IDENTIFIKASI MORFOLOGI DAN MOLEKULER NEMATODA PURU AKAR (Meloidogyne spp.) PADA AKAR PADI DI DAERAH ISTIMEWA YOGYAKARTA

RINA MAHARANI , Dr. Ir. Siwi Indarti, M.P.;Dr. Suputa, S.P., M.P.

2018 | Skripsi | S1 PROTEKSI TANAMAN

Nematoda puru akar (Meloidogyne spp.) merupakan salah satu nematoda parasit penting yang menyerang padi. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui spesies Meloidogyne yang menyerang tanaman padi di Mlati, Ngemplak, Cangkringan, dan Pleret. Identifikasi spesies dilakukan secara molekuler dengan PCR dan sekuen DNA pada daerah perpanjangan D2/D3 28S rRNA serta secara morfologi dengan analisis sidik pantat sebagai konfirmasi pendukung. Identifikasi molekuler yang dilakukan dengan menggunakan primer universal nematoda (D2A/D3B) menunjukkan semua sampel teramplifikasi pada ±766 bp. Selain itu, dilakukan juga amplifikasi dengan primer spesifik spesies Meloidogyne graminicola (Mg-F2/Mg-R3) yang menunjukkan bahwa semua sampel dapat teramplifikasi pada ±369 bp. Analisis sekuen DNA sampel dari Mlati, Cangkringan, Ngemplak, dan Pleret memiliki kesamaan 99%-100% dengan Meloidogyne graminicola dari beberapa negara. Berdasarkan pohon filogenetik diketahui bahwa Meloidogyne graminicola Mlati, Ngemplak, Cangkringan, dan Pleret berada dalam satu kelompok dengan Meloidogyne graminicola isolat Cina dan Filipina. Identifikasi morfologi menunjukkan semua sampel memiliki ciri sidik pantat yang dimiliki Meloidogyne graminicola dan tidak ditemukan penciri spesies lain.

Root-knot nematodes (Meloidogyne spp.) are one of the most important parasitic nematodes in rice plants. This study aims was to know the species of Meloidogyne that infect the rice plants on Mlati, Ngemplak, Cangkringan, and Bantul. Species identification was carried out molecularly with PCR and sequence the extention region D2/D3 of 28S rRNA and morphologically with perennial pattern of female nematodes as support confirmation. Molecular identification carried out by amplification using universal nematodes primer (D2A/D3B) showed that all samples successfully amplified at ±766 bp. In addition, amplification was also carried out with species specific Meloidogyne graminicola (Mg-F2/Mg-R3) which successfully amplified at ±369 bp for all samples. All samples DNA sequence analysis had 99-100% similarity with Meloidogyne graminicola isolates from several countries. Based on phylogenetic trees, it is known that Meloidogyne graminicola Mlati, Ngemplak, Cangkringan, and Pleret were in one group with Meloidogyne graminicola isolates from China and the Philippines. Morphological identification by perennial pattern could be concluded that all samples was Meloidogyne graminicola.

Kata Kunci : Meloidogyne graminicola, molecular identification, DNA sequence, morphology identification, perennial pattern