KARAKTERISASI GENETIK IKAN GABUS (Channa striata (Bloch, 1793)) DARI SUNGAI OGAN, BANYUASIN, SUMATRA SELATAN BERDASARKAN GEN MITOKONDRIA COI

NUR AZIZAH, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2020 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Indonesia merupakan negara kepulauan yang memiliki biodiversitas ikan air tawar yang tinggi. Ikan gabus (Channa striata (Bloch, 1793)) adalah salah satu ikan air tawar yang banyak diminati oleh masyarakat karena memiliki rasa yang enak dan kandungan gizi yang cukup tinggi. Upaya konservasi dan program pemuliaan ikan gabus sangat diperlukan untuk menjaga tersedianya ikan gabus. Untuk menunjang konservasi dan program pemuliaan tersebut, maka dibutuhkan informasi genetik ikan gabus yang lengkap dan komprehensif. Berdasarkan hal tersebut penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi dan menganalisis karakter genetik ikan gabus (Channa striata (Bloch 1793)) dari Sungai Ogan, Banyuasin, Sumatra Selatan berdasarkan penanda molekular gen mitokondria COI yang dapat diaplikasikan dalam program pemuliaan maupun konservasi. Pada penelitian ini digunakan empat sampel ikan gabus (GBO-01, GBO-02, GBO-03 dan GBO-04) dari lokasi penelitian. Selanjutnya 34 sekuen gen mitokondria COI yaitu C. striata dari database GenBank digunakan sebagai pembanding. Penelitian ini menggunakan metode PCR dan keempat sampel ikan gabus diamplifikasi menggunakan primer forward FishF2 dan primer reverse FishR2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari keempat sampel ikan gabus yang diteliti memiliki 2 haplotipe dengan 2 variable sites tanpa parsimony informative. Adapun keragaman haplotipe dan keragaman nukleotida secara berturut-turut adalah 0,500± 0,265 dan 0,00158±0,00084 dengan jarak genetik berkisar 0,16%. Hasil tersebut mengindikasikan bahwa ikan gabus di Sungai Ogan mempunyai variasi genetik intrapopulasi yang rendah. Selain itu kedua haplotipe yang terbentuk pada ikan gabus dari Sungai Ogan berbeda dengan haplotipe ikan gabus dari wilayah Indonesia lainnya, beberapa negara di Asia Tenggara, dan beberapa negara di dunia sehingga hal tersebut dapat dijadikan sebagai penanda molekular bagi ikan gabus dari Sungai Ogan.

Indonesia is one of the countries which has many islands with high freshwater fish biodiversity. Striped snakehead (Channa striata (Bloch, 1793)) is one of freshwater fish that is commonly consumed due to its delicate and has a fairly high nutritional content. In order to utilize the fish species for market demands, striped snakehead conservation and breeding program were needed. Therefore, providing genetic information on the striped snakehead in Indonesia has to be conducted. Based on that reason, the aims of this research were to identify and analyze the genetic character of striped snakehead collected from the Ogan River, Banyuasin, South Sumatra based on COI mitochondrial gene. In this study four samples of striped snakehead from Ogan River (GBO-01, GBO-02, GBO-03 and GBO-04) were used. In addition, 34 sequence samples of C. striata taken from GenBank were used as a comparative purpose. The method used in this study was a PCR method with universal primers FishF2 and FishR2. The results showed that of the four striped snakehead samples had 2 haplotypes with 2 variable sites without parsimony informative. The haplotype diversity and the nucleotide diversity were 0.500 ± 0.265 and 0.00158 ± 0.00084 respectively with genetic distance approximately 0.16%. These results indicated that striped snakehead in the Ogan River has low intrapopulation genetic variation. In addition, the two haplotypes formed in the striped snakehead from the Ogan River were different from the striped snakehead haplotypes from other parts of Indonesia, several countries in Southeast Asia, and several countries in the world. Therefore, it can be used as a molecular marker for the striped snakehead from Ogan River.

Kata Kunci : gen COI, ikan gabus, karakterisasi genetik, Sungai Ogan