KARAKTERISASI DAN DESAIN PRIMER SPESIFIK Ralstonia syzygii subsp. syzygii BERDASARKAN SEKUENS GEN ENDOGLUKANASE

BAMBANG TRIANOM, Dr. Tri Joko, SP., M.Sc; Prof. Dr. Ir. Triwidodo Arwiyanto, M.Sc.

2018 | Tesis | MAGISTER FITOPATOLOGI

Penyakit Sumatera (Burkholderaceae; Ralstonia syzygii subsp. syzygii) telah menyebabkan kerusakan hampir 50% areal perkebunan cengkeh di Jawa Tengah. Belum diketahui secara jelas bahwa penyebab Sumatra disease tersebut merupakan spesies yang identik dengan di Jawa Barat dan Sumatera Barat. Karakterisasi R. syzygii subsp. syzygii sangat diperlukan dalam upaya pengendalian yang tepat terhadap penyakit Sumatera ini, karena saat ini masih belum ditemukan cara yang efektif dan efisien. Hubungan filogenik R. syzygii subsp. syzygii dengan Ralstonia solanacearum complex species telah diteliti sebelumnya dengan menggunakan analisis kekerabatan berdasar gen egl, hrpB dan 16S-23S wilayah ITS. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik penyakit Sumatera yang diisolasi dari perkebunan cengkeh di Jawa Tengah. Penelitian ini dilakukan dengan melakukan pengamatan gejala di lapangan dan mengisolasi R. syzygii subsp. syzygii dari tanaman. Analisis dilakukan meliputi yang meliputi morfologi, histologi tanaman cengkeh terinfeksi, karakterisasi R. syzygii subsp. syzygii. Desain primer spesifik dilakukan berdasarkan data nukleotida R. syzygii subsp. syzygii dari Genebank untuk menkarakterisasi secara molekuler R. syzygii subsp. syzygii berdasarkan gen endoglukanase (egl).. Hasil penelitian menunjukkan bahwa isolat KD mempunyai morfologi gejala daun muda pada ujung ranting rontok dan dan tersisa ranting-rantingnya serta koloni bakteri ditemukan pada jaringan xylem. R. syzygii subsp. syzygii merupakan bakteri gram negatif, bakteri berkoloni banyak (< 1mm), transparan, berbentuk batang dengan ujung bulat berukuran 0.8 x 1-2 ���µm, tanpa flagela. Desa dan primer spesifik dengan menggunakan sekuen gen endoglucanase (egl) dapat mendeteksi dengan spesifik terhadap Isolat KD dengan produk amplikon 378 bp dengan primer, yaitu GCTCA CCATC GCCAA GGACA GCG (UGM-RsyF) dan TTCGA TCGAA CGCCT GGTTG AGC (UGM-RsyR).Isolat KD merupakan strain yang mempunyai similiritas identik 100 % dengan R. syzygii subsp. syzygii R002 isolat Sukamantri, Jawa barat dan 99 % terhadap R. syzygii subsp. syzygii R001 isolat Solok, Sumatera Barat.

Sumatra Diseases (Burkholderaceae, Ralstonia syzygii subsp. syzygii) has caused damage to almost 50% of the clove plantation area in Central Java. It is not known clearly that the cause of Sumatra disease is a species identical with in West Java and West Sumatra. Characterization of R. syzygii subsp. syzygii is indispensable in the proper control of the disease of Sumatra Diseases, as there is no effective and efficient way to date. The phylogenic relationship of R. syzygii subsp. syzygii with Ralstonia solanacearum complex species have been studied previously using kinship analysis based on egl, hrpB and 16S-23S ITS region genes. This study aims to determine the characteristic of Sumatra disease isolated from clove plantation in Central Java. This study was conducted by observing symptoms in the field and isolating R. syzygii subsp. syzygii from the plant. The analyzes were conducted which included morphology and histology of infected clove plants, characterization of R. syzygii subsp. syzygii. Specific primer designs were performed on the basis of nucleotide data R. syzygii subsp. syzygii from Genebank to characterize the molecular R. syzygii subsp. syzygii based on endoglucanase gene (egl). The results showed that KD isolates had morphology of young leaf symptoms at the ends of twigs and and the remaining branches and bacterial colonies were found in xylem tissue. R. syzygii subsp. syzygii is a gram-negative bacterium, many colonized bacteria (<1mm), transparent, rod-shaped with a round tip measuring 0.8 x 1-2 ���¼m, nonflagella. Specific primer designs using endoglucanase (egl) gene sequences can detect specific KD isolates with a 378 bp amplicon product with a primer, namely GCTCA CCATC GCCAA GGACA GCG (UGM-RsyF) and TTCGA TCGAA CGCCT GGTTG AGC (UGM-RsyR) .Isolate KD is a strain that has identical similiritas 100% with R. syzygii subsp. syzygii R002 isolate Sukamantri, West Java and 99% against R. syzygii subsp. syzygii R001 isolate Solok, West Sumatera.

Kata Kunci : Cengkeh, endoglukanase, filogeni, R. syzygii subsp. syzygii, Sumatra Diseases, desain primer