ISOLASI DAN IDENTIFIKASI ACTINOMYCETES DARI RIZOSFER YANG BERPOTENSI SEBAGAI AGEN PENGENDALI HAYATI Xanthomonas oryzae pv. oryzae

LENI APRILIANA SARI, Prof. Dr. Ir. Siti Subandiyah, M. Agr. Sc; Dr. Ir Donny Widianto

2018 | Tesis | S2 Bioteknologi

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) merupakan penyebab penyakit hawar daun bakteri pada tanaman padi. Upaya pengendalian yang dilakukan saat ini belum optimal, sehingga diperlukan strategi pengendalian hayati yang aman dan efektif untuk mengendalikan serangan Xoo. Actinomycetes diketahui mampu menghasilkan senyawa antibiotik, sehingga mikroorganisme ini potensial dieksplorasi sebagai agen pengendali hayati Xoo. Tujuan penelitian ini adalah untuk (1) mendapatkan isolat actinomycetes yang dapat mengendalikan bakteri Xanthomonas oryzae pv. oryzae (2) mengetahui identitas isolat actinomycetes terpilih yang berpotensi mengendalikan Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Isolat Actinomycetes diisolasi dari rizosfer tanaman padi dan tanaman di hutan Alam Gunung slamet dan Taman Nasional Bromo Tengger Semeru (TNBTS) menggunakan media International Streptomyces Project 2. Uji aktivitas antagonis terhadap Xoo dilakukan menggunakan koloni langsung, supernatan kultur cair dan ekstrak etil asetat. Identifikasi dilakukan secara morfologi yang didukung dengan deteksi molekuler menggunakan primer 16S rRNA spesifik Actinomycetes F243/R1378 dan sekuensing gen 16S rRNA. Dua puluh lima isolat berhasil diisolasi dan 23 isolat diantaranya teridentifikasi sebagai Actinomycetes berdasarkan pita ukuran 1175bp menggunakan primer spesifik F243/R1378. Sebelas isolat mempunyai aktivitas antagonis terhadap Xoo pada uji antagonis koloni langsung dengan diameter zona hambat tertinggi sebesar 19 mm pada isolat Lam A dan 10 mm pada isolat BNA 1c. Isolat Lam A antagonis terhadap Xoo pada uji lanjut menggunakan supernatan kultur cair isolat dengan diameter zona hambat sebesar 5,67 mm. Isolat BNA 1c antagonis terhadap Xoo pada uji lanjut menggunakan ekstrak etil asetat dengan diameter zona hambat sebesar 7 mm. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa kedua isolat berturut-turut memiliki kesamaan sebesar 99% dengan Streptomyces iranensis strain HM 35 dan Streptomyces aldersoniae strain NRRL 18513.

Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) is a cause of bacterial leaf blight on rice plants. The current control strategy have not been optimal, so a safe and effective biological control strategy is needed to control Xoo. Actinomycetes is known to be able to produce antibiotic compounds, so these microorganisms have potential to be explored as biological control agents of Xoo. The purpose of this study was to (1) obtain isolates of actinomycetes that can control Xanthomonas oryzae pv. oryzae (2) investigate the identity of selected actinomycetes isolates that have ability to control Xanthomonas oryzae pv. oryzae. Actinomycetes isolates were isolated from rhizosphere of rice plants and plants in Mount Slamet Natural Forest and Bromo Tengger Semeru National Park using International Streptomyces Project 2 medium. The antagonistic activity test against Xoo was carried out using direct colony, broth culture supernatant and ethyl acetate extract. Identification was carried out morphologically supported by molecular detection using Actinomycetes specific 16S rRNA primers F243/R1378 and 16S rRNA gene sequencing. Twenty-five isolates were isolated and 23 isolates were identified as Actinomycetes based on a band size of 1175bp using a specific primer F243/R1378. Eleven isolates had antagonistic activity against Xoo in the direct colony antagonist test with the highest inhibition zone diameter of 19 mm in Lam A isolates and 10 mm in BNA 1c isolates. Lam A isolates are antagonistic to Xoo on further tests using a broth culture supernatant isolate with a inhibition zone diameter of 5.67 mm. BNA 1c isolates were antagonistic towards Xoo on further tests using ethyl acetate extract with a inhibition zone diameter of 7 mm. Sequencing results showed that both isolates had 99% similarity with Streptomyces iranensis strain HM 35 and Streptomyces aldersoniae strain NRRL 18513, respectively.

Kata Kunci : Actinomycetes, penyakit hawar daun bakteri, Xanthomonas oryzae pv. oryzae, antagonis.