The analysis of MUT-7 genome sequence with AntiSMASH 5.0 shows that MUT-7 is potential to produce bacteriocin and terpene. Further understanding about Lactiplantibacillus plantarum MUT-7 will reveal all its potential specifically on biopreservatives.

Kata Kunci : Sekuens genom, Lactiplantibacillus plantarum, MUT-7, antimikroba, RAST