ANALISIS KEKERABATAN GEN FaPYR1 DAN FaCHS PENGKODE KEMATANGAN BUAH TIGA SPESIES STROBERI (Fragaria spp.)

Galang Riswi Dyatama, Ganies Riza Aristya, S.Si., M.Sc.

2019 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Pengembangan budidaya tanaman stroberi telah banyak menghasilkan berbagai macam kultivar hingga spesies yang berbeda. Kultivar atau spesies yang berbeda, selain mempengaruhi karakter fenotip juga akan mempengaruhi karakter molekuler seperti ekspresi gen pada buah stroberi. Perubahan ekspresi gen tersebut salah satunya dapat dipengaruhi oleh perubahan mekanisme persinyalan hormon terhadap reseptor-reseptornya akibat efek dari hasil adaptasi dengan berbagai macam lingkungan. Gen-gen homolog yang berasal dari family gen yang sama, seiring berjalannya waktu dapat mengakumulasikan mutasi dalam jumlah dan pada posisi nukleotida yang tidak sama. Asam absisat (ABA) merupakan salah satu fitohormon yang berperan dalam pertumbuhan dan perkembangan buah stroberi, respon terhadap cekaman lingkungan, dan pematangan buah yang berkaitan dengan akumulasi gula. Salah satu reseptor ABA adalah protein PYR1 yang dikode oleh gen FaPYR1, ABA juga berperan untuk menginduksi gen FaCHS yang berkaitan dengan pigmentasi pada buah stroberi. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis kekerabatan sekuens gen FaPYR1 dan gen FaCHS pada tiga spesies stroberi dengan sekuens anggota family gen FaPYR1 dan FaCHS dari GenBank. Gen FaPYR1 (627 bp) dan gen FaCHS (127 bp) dari tiga spesies stroberi yaitu Fragaria moschata Duch., Fragaria vesca L. 'Californica', dan Fragaria x ananassa Duch. 'Festival' berhasil diamplifikasi menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dan juga berhasil di-sequencing. Analisis kekerabatan gen FaPYR1 pada tiga spesies stroberi menunjukkan kekerabatan yang dekat dengan sekuens anggota family gen FaPYR1 dari spesies Fragaria spp. yang terdapat di GenBank, dan menunjukkan kekerabatan yang jauh dengan spesies lain. Sementara gen FaCHS pada tiga spesies stroberi tidak menunjukkan kekerabatan yang dekat dengan sekuens anggota family gen FaCHS pada GenBank.

The development of strawberry cultivation was produced many kinds of cultivars even species. The different of cultivars and species can affect in the phenotypes characters and also molecular characters, such as gene expression in strawberries fruit. One of the changes in gene expression influenced by changes in hormone signaling mechanisms to receptors due to the adaptation to various types of environments. Homologous genes originating from the same gene family accumulates mutations in the number and position of nucleotides which that are not the same. Abscisic acid (ABA) is one of the phytohormones plays a role in the growth and development of strawberries, response to environmental stress, and fruit ripening associated with sugar accumulation. One of the ABA receptors is the PYR1 protein that encodes by FaPYR1 gene, ABA also plays a role in inducing the FaCHS gene associated with pigmentation in strawberry fruit. This study aimed to analyze the relationship between FaPYR1 and FaCHS gene sequences in three strawberries species with FaPYR1 and FaCHS gene family members in GenBank. The FaPYR1 (627 bp) and FaCHS (127 bp) genes from three strawberries species namely Fragaria moschata Duch, Fragaria vesca L. 'Californica', and Fragaria x ananassa Duch. 'Festival' were successfully amplified using the Polymerase Chain Reaction (PCR) method and has been successfully sequenced. The relationship between FaPYR1 gene in three strawberry species showed a close relationship with the members of the FaPYR1 family of Fragaria spp. that found in GenBank and shown a distant relationship with other species. While the FaCHS gene in three species of strawberries did not show a close relationship with FaCHS gene family sequences found in GenBank.

Kata Kunci : ABA, FaCHS, FaPYR1, gene family, sequencing, strawberry.