KEANEKARAGAMAN GENETIK IKAN ROCKSKIPPER (PISCES: BLENNIIDAE) DI PANTAI POROK, GUNUNGKIDUL, YOGYAKARTA BERDASARKAN GEN MITOKONDRIA COI

JOHAN PUTRA K, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2018 | Tesis | MAGISTER BIOLOGI

Indonesia merupakan salah satu negara Mega Biodiversity dengan dua Biodiversity Hotspot (Sundaland dan Wallacea) yang terdiri dari 10% spesies tumbuhan (dari yang telah diketahui di dunia), 12% mamalia, 16% reptil dan amphibi, 17% burung, serta 25% ikan. Persentase jumlah spesies tersebut akan meningkat seiring dengan kemajuan penelitian molekular yang dapat mengidentifikasi suatu spesies secara lebih akurat. Salah satu gen mitokondria yang telah banyak digunakan untuk proses identifikasi ikan terutama pada kasus cryptic spesies dan karakterisasi morfologi yang ambigu yaitu gen mitokondria COI (cytochrome oxydase subunit I). Namun demikian, banyak ikan di Indonesia yang belum teridentifikasi secara akurat dan benar, salah satunya jenis ikan anggota Famili Blenniidae yang umumnya disebut ikan rockskipper. Ikan rockskipper memiliki kemiripan morfologi yang tinggi satu dengan lainnya sehingga sering salah dalam penamaan spesiesnya, sehingga hal ini akan berdampak pada usaha konservasi maupun pemuliaan ikan rockskipper. Oleh karena itu tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi spesies ikan rockskipper anggota family Blennidae yang dikoleksi dari Pantai Porok, Gunungkidul, Yogyakarta menggunakan gen mitokondria COI sebagai DNA barcoding. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah metode PCR dengan menggunakan primer FishF2 dan FishR2. Hasil penelitian menunjukkan bahwa dari 13 sampel ikan rockskipper yang disampling teridentifikasi dalam 3 genus dan 7 spesies yang 1 diantaranya diprediksi sebagai spesies baru. Ketiga genus yang ditemukan tersebut semuanya termasuk dalam subfamili Salariinae yaitu Entomacrodus, Istiblennius, dan Blenniella. Hasil penelitian juga menunjukkan adanya variasi genetik intra dan inter spesies. Hasil yang diperoleh merupakan basis data yang penting dalam program konservasi ikan rockskipper khususnya yang berada di habitat Pantai Porok, Gunungkidul, Yogyakarta.

Indonesia is considered as a megabiodiversity country with two Biodiversity Hotspot (Sundaland and Wallacea) which consist 10% of the world's plant species, 12% of mammals, 16% of reptiles and amphibians, 17% of birds, and 25% of fish. The percentage number of the species will be increased due to the discovery of new species and the advancement of molecular tools to address the taxonomy status of unclear identified species. It is commonly found cryptic species on fish and COI mitochondrial gene has been used as a DNA barcoding to identify species more accurately. The rockskipper fish which belongs to family Blenniidae is commonly named as amphibious fish and mostly is cryptic species. However, the accurate identification of the rockskipper fish are poorly understood. The inaccuration of the rockskipper species will affect their conservation and breeding program. Therefore, the aim of this research was to identify and characterize the rockskipper fish which is included in family Bleniidae from Porok Beach using COI mitochondrial gene as a DNA barcoding. Method used in this research was a PCR method using FishF2 and FishR2 primers. The result revealed that from 13 fish collected in this study consisted 3 genus and 7 species with 1 species was considered as a predicted new species. The three genus was included in subfamily Salariinae : Entomacrodus, Istiblennius, and Blenniella. In addition, the result exhibited intra and inter specific variation which is important for conservation of the rockskipper species and their habitat.

Kata Kunci : Keanekaragaman genetik, COI mt-DNA, ikan Rockskipper, Pantai Porok