Identifikasi Beberapa Gracilaria (Rhodophyta) di Pantai Sepanjang dan Krakal Kabupaten Gunungkidul Berdasarkan DNA Barcoding Target COI

FENI SUSANTI, Dr. Ratih Ida Adharini, S.Pi., M.Si.

2020 | Skripsi | S1 MANAJEMEN SUMBERDAYA AKUATIK

Perbedaan karakteristik lingkungan pantai dapat menyebabkan perbedaan jenis-jenis Gracilaria spp. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi beberapa jenis dan hubungan kekerabatan Gracilaria spp. yang ditemukan di Pantai Sepanjang dan Pantai Krakal Kabupaten Gunungkidul. Pengambilan sampel dilakukan pada bulan Februari 2020 di Pantai Sepanjang dan Pantai Krakal Kabupaten Gunungkidul. Metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu analisis molekuler DNA barcoding dengan tahapan sebagai berikut: preservasi sampel, isolasi DNA, amplifikasi dengan PCR dan sekuensing gen COI mtDNA (Cytochrome Oxidase I mitokondria DNA). Identifikasi Gracilaria spp. berhasil dilakukan dengan DNA barcoding menggunakan kit komersial (Genaeid Genomic DNA Mini Kit (Plant)). Alga Gracilaria spp. berhasil diamplifikasi dengan primer spesifik GazF1 dan GazR1 penyandi gen COI mtDNA pada suhu annealing 44°C. Jenis Gracilaria spp. di Pantai Sepanjang yaitu Gracilaria salicornia, sedangkan di Pantai Krakal yaitu G. salicornia dan Gracilaria sp. Pada analisis filogenetik, jenis G. salicornia yang ditemukan di Pantai Sepanjang berkerabat sangat dekat dengan G. salicornia yang ditemukan di Pantai Krakal dengan jarak genetik 0.00. Jenis Gracilaria sp. yang ditemukan di Pantai Krakal berkerabat dekat dengan G. arcuata daripada G. salicornia.

Differences in the characteristics of the coastal environment can cause different types of Gracilaria spp. This research aims to identify several types and the relationships of Gracilaria spp. in Sepanjang Beach and Krakal Beach Gunungkidul Regency. Sampling was carried out in February 2020 at Sepanjang Beach and Krakal Beach Gunungkidul Regency. The method used in this research was molecular analysis of DNA barcoding with the following steps: sample preservation, DNA isolation, PCR amplification and sequencing of the COI mtDNA (Cytochrome Oxidase I mitochondrial DNA) gene. Identification of Gracilaria spp. the DNA barcoding was successfully carried out using a commercial kit (Genaeid Genomic DNA Mini Kit (Plant)). Algae Gracilaria spp. successfully amplified with specific primers GazF1 and GazR1 encoding the COI mtDNA gene at annealing temperature of 44°C. Types of Gracilaria spp. on Sepanjang Beach, they are Gracilaria salicornia, while on Krakal Beach are G. salicornia and Gracilaria sp. In phylogenetic analysis, the species of G. salicornia found in Sepanjang Beach are closely related to G. salicornia found in the Krakal Beach with a genetic distance of 0.00. Types of Gracilaria sp. those found in the Krakal Beach are more closely related to G. arcuata than to G. salicornia.

Kata Kunci : analisis molekuler, DNA barcoding, Gracilaria spp., Pantai Krakal, Pantai Sepanjang/ molecular analysis, DNA barcoding, Gracilaria spp., Krakal Beach, Sepanjang Beach