Deteksi Gen Ketahanan Hawar Daun Bakteri Xa21 Pada Padi (Oryza sativa L.) Hitam dan Merah Lokal Indonesia

ANDI SETIAWAN, Dr. Yekti Asih Purwestri, M.Si

2018 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Beras hitam dan merah mulai popular dikonsumsi oleh masyarakat sebagai bahan pangan fungsional. Tetapi, terdapat faktor pembatas produksi padi yaitu penyakit hawar daun bakteri yang disebabkan oleh Xanthomonas oryzae pv. Oryzae (Xoo). Penggunaan varietas tahan yang memiliki gen ketahanan Xa dinilai efektif untuk menanggulangi masalah penurunan hasil padi. Gen Xa ini antara lain terdiri dari gen Xa21. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keberadaan gen ketahanan hawar daun bakteri Xa21 pada padi hitam kultivar Sembada Hitam, Cempo Ireng, Melik dan Hitam Toraja; serta padi merah kultivar Aek sibondang, Merah Sumbawa, Segreng, dan Pari Eja di Indonesia. Metode penelitian meliputi isolasi genom padi, pengecekan hasil isolasi DNA dengan elektroforesis gel agarosa (0,8%), pengukuran konsentrasi dan kemurnian DNA, amplifikasi DNA primer pTA248, dan analisis data. Hasil penelitian ini mendeteksi keberadaan gen Xa21 pada semua kultivar padi hitam dan merah tersebut dengan dengan sifat tahan yang dikelompokkan dalam 3 jenis gen ketahanan. Kultivar local padi yang terdeteksi mempunyai gen Xa21 jenis A dengan ukuran pita sekitar 1440 bp yaitu Segreng, jenis B dengan ukuran pita sekitar 969 bp yaitu Sembada Hitam, Cempo Ireng, Melik, Hitam Toraja, Aek Sibondang, dan Pari Eja; serta jenis C dengan ukuran pita sekitar 872 bp yaitu Merah Sumbawa dan Pari Eja.

Black and red rice become popular consumed by the public as a functional food along with increased of population and public awareness about the importance of consuming healthy food. However, productivity of black rice is decreased by bacterial leaf blight caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo). Resistant varieties of black rice have resistance gene Xa is effective to against bacterial leaf blight disease. Some of Xa genes are Xa21 gene. This study aims to detect the presence of gene Xa21 on four local cultivars of black rice: Sembada Hitam, Cempo Ireng, ������¢Melik and Hitam Toraja; and on four local cultivars of red rice Aek sibondang, Merah Sumbawa, Segreng, and Pari Eja in Indonesia. The methods of this study are DNA Isolation, measure of the genomic DNA concentration with spectrophotometer, amplification with primer pTA248, visualitation with gel agarose 2% and data analysis. The results of this study detect the presence of Xa21 genes in all the black and red rice cultivars with the resistant properties grouped in 3 types of resistance genes. The detected local rice cultivars have a genus Xa21 type A with a band size of about 1440 bp is Segreng; type B with a band size of about 969 bp ie Sembada Hitam, Cempo Ireng, Melik, Hitam Toraja, Aek Sibondang, and Pari Eja; and type C with band size about 872 bp that is Merah Sumbawa and Pari Eja.

Kata Kunci : Gen Xa21, HDB, padi hitam, padi merah