DETEKSI MOLEKULER Eimeria spp. PATOGEN PADA SAPI DI JAWA DENGAN MARKA ITS-1

FITRINE EKAWASTI, Dr. drh. R. Wisnu Nurcahyo; April Hari Wardhana, SKH., M.Si., Ph.D

2019 | Tesis | MAGISTER SAINS VETERINER

INTISARI DETEKSI MOLEKULER Eimeria spp. PATOGEN PADA SAPI DI JAWA DENGAN MARKA ITS-1 Fitrine Ekawasti 17/418455/PKH/00624 Eimeria spp. merupakan protozoa pada saluran pencernaan yang dapat menyebabkan koksidiosis dan sulit dikendalikan pada peternakan sapi. Koksidiosis dapat menimbulkan kerugian ekonomi yang cukup besar melalui penurunan produktivitas ternak dan meningkatkan kerentanan terhadap adanya infeksi penyakit menular lainnya. Deteksi Eimeria spp. pada sapi di Indonesia masih menggunakan metode konvensional berdasarkan pengamatan morfologi oosista. Metode tersebut tidak mampu mengidentifikasi hingga ke tahap spesies Eimeria karena beberapa spesies memiliki ciri morfologi bentuk dan ukuran yang hampir sama (morphology resemblance). Oleh karena itu, diperlukan metode molekuler yang dapat mendukung identifikasi spesies Eimeria. Tujuan penelitian ini adalah mendeteksi dan mengidentifikasi spesies Eimeria pada sapi di Jawa menggunakan metode konvensional dan molekuler, agar dapat diketahui metode deteksi yang tepat dan akurat yang dapat dijadikan sebagai dasar acuan dalam strategi pengendalian koksidiosis di Indonesia. Sebanyak 289 sampel tinja sapi potong diperoleh dari 14 lokasi yang tersebar di Jawa Tengah, Jawa Timur dan D.I. Yogyakarta. Pemeriksaan sampel tinja menggunakan metode konvensional, yaitu metode whitlock dan flotasi gula jenuh (modifikasi), dan metode molekuler dengan marka ITS-1 menggunakan primer spesifik terhadap Eimeria spp. Metode konvensional dapat digunakan sebagai metode skrining terhadap adanya infestasi oosista Eimeria spp. Hasil pemeriksaan menggunakan metode flotasi gula jenuh menunjukkan hasil yang lebih sensitif dibandingkan dengan metode whitlock dengan persentasi masing-masing sebesar 52,3% dan 9,4%. Jumlah rata-rata oosista yang diperoleh berdasarkan perhitungan Oosista Per Gram (OPG) tinja sebesar 99,3. Persentasi infestasi oosista tertinggi terdapat di lokasi kulon progo-D.I. Yogyakarta (81,8%) dan lebih banyak terjadi pada anak sapi (umur <1 tahun (63,9%) dan umur 1-2 tahun (75,0%)) dibanding sapi umur >2 tahun (42,3%). Identifikasi Eimeria spp. dengan menggunakan marka ITS-1 menunjukkan spesies Eimeria yang paling banyak ditemukan di Jawa adalah E. bovis 78.9%, diikuti oleh E. ellipsoidalis 21,1%, E. alabamensis 15,8%, E. zuernii 10,6%, E. auburnensis 7.9%, dan E. cylindrica 2,6% serta terdapat adanya infeksi campuran oleh 2-4 Eimeria spp. (26,3%). Meskipun jumlah rata-rata oosista Eimeria spp. yang diperoleh di antara sampel positif termasuk infeksi ringan (<100), tetapi perlu diperhatikan mengenai adanya infestasi spesies Eimeria patogen dan infeksi campuran Eimeria spp. yang dapat meningkatkan patogenitas spesies Eimeria lebih tinggi di Indonesia.

ABSTRACT DETECTION MOLECULAR OF HIGHLY PATHOGENIC Eimeria spp. AMONG CATTLE IN JAVA WITH MARKER ITS-1 Fitrine Ekawasti 17/418455/PKH/00624 Eimeria spp. is a protozoa in the digestive tractus which can cause coccidiosis and it is difficult to control on cattle farms. Coccidiosis can cause considerable economic losses through decreasing livestock productivity and increasing susceptibility to other infectious diseases. Detection of Eimeria spp. in cattle in Indonesia still using the conventional method based on oosista morphological observations that are not fully reliable for identification of Eimeria species because some species have almost the same morphological characteristics (morphology resemblance), then molecular methods are needed that can support identification species of Eimeria. The purpose of this study is to detect and identify Eimeria spp. in cattle in Java using conventional and molecular methods, so that the reliable detection methods can be identified that can be used as a reference for strategy to control of coccidiosis in Indonesia. 289 stool samples from beef cattle were obtained from 14 locations spread in Central Java, East Java and D.I. Yogyakarta. Fecal examination uses conventional methods are whitlock method and saturated sugar flotation method (modified), then molecular method is PCR with specific primers for six species of Eimeria. Detection by conventional methods can be used as a screening method for oocysts Eimeria spp. The results of the examination using the saturated sugar flotation method showed more sensitive results compared to whitlock method with a percentage of 52.3% and 9.4% respectively, with the average number of oocyst per gr (OPG) is 99.3. The highest percentage of oocyst infestation was found at the Kulonprogo-D.I Yogyakarta (81.8%) and higher in calves (cattle <1 year (63.9%) and cattle 1-2 years (75.0%)) than cattle >2 years old (42.3%). Identification of Eimeria spp. using the molecular PCR method, indicated that the Eimeria species most commonly found in Java was E. bovis with a percentage of 78.9%, followed by E. ellipsoidalis 21.1%, E. alabamensis 15.8%, E. zuernii 10.6%, E. auburnensis 7.9%, and E. cylindrica 2.6% and there is a mixed infestation by 2-4 Eimeria spp. (26.3%). Although the average number of oocysts obtained among positive samples included mild infections (<100), but it still needed to be considered regarding the infestation of pathogenic Eimeria spp. and mixed infestations Eimeria spp. which can increase higher the pathogenicity of Eimeria spp. in Indonesia.

Kata Kunci : Eimeria spp., Jawa, patogen, PCR, sapi