Karakterisasi genetik ikan sepat rawa (Trichopodus trichopterus (Pallas, 1770)) dari Danau Lebo Taliwang, Sumbawa Barat, Nusa Tenggara Barat berdasarkan gen mitokondria 16S dan COI

RIKA LATHIF HASAN, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2019 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Danau Lebo Taliwang merupakan salah satu danau rawa di Nusa Tenggara Barat (NTB) dengan keanekaragaman spesies ikan air tawar yang tinggi. Namun demikian, belum ada basis data ikan air tawar dari Danau Lebo Taliwang yang dilakukan dengan menggunakan DNA barcoding. Oleh karena itu, tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi sampel ikan sepat rawa yang dikoleksi dari Lebo Taliwang berdasarkan gen mitokondria 16S dan COI sebagai marka DNA barcoding. Metode yang digunakan untuk menganalisia sampel adalah dengan metode PCR dengan primer 16Sar-16Sbr dan FishF2-FishR2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa sekuen parsial gen mitokondria 16S dan COI ikan sepat rawa dari Danau Lebo Taliwang, NTB memiliki panjang basa masing-masing 619 bp dan 708 bp. Data yang diperoleh dari penelitian ini kemudian diperiksa menggunakan Nucleotide BLAST. Tingkat similaritas sampel yang merujuk pada basis data dari GenBank dan BOLD berkisar antara 99-100%, sehingga sampel ikan sepat rawa dari Danau Lebo Taliwang teridentifikasi sebagai Trichopodus tricopterus. Hasil rekonstruksi pohon filogeni menggunakan metode Neighbor-Joining (NJ) dan Maximum Likelihood (ML) dengan model Kimura 2-Parameter (K2P) menunjukkan bahwa sampel ikan sepat rawa dari Danau Lebo Taliwang berada pada clade yang sama dengan Tricophodus tricopterus yang terdata pada GenBank dan BOLD. Pohon filogeni NJ dan ML telah mendukung kududukan clade T. trichopterus dalam penelitian ini. Selain itu hasil analisis sekuen gen COI ikan sepat dari Danau Lebo Taliwang yang dikombinasikan dengan data T. tricopterus dari GenBank menunjukkan bahwa dari 15 sampel ikan sepat rawa diperoleh 36 polymorphic sites dan semua kodon bersifat synonymous. Hal tersebut menunjukkan bahwa DNA barcoding dengan menggunakan gen mitokondria 16S dan COI terbukti mampu mengidentifikasi ikan sepat rawa secara akurat.

Lake Lebo Taliwang is one of the lakes in the West Nusa Tenggara with high freshwater fish species diversity. However, no freshwater fish species database from Lebo Taliwang has been conducted using DNA barcoding. Therefore, the objective of this study was to identify one sample of the three-spot gourami collected from Lebo Taliwang based on 16S and COI mitochondrial genes as a DNA barcoding marker. The method used for the analysis was the PCR method with primer 16Sar-16Sbr and FishF2-FishR2. The result showed that partial fragment length of the 16S and COI mitochondrial genes of the three-spot gourami collected from Lake Lebo Taliwang was 619 bp and 708 bp, respectively. The data obtained from this study was then examined using Nucleotide BLAST and the phylogeny tree was analyzed using Neighbor-Joining (NJ) and Maximum Likelihood (ML) methods with Kimura 2 Parameter (K2P) model. The results revealed that the three-spot gourami collected from the Lebo Taliwang were identified as Tricophodus tricopterus. The level of similarity of this sample referred to the database from GenBank and BOLD was between 99-100%. The Neighbor Joining tree supports the clade of T. trichopterus in this study. The analysis results of the COI gene revealed that from 15 COI sequences of the three-spot gourami obtained 36 polymophic sites with all were synonymous. This occurrence indicated that DNA barcoding by using the 16S and the COI mitochondrial gene was proven to be able to identify the three-spot gourami accurately.

Kata Kunci : karakterisasi genetik, ikan sepat rawa, Lebo Taliwang, 16S, COI, DNA barcoding